コックピットに向かおうとしたリチャードは銃を向けられ、パイロットはトイレのドアをロックしてパラシュートを背負う。
データをアップロードしたリチャードは、メアリーがドアを破って出て来たためにパイロットに襲い掛かる。
メアリーは撃たれてしまい、パイロットを叩きのめしたリチャードは、データをアップロードする。
再び襲われたリチャードは、機体が急降下したために銃で窓を撃ち抜き、パイロットは機外に放出される。
アップロードの完了を確認したリチャードはメアリーを見つめながら覚悟を決め、機体は墜落する。
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プルトニウム積載のトラックを強奪したロシアの悪党アレクセイ・シツェヴィッチ（ポール・ジアマッティ）は、パトカーの集団に追われながら暴走する。
それを知ったスパイダーマン（アンドリュー・ガーフィールド）はトラックに飛び乗り、アレクセイに話しかけるものの相手にされない。
オズコープの社員マックス・ディロン（ジェイミー・フォックス）は、道で図面を落としてしまい、それに気づいたスパイダーマンは彼を助ける。
気弱なマックスに自信を持つようにと言って励ましたスパイダーマンは、街は君を必要としているので見張っていてくれと伝えてトラックを追う。
プルトニウムを運び出そうとした男達を捕らえたスパイダーマンは、トラックから落ちそうになったプルトニウムを確保する。
そこにガールフレンドのグウェン・ステイシー（エマ・ストーン）から電話があり、スパイダーマンであるピーター・パーカーは、高校の卒業式が始まっていることを知らされる。
並走するパトカーに乗る警官がグウェンの父ジョージ（デニス・リアリー）に見えたスパイダーマンは、彼女に近づくなと言われたことを思いだす。
卒業生総代のグウェンは、ステージに上がりスピーチする。
トラックが衝突したバスの横転を防いだスパイダーマンは、アレクセイを捕らえて拘束する。
名前が呼ばれたピーターは卒業式に間に合い、グウェンにキスする。
育ての親である伯母のメイ（サリー・フィールド）に祝福されたピーターは、事件のことを知ったグウェンから、これが遅れた理由かと訊かれる。
今夜は家族とお祝いの食事会があると言われたピーターは、必ず行くと伝えてグウェンと別れる。
ピーターは、今後も敵ができるので傷つく者がいる、グウェンに近づくなと言って息を引き取ったジョージの言葉と、それを彼に約束したことを思い出す。
その夜、レストランには向かうものの入る気になれないピーターは、それに気づき店から出て来たグウェンから、父のせいなのか訊かれる。
どこにいてもジョージが見えると言うピーターは、君に近づかないことを彼に約束したことを伝える。
愛してはいるがどうすることもできないとグウェンに伝えたピーターは、スパイダーマンは好きだが、あなたの方が好きだと言われる。
苦悩するだけのピーターの考えが理解できないグウェンは、別れると伝えて店に戻る。
翌日、路地でいじめられていた少年ホルヘを助けたスパイダーマンは、彼が風力タービンを作ったことを知り驚き家まで送る。
その後も街を守るために活躍するスパイダーマンだったが、彼が本当に必要な存在なのか議論されるようになる。
スパイダーマンに助けられて励まされたマックスは、彼と親友になったと思い込む。
病院で看護の研修を始めたメイは、それをピーターには内緒にする。
世界初の電磁配電網を構築したオズコープは、旧式の発電所を水力発電タワーに変えてクリーン・エネルギーを供給していた。
それを開発したマックスは、上司のアリスター・スマイス（B・J・ノヴァク）にからかわれながら74階の仕事場に向かう。
エレベーターで研修生のグウェンと一緒になったマックスは、モニターのニュースに映るスパイダーマンを見ながら、自分を救ってくれたと彼女に伝える。
8年ぶりにニューヨークに戻ったハリー・オズボーン（デイン・デハーン）は、オズコープ副社長ドナルド・メンケン（コルム・フィオール）に迎えられて、重病の父ノーマン（クリス・クーパー）に会う。
11歳で寄宿学校に入れたノーマンを父親とは思えないハリーは、再会を喜ぶような状況ではなかった。
不治の病”R-ウイルス増殖異常”は遺伝することをノーマンから知らされたハリーは、代々続くオズボーン家の呪いだと言われる。
ある研究は自分が完成させられるかもしれないと言われたハリーは、ノーマンからある装置を渡される。
その後、ノーマン・オズボーンの死去を伝えるニュースを見ていたピーターは、友人のハリーが会社を継ぐことを知る。
留学を考えていたグウェンは、オックスフォード大学の”サマーヴィル・カレッジ”奨学財団からの連絡を受ける。
仕事を終えて帰ろうとしたマックスは、遺伝子ラボの異常電流を調べるようアリスターから指示され、誕生日にも拘らず残業することになる。
仕方なくラボに向かい異常個所を見つけたマックスは、高圧電流に触れてデンキウナギの水槽に落下してしまう。
会議に出席したハリーは、その場にいた者達をフェリシア（フェリシティ・ジョーンズ）の部下にして、彼女を自分のアシスタントにする。
ピーターが訪ねて来たことを知ったハリーは彼に会い、父の死を知り心配になったと言われる。
自分の時も慰めに来てくれたと言われたハリーは、ピーターとの再会を喜び散歩に出る。
恋人のことを訊かれたピーターは、複雑な関係だが名前はグウェンで、研修生としてオズコープにいることをハリーに伝える。
父に追い払われたために、ニューヨークやピーターのことを忘れようとしたと話すハリーは、自分も同じなので気持ちは分かると言うピーターに、その理由を調べたことがあるか尋ねる。
意味不明なものが入ったバッグが残っているだけだと答えたピーターは、気にしていないとハリーに伝える。
メンケンは、その様子を警備主任（ルイス・キャンセルミ）と共に監視していた。
事故死したマックスのことを知らされたメンケンは、公表しないようにと警備主任に指示する。
その夜、遺体安置所に保管されていたマックスは、電気を操れるエレクトロとして復活する。
グウェンに呼び出されたピーターは、ただの友達になるという彼女の意見に同意する。
忘れることができず、行動を探っていたことを話したピーターは、グウェンから、オックスフォード大学に留学できそうなのでイギリスに行くと言われて動揺する。
ネオンサインに誘われてタイムズスクエアに向かったエレクトロは、道路に埋まる電線に触れる。
警官に囲まれ皆に注目されたエレクトロは、マックスとして孤独だった時のことを思い複雑な気持ちになる。
催涙弾を投げられたエレクトロは、そのパワーでパトカーを吹き飛ばす。
騒ぎに気づいたピーターはグウェンをその場に残し、スパイダーマンに変身して現場に向かう。
パトカーの下敷きになりそうだった警官を救ったスパイダーマンは、エレクトロから、自分を救ってくれたと言われる。
自分が街に必要だと言われたと話すマックス/エレクトロのことを思いだしたスパイダーマンは、街の見張りを頼んだと伝えて彼を説得しようとする。
スナイパーに撃たれたエレクトロは、騒ぎを鎮めたスパイダーマンが英雄扱いされ、自分がバケモノ呼ばわりされたために彼を憎む。
ハメられたと言うエレクトロはその場を混乱させるが、スパイダーマンが人々を救う。
電気を吸収したエレクトロはその場を破壊するが、スパイダーマンに水をかけられてパワーを失う。
その様子を見ていたグウェンに気づいたスパイダーマンは、イギリスのことは本当かと尋ねただけで立ち去る。
帰宅したピーターは、リチャードのバッグが気になり、中に入っていた”ルーズベルト”と書かれていたカードを参考にして父のことを調べ始める。
ノーマンから受け取った装置がテーブルの上で反応したために驚いたハリーは、それを操作して、次世代の軍用アーマーの設計データであることを知る。
リチャードと共に写るノーマンの映像も確認したハリーは、治癒力のあるクモと人間のDNAを交配させたことを知る。
ハリーに呼ばれたピーターは互いの父親の映像を見せられ、人間とクモの交配種により治療薬を作れば、異常細胞を治療できると二人が考えたことを知る。
それにより自分の病気も治れば、アルツハイマーやガンにも使えると言うノーマンの話を参考にしたハリーは、それが試されていないことをピーターに話す。
ピーターがタブロイド紙”デイリー・ビューグル”に売ったスパイダーマンの写真を見せたハリーは、映像で言っていた交配種のクモにスパイダーマンは咬まれたとピーターに伝える。
スパイダーマンの血が欲しいとピーターに伝えたハリーは、それが自分を救えると話す。
実験に失敗したコナーズ博士の件もあると伝えたピーターだったが、とにかくスパイダーマンの居場所を教えるようにと言われる。
写真は望遠レンズで撮っただけだと言うピーターは、居場所は知らないと答える。
サーバーへの不審なアクセスに気づいた警備主任は、それを遮断する。
社員データからマックスのことを調べていたグウェンは、アクセスを拒否される。
ハリーに頼まれたピーターは、スパイダーマンを捜してみると伝えてその場を去る。
警備主任に気づいたグウェンはその場を離れ、ピーターは彼女を目撃する。
グウェンの元に向かったピーターは、彼女が追われていることを知る。
ラボでのマックスの事件を会社が隠していると言うグウェンは、昨夜の騒ぎを起こしたマックス（エレクトロ）と社内で会ったことをピーターに話す。
マックスのデータはすべて消去されていたと言うグウェンは、会社に来た理由をピーターに尋ねる。
ハリーに呼ばれたと答えたピーターは、自分の血で彼が救われると思っていることを伝える。
その場でグウェンにキスしてしまったピーターは、警備主任の気を引くのでエレベーターに乗るよう指示する。
エレベーターに乗っていたハリーから声をかけられたグウェンは驚き、ピーターと別れたことなどを訊かれ、その場を去る。
レイヴンクロフト異常犯罪者収容所。
捕らえられたエレクトロの正体を調べるアシュレイ・カフカ博士（マートン・チョーカシ）は、すべての電気を奪うと言わる。
メンケンは、その様子を監視する。
両親のことを知れべていることをメイに知られたピーターは、何かを隠していると言って彼女を追及する。
何も言わずに幼い子を置き去りにした両親に代わり、誰が育てたのかと訊かれたピーターは、学費のためにメイが看護学校で学んでいることを知る。
子供を捨てた父親を立派な人間と思っていると言うメイは、あなたは私の子だと思っているので自分が守るとピーターに伝える。
自分達は親子であり愛していると言うピーターは、それでも知りたいとメイに伝える。
納得したメイは話し始め、両親の葬儀後に国の捜査官が来て、リチャードがオズコープで行っていた研究は非常に貴重なもので、高く売れるためにそれを持って姿を消したと言われたものの、信じられなかったとピーターに伝える。
信じられないピーターは、メイから、愛する者にも言えないことがあるのか疑問に思うと言われる。
現れたスパイダーマンを歓迎したハリーは、ピーターから話を聞き助けたいが、血はあげられないと言われる。
危険すぎることであり、血液が合わなければ死ぬと言うスパイダーマンは、納得しないハリーにもう少し考えさせてほしいと伝えて姿を消す。
奨学金の面接を受けるグウェンと話をしたピーターは、両親のことはウソだったと言って、親友のハリーも助けたいと伝える。
もう一つ伝えたいことがあったピーターだったが、急ぐ彼女に何も言えずに別れる。
苦悩するピーターは苛立ち、父の調査資料を捨てて端末を投げて壊してしまう。
その中に隠されていたコインを見て、父が地下鉄で通勤していたというメイの話を思い出したピーターは、”パーシング・スクエア”の地下にある秘密の廃駅”ルーズベルト”のことをネットで知る。
ハリーから、処分されたクモを蘇生してほしいと言われたフェリシアは、メンケンと警備主任の話を聞いたことを伝える。
処分する前にクモの毒を抽出したと聞いたと話すフェリシアは、処分は裁判対策で、毒は将来的に利用価値があるために特別プロジェクト室に保管してあるとハリーに伝える。
その件を調べたハリーは、レイヴンクロフトにアクセスして、実験の被験者がマックスであることを知る。
エレクトロに変身したマックスが、電気を奪えば町中が自分の世界を知ることになると言っている映像を確認したハリーだったが、アクセスは無効になってしまう。
現れたメンケンは、社員の事故死を社長が隠したことを責めるものの、ハリーは、メンケンがしたことだと反論する。
不正行為により解雇すると言われたハリーは、強制的に連れ出されそうになるが、自分からその場を去る。
閉鎖された地下のルーズベルト駅ホームに向かったピーターが改札口にコイン入れと、線路の下から車両が現れる。
その中の旧式のコンピューター画面には、ダウンロード完了が表示され、そのファイルを開いたピーターは、父リチャードの映像を確認する。
リチャードは、外国の軍事組織から資金提供を得たノーマンは、生物化学兵器の開発を決定し、拒否した自分を追放しようとしたと話す。
ノーマンは虚偽の証拠をねつ造して、研究の主導権を奪おうとしたのだった。
レイヴンクロフトに向かったハリーは、警備員に襲い掛かり内部に侵入する。
ノーマンの知らないことがあると言うリチャードは、クモに移植した人間のDNAは自分のものであり、自分か自分の血を継ぐ者がいなければ、オズコープは研究を続けることができないと話す。
できる限りクモと記録を処分したがすべてではなかったため、科学者の立場として姿を消す事しかできないと言うリチャードは、二度と息子に会えない辛さを語る。
自分の創造物とノーマンの脅威から世界を守る責任があると言うリチャードは、ピーターの呼ぶ声で映像を切る。
父の秘密を知ったピーターは、驚きと共に動揺する。
隔離棟に向かいエレクトロに話しかけたハリーは、解放してスパイダーマンに会わせることを約束し、裏切られてオズコープに自分を連れて行くように指示する。
侵入者に気づいたカフカは、警備隊を向かわせる。
ハリーから、盗んだ配電網を取り戻せと言われたエレクトロは、オズコープは街の電力源であるためにそれを奪い、そうすればスパイダーマンが現れるので、奴の血を流せと指示される。
警備隊が近づき焦るハリーは、エレクトロから信じることができる理由を訊かれ、君が必要だと伝える。
警備隊を倒したエレクトロはカフカを拘束し、ハリーと共にスパイダーマンを捕らえようとする。
グウェンのメッセージに気づいたピーターは、彼女がオックスフォードに受かり、家に寄ったものの留守だったために空港に向かっていることを知る。
オズコープに向かい警備主任を殺したエレクトロは、自分を覚えているかメンケンに尋ねる。
現れたハリーは、特別プロジェクト室に案内させようとしたメンケンから罵倒される。
エレクトロがメンケンを気絶させて、彼を起こして銃を向けたハリーは、特別プロジェクト室に向かう。
ハリーは、配電網は自由にしていいとエレクトロに伝える。
特別プロジェクト室でメンケンにクモの毒を注射させたハリーは、もがき苦しむ。
メンケンはその場から逃れ、アーマーを装着したハリーの体は治癒を始める。
タクシーで空港に向かうグウェンは、”マンハッタン橋”で渋滞にはまり、運転手からスパイダーマンが現れたと言われる。
車を降りたグウェンは、隣りの”ブルックリン橋”に糸で書かれた、”I LOVE YOU”という巨大な文字を見て感激する。
グウェンを連れて”マンハッタン橋”の塔に上り愛を確かめたピーターは、離れている理由を考えていることに疲れたと伝える。
君を選ぶと言うピーターは、自分もイギリスに向かう決心をしたことをグウェンに伝える。
そこにも犯罪は山ほどある、”切り裂きジャック”も捕まっていないと言うピーターは、グウェンにキスする。
その時、エレクトロが発電所の電力を奪い、街は停電してしまう。
送電線が切られたら終わりだと言うグウェンに、エレクトロにウェブ・シューターも壊され、アースもゴムも通用しないと伝えたピーターは、磁化のことを彼女から指摘され、それを使えば電流に耐えられると考える。
停電の影響で旅客機は管制塔と連絡が取れず、交通は混乱する。
警官に協力してもらい、パトカーのバッテリーを使いウェブ・シューターを磁化したピーターは、一緒に行くというグウェンを糸でボンネットに固定して、その場を去る。
発電所に向かいエレクトロと戦ったスパイダーマンは、現れたグウェンから、自分は配電網に詳しいと言われる。
仕方なくグウェンに協力してもらうことにしたスパイダーマンは、バッテリーと同じエレクトロを過充電状態にしようと考える。
送電線をつなぐので配電網をリセットするようにとグウェンに伝えたスパイダーマンは、合図で電源を入れることを彼女に指示する。
二機の旅客機が衝突しそうになる中、スパイダーマンは送電線をつなぎグウェンに合図する。
電流は流れ、それを受けたエレクトロは消滅し、電力は回復して旅客機の衝突は回避される。
病院にいたメイも、電気が供給されたために安堵する。
発電所に現れたグリーン・ゴブリンに変身したハリーは、その場にグウェンがいたために、スパイダーマンの正体がピーターだということに気づく。
裏切られたと言うハリーはグウェンを連れ去って空中に向かい、スパイダーマンから離せと言われたために、彼女を落下させる。
グウェンを受け止めたスパイダーマンは、時計台のドームの屋根を突き破りながら何とか彼女を救う。
襲い掛かるハリーと戦いながら、スパイダーマンは落下しそうになったグウェンを糸で助けようとする。
歯車に挟まれた糸は切れてしまい、グウェンは落下し、それを追ったスパイダーマンは、ウェブ・シューターから再び糸を放つ。
地上に落下する寸前でグウェンをキャッチしたスパイダーマンだったが、彼女は息を引き取る。
グウェンを抱きながら、ピーターは泣き崩れる。
その後、グウェンの葬儀が行われ、ピーターは彼女を想い悲しむ日々を過ごし、スパイダーマンは姿を消す。
レイヴンクロフト。
収容されていたハリーは、現れた謎の男（マイケル・マッシー）から、邪悪な者の候補が何人かいることを知らされる。
ハリーは、スパイダーマンがいない今、必要なものはオズコープに揃っていると男に伝える。
オズコープ。
ハリーから指示を受けた男は、終身刑で服役中のアレクセイ・シツェヴィッチを脱獄させて計画を実行する。
そのニュースを見ながら、スパイダーマンが消えたことを悲しむホルヘは、彼が助けてくれたことを思い出す。
5か月もの間、悲しむだけのピーターを見ていられないメイは、夫ベンの荷物を片付けながら、しまってはおくが、悔いない人生だったと思えるように、後でそれを確認すると彼に伝える。
保存してあったグウェンのスピーチの映像を見たピーターは、希望こそが最も大切だと言う彼女の言葉を聞いて、スパイダーマンのスーツを手にする。
装甲スーツを操るアレクセイは”ライノ”と化し、街を破壊し始める。
警官の攻撃は歯が立たず、スパイダーマンのスーツを着たホルヘがライノに立ちはだかる。
そこに現れたスパイダーマンは、代わりをしてくれたホルヘに感謝し、ママを守るようにと伝えて避難させる。
ライノに警告したスパイダーマンは、それを無視して突進してくる彼に立ち向かう。
