ブルーアイズを守ろうとしたシーザーはクマに立ちはだかり、ボノボのコバ（トビー・ケベル）に助けられる。
コバに感謝したシーザーは、傷ついたブルーアイズに、行動する前に考えるよう助言して居住地に戻る。
その場で、子供達に文字を教えるオランウータンのモーリス（カリン・コノヴァル）は、”猿は猿を殺さない”という掟を理解させる。
シーザーは妻コーネリア（ジュディ・グリア）の元に向い、雄の子猿を産んだ彼女に寄り添い、弟だと言ってブルーアイズを呼び寄せる。
人間のことについてモーリスと語り合ったシーザーは、滅びた可能性も考える。
あれから10年が経つが、この二年間は人間を見ていないと言うモーリスは、滅びただろうと語る。
親友のアッシュと共に川に魚を獲りに行ったブルーアイズは、その帰りに人間のカーヴァー（カーク・アセヴェド）と遭遇する。
ブルーアイズとアッシュに銃を向けたカーヴァーは、威嚇されたために発砲する。
銃声を聴いたシーザーらは、森に向かう。
アッシュを撃ってしまったカーヴァーは仲間達を呼び寄せ、リーダーのマルコム（ジェイソン・クラーク）にそれを伝える。
現れた猿に囲まれたマルコムらは警戒し、息子のアッシュが撃たれたために動揺するロケット（テリー・ノタリー）をシーザーは落ち着かせる。
悪意はないと伝えたマルコムは、言葉が通じるはずがないと考えるカーヴァーに、ただの猿だと思うかと言って銃を下ろす。
シーザーから”行け”と言われたマルコムらは驚き、指示に従いその場を去る。
マウコムの息子アレキサンダー（コディ・スミット＝マクフィー）が落していったバッグを拾ったモーリスは、それをシーザーに渡す。
シーザーは、マルコムらを追うようにとコバに指示する。
ゴールデンゲートブリッジを渡り、隔離エリアに戻ったマルコムは、生存者のリーダー、ドレイファス（ゲイリー・オールドマン）から、見つけたものがあるかを訊かれ、話があると伝える。
ダムは無事で1週間で発電はできると言うマルコムは、問題があると話す。
現れた猿が言葉を話したとマルコムから言われたドレイファスは、それを信じようとせずウィルスの心配をする。
CDC/疾病予防管理センターの看護師だったマルコムの妻エリー（ケリー・ラッセル）から、生存者には免疫があると言われたドレイファスは、とにかく電力を確保したいと伝える。
猿のリーダーは自分達を殺せたにも拘わらず、そうはしなかったとマルコムはドレイファスに話す。
生かして後をつけてきた猿は自分達を殺す気だと、カーヴァーは付け加える。
猿のリーダーが気になるドレイファスは、その異様な雰囲気に驚いたことをマルコムから知らされる。
パニックを恐れるドレイファスは、考えがまとまるまで、この件は誰にも話さないようにとマルコムらに伝える。
コバらは、隔離エリアに侵入して人間を観察していた。
アレキサンダーのスケッチブックを興味深く見ながら、人間を攻撃しようおするコバの考えなどを聞いたモーリスは、その人数や武器、来た理由などが分からない段階では軽率な行動はするべきではないと話す。
納得いかないコバは、息子アッシュが撃たれたロケットに意見を聞くが、シーザーに従うと言われる。
コバを指示する者達が騒ぎ始めるが、皆を黙らせたシーザーは、戦いが始まれば、今まで築いたもの、家や家族そして未来を失う可能性があると言って、朝までに自分が決めると伝える。
研究所で傷つけられたコバは、救われたことは忘れないとシーザーに伝えながら、従うと言って友情を確かめる。
翌日、シーザーが従え大挙して現れた猿達に驚くマルコムは、彼らに歩み寄る。
猿は戦いを望まないと言葉を発したシーザーは、必要であれば戦うと話し、ブルーアイズがアレキサンダーのバッグを返す。
猿の家と人間の家は違う、2度と来るなと伝えたシーザーは、皆を従えてその場を去る。
猿インフルエンザを恐れる人々は騒ぎ始めるが、免疫があると言うドレイファスは皆を鎮める。
猿が再び現れた場合のことを訊かれたドレイファスは、その時は思い知らせると言って、武器を使う考えを伝える。
危機を乗り越えてきた我々だが、燃料が底を突こうとする今、電力確保のためダムが必要であり、森に猿がいるとは思わなかったとドレイファスは話す。
対策を訊かれたドレイファスは、別の方法を考えると伝え、外の人々を見つければ世界を立て直せると言って皆を説得する。
ダム意外には方法がないとマルコムから言われ、それを理解しているドレイファスは、戦うしかないことを伝える。
電力がなければ滅びると言われたマルコムは、これ以上、仲間達を失いたくないと考え、山に戻り猿と話すために、3日待ってほしいと伝えてドレイファスを説得する。
猿を怒らせる可能性があり、言葉は通じるのかと言われたマルコムは、アレキサンダーのバッグを返したことがその答えだとドレイファスに伝える。
保管所に行って武器を確認してくると言うドレイファスは、3日だけだ与えるが、戻らなければ猿を皆殺しにすると伝えて、マルコムにそれを約束させる。
ダムの場所を知るカーヴァー、フォスター（ジョン・アイズ）とケンプ（エンリケ・ムルシアーノ）と共に森に向かうことをエリーに伝えたマルコムは、心配する彼女に、戦争を阻止するためには他に方法がないと伝える。
エリーとアレキサンダーに説得されたマルコムは、一緒の方が安全だと言う二人を連れて行くことになる。
山道で車を止めたマルコムは、2時間で戻らなければ街に戻るようにとエリーらに伝えて、雨の中、単独で森に向かう。
猿の居住区域に入ったマルコムはゴリラに捕らえられ、シーザーの元に連れて行かれて、話があると伝える。
見せたいものがあると言って、シーザーらをダムに連れて行ったマルコムは、その場の発電施設に案内し、稼働させれば安定した電力源になることを知らせる。
話を理解するシーザーに、この場を奪う気はないと言うマルコムは、施設再開の作業をさせてほしいと伝える。
仲間を連れて来たのかとコバから訊かれたマルコムは、悪意はないことを伝え、裏切った場合は自分を殺してもいいと言ってシーザーを説得する。
猿達と共に戻ったマルコムは、銃を構えるカーヴァーに、それを渡すのが作業をさせてもらえる条件だと伝える。
その夜、人間が電気を手に入れれば更に危険になるとコバから言われたシーザーは、 追い詰められた人間の要求を拒めば、攻めてくると答える。
攻め込ませて力を持たないうち人間を滅ぼすと言うコバに、どれだけの仲間が死ぬかを考えれば、平和になるチャンスであり、仕事が終われば彼らは帰るとシーザーは伝える。
自分の傷を指差し、これらも人間の仕事だと言うコバだったが、考えを変えないシーザーに従う。
アッシュはコバを指示するが、コバは人間を恨むことしか学ばなかったとシーザーは伝える。
キャンプをするマルコムとエリーは、アレキサンダーのことを心配する。
エリーは、猿が人間を殺したと言うカーヴァーに、ウィルスは科学者が作ったものだと伝える。
死んだエリーの娘のことやマルコムの妻も同じ目に遭ったことを話すカーヴァーだったが、フォスターに制止される。
具合が悪そうな息子を抱くコーネリアに寄り添うシーザーは、彼女から人間の心配していると言われる。
翌朝、目覚めたアレキサンダーは、その場にモーリスや他の猿が来ていることに気づく。
コバがいないことを知ったシーザーは、狩りに行ったとモーリスから言われる。
隔離エリアに向かったコバらは、人間が武器をチェックしている様子を監視する。
コバは大量の武器を確認するが、マクベイ（ケヴィン・ランキン）とテリー（ロンバルド・ボイアー）に見つかってしまい、油断させるためにおどけてみせる。
平凡な猿と思われたコバは追い払われ、自分達が銃で殺されることをグレイ（リー・ロス）に伝える。
シーザーに知らせようとするコバは、山にいる人間も信用できないと考える。
マルコムらはダムに向い、待機していたアレキサンダーは、義母のエリーに亡くなった娘のことを尋ねて、名前がサラだったことを知る。
同情してくれるアレキサンダーに、今はあなた達がいるとエリーは伝える。
ある場所に爆薬を仕掛けたマルコムらは、ケーブルが終わったために脱出する前に爆破する。
マルコムらは通路に閉じ込められてしまうが、シーザーらが現れて彼らを救出する。
負傷したカーヴァーはエリーの治療を受け、マルコムはシーザーに感謝する。
ブルーアイズについてきた弟マイロはエリーやアレキサンダーに懐くが、銃に触れようとしたためにカーヴァーが追い払おうとする。
興奮したブルーアイズに襲われたガーヴァーは銃を向けるが、それを奪ったシーザーが彼を殴ろうとする。
マルコムに制止されたシーザーは思い止まり、武器は渡す約束だったと伝えて、それを湖に投げ捨てる。
知らなかったと弁明するマルコムに、シーザーは出て行けと伝えてその場を去る。
家に戻ったシーザーは、コーネリアの様態が悪化したことを知り、彼女に寄り添う。
シーザーに会い謝罪しようとしたマルコムは、カーヴァーは帰すことを伝えて、コーネリアが病気であることを知る。
同行したエリーは薬で治療できることを伝え、助けられると言うマルコムだったが、シーザーは信じようとしない。
信じてほしいと言われたシーザーは、1日だけ猶予を与えると伝え、それでは足りないと答えるマルコムの意見を聞こうとしない。
その後、カーヴァーは、車に閉じ込められる。
戻ったコバは、人間が危険であることをブルーアイズに伝え、シーザーが人間と一緒にいることを知らされる。
ダムに向かったコバは、その場にいたアレキサンダーを突き飛ばし襲い掛かろうとするが、モーリスが立ちはだかる。
現れたシーザーにコバは、人間が子供達を襲うことを伝える。
人間に好意的に接するシーザーを批判するコバは、叩きのめされる。
猿は猿を殺さないと言って手を止めたシーザーは、謝罪するコバを許す。
シーザーの考えが理解できないブルーアイズは、自分は信じてもらえなくなったと考えるコバから、父を守るようにと言われる。
人間への愛でシーザーが歩むべき道を見失っていると言うコバは、人間がこの場にいる限り彼の命が心配だとブルーアイズに伝える。
翌朝、アレキサンダーは、現れたモーリスに昨日のお礼だと言って本を渡し、二人は親交を深める。
それに気づいたマウコムとエリーは、二人の様子を見守る。
マクベイとテリーの元に現れたコバは、二人を油断させて銃を奪い、彼らを射殺する。
その頃、発電装置を稼働させたマルコムは、森の中にあった”76”のガソリンスタンドに、電気が供給されたことをエリーから知らされて喜ぶ。
街に戻ってみると言うマルコムに、信じることを伝えたシーザーは、彼と握手をする。
ガソリンスタンドから流れる音楽が聴こえたカーヴァーだったが、コバに襲われる。
マルコムとエリーは、街の明かりが見えることをシーザーから知らされ、コーネリアが回復したことを喜ぶ。
シーザーとブルーアイズも、コーネリア様子を見て安心する。
しかし、火を放ったコバに銃撃されたシーザーは、岩の上から落下してしまう。
銃を見つけたブルーアイズは、それを掲げて人間の物だと言って叫び、危険を察したモーリスは、マルコムらに逃げるようにと指示する。
ブルーアイズから銃を受け取ったコバは、人間がシーザーを殺し火を放ったと言って街を襲おうとする。
コバは、シーザーの仇を討つことをブルーアイズに伝える。
車に向かうマルコムらは、猿から身を守るために隠れる。
電力の復旧を喜ぶ人々を見守りながら、タブレットの電源が入ったことに気づいたドレイファスは、家族の写真を見て涙する。
無線で外部と連絡を取ろうとするワーナー（ジョッコ・シムズ）の様子を見に行ったドレイファスは、猿が武器庫を襲ったことを知らされ、迎え撃とうとする。
襲い掛かって来た猿との銃撃戦が始り、ドレイファスらは防御線を突破される。
朝になり、森の中で倒れているシーザーを見つけたエリーは、まだ生きていることをマルコム伝えて車に運ぶ。
息子や家族を心配するシーザーを見守りながら、カーヴァーが撃ったとと考えたマルコムだったが、撃ったのは猿だとシーザーから言われる。
人間がいる市庁舎を占拠しようとしたコバは、捕えた男を殺すようアッシュに命ずる。
シーザーはそれを望まないと言ってそれを拒むアッシュを、コバは階下に放り投げて殺害してしまう。
ブルーアイズらにシーザーは死んだと伝えたコバは、今後は自分に従うようにと命ずる。
街に戻ったマルコムらは、シーザーの指示である家に向い、アレキサンダーは、人間（ジェームズ・フランコ）とシーザーが写っている写真を見つける。
手術が必要だとエリーから言われたマルコムは、平和のカギであるシーザーを助けるために、道具を取りに行くことを彼女に伝える。
捕えた人間を一か所に集めたコバは、彼らを囚人の様に扱う。
戦いに反対するモーリスらが拘束されていることを知ったブルーアイズは、コバを警戒するようにとモーリスから言われる。
必要な物を手に入れたマルコムは、襲い掛かる猿に気づき身を隠し、その場に現れたブルーアイズに、シーザーが生きていることを伝える。
シーザーの元に連れて行かれたブルーアイズは銃を置き、母と弟のことを訊かれて無事だと答える。
傷を見たブルーアイズはマルコムらのせいだと思うが、シーザーは、コバに撃たれたことを話す。
エリーの手術を受けたシーザーは、コバを信じたことが間違いだったとブルーアイズに伝える。
猿は人間よりも勝ると考えていたシーザーは、今は、自分達も人間も同じだと思っているとブルーアイズに話す。
コバがタワーにいることを知ったシーザーは、モーリスやロケットらは従っていないとブルーアイズから言われる。
アッシュを殺したコバを怖がり皆が従うが、自分を見ればコバから離れるとブルーアイズから言われたシーザーは、それは自分が強い場合だと伝える。
まだ傷が癒えないシーザーに、自分が協力すると伝えたブルーアイズは、モーリスらを助け出し人間を解放する。
起き上がり家の中を調べたシーザーは、ビデオカメラを見つけて、自分を育ててくれた科学者ウィル・ロッドマン（ジェームズ・フランコ）が撮影した映像を見て懐かしく思う。
その場に現れたマルコムは、2日経っても戻らないブルーアイズのことを心配しながら、ビデオの人物が誰なのかを尋ねる。
自分と同じ良い人物だったとシーザーから言われたマルコムは、ブルーアイズがモーリスらを連れて戻ったことに気づく。
森にいる女と子供をコバが呼びに行かせたことを知ったシーザーは、マルコムを伴いタワーに向かう。
地下鉄を通りタワーに向かおうとしたマルコムは、人間から呼びかけられたため、シーザーらと別れる。
ドレイファスに迎えられたマルコムは、その場に爆薬”C-4”を仕掛けてタワーを爆破すると言われる。
それを阻止しようとしたマルコムは、ドレイファスらに銃を向ける。
マルコムは、上に向かっているシーザーにチャンスを与えるとドレイファスに伝える。
コバと相対したシーザーは、互いの力を競い格闘になる。
猿は戦いを望んでいないと伝えたマルコムは、相手はケダモノだと言うドレイファスを説得する。
自分を止めても、軍事基地と連絡が取れたので応援が来ると言うドレイファスは、起爆装置のスイッチを手にする。
人類を救うと言うドレイファスは、その場を爆破する。
爆破のショックを受けながらも、尚も銃を乱射して仲間を傷つけるコバに、シーザーは飛びかかる。
鉄骨にしがみついていたコバから、猿は猿を殺さないと言われたシーザーは、彼の手を取り引き上げようとする。
しかし、お前は猿ではないと伝えたシーザーは手を放し、コバは落下する。
線路に隠れて無事だったマルコムは捕らえられ、解放するよう指示したシーザーは、軍隊が来ることを彼から知らされる。
この場にいれば戦争になるとマルコムから言われたシーザーは、既に戦いは始まり、人間は猿を決して許さないと伝える。
逃げるようにと言われたマルコムは、自分を友と呼ぶシーザーとの友情を確かめる。
シーザーは、その場に現れたコーネリアとマイロ、そしてブルーアイズを抱きしめる。
その様子を見ながら、マルコムはその場を去る。
マルコムが去ったことを確認したシーザーは、自分に跪く仲間達を見つめながら戦いに備える。
