IMFの連絡員だった店員は、謎の男（ショーン・ハリス）に銃を向けられる。
イーサンは、ガスが充満する部屋から出ることができず、容赦なく店員を射殺する男の姿を目撃しながら意識を失う。
ワシントンD.C.。
CIA長官アラン・ハンリー（アレック・ボールドウィン）は、IMFの暴走を委員会に訴える。
呼び出されたブラントはハンリーの意見に対し、長官の許可なく何も語れないとしか答えない。
IMFを批判するハンリーは、解体してCIAに組み込むべきだと主張する。
ブラントはそれに反発するものの、委員長（ナイジェル・バーバー）からハンリーに従うようにという指示を受ける。
拘束されていたイーサンの前に現れたイルサ・ファウスト（レベッカ・ファーガソン）は、その場に入って来たヤニク・ヴィンター（イェンス・フルテン）に何をしに来たかを問う。
何も答えないヴィンターは、イーサンを痛めつけて拷問しようとする。
イーサンは、3年前に死んだはずの元ＫＧＢであるヴィンター、別名”ボーン・ドクター”を挑発する。
テーブルの上にあった手錠の鍵を手にしたイルサは、イーサンにそれを見せる。
イルサに声をかけられ油断したヴィンターは、イーサンに蹴られて気絶する。
イーサンに鍵を渡したイルサは、その場にいた男達に襲いかかる。
拘束を逃れたイーサンはイルサに加勢して男達を倒し、彼女とその場から逃走する。
途中で扉を閉めたイルサは、残ると言ってイーサンを逃がそうとする。
イーサンが男達を殺したことにすると言うイルサは、何者かと聞かれても答えずに仲間達の元に戻る。
気がついたヴィンターは、銃を手にしてイーサンを追うものの、逃げられてしまう。
イーサンからの電話を受けたブラントは、ロンドンの拠点が襲われて連絡員が死亡したことを知り、応援を求められる。
何かを探していた相手が自分を殺さなかったと言うイーサンは、その人相だけは確認したことをブラントに伝える。
シンジケートが実在すると言うイーサンは、自分達の行動を把握して追跡を逃れていたことも伝えて、ヴィンターら元諜報員の情報を集めることをブラントに指示する。
それが不可能だと答えるブラントは、IMFが解体して、活動はCIA移行したことをイーサンに話す。
話はなかったことにすると言うイーサンは、自分は姿を消し、男とシンジケートを追うとブラントに伝える。
やり遂げろと言って電話を切ったブラントは、ハンリーにイーサンの居場所を聞かれるが、シンジケートを追っているだろうとだけ答える。
CIAが情報を掴めない理由は、IMFを存続させるためにシンジケートをでっち上げているからだと言うハンリーは、必ずイーサンを捜しだし、過去の騒ぎの責任を取らせるとブラントに伝える。
6か月後、バージニア州、ラングレー、CIA本部
ハンリーは作戦開始を命じ、ハバナに潜伏していると思われるイーサンを捕えようとする。
武装した工作員は目的の部屋に押入るのだが、イーサンは、パリでその様子を監視していた。
押入った部屋には、イーサンが集めたシンジケートに関する資料が残されていた。
CIAに配属されていたベンジーは、ウィーンで行われるオペラ”トゥーランドット”の招待券が当選したという郵便を受け取る。
週に一度、分析官のローレン（チャン・チンチュー）の質問を受け、嘘発見器にかけられていたベンジーは、ハンリーから、ハバナで入手した資料を見せられる。
写真は死亡か消息不明の各国の諜報員で、イーサンがそれを簡単に入手した理由を聞かれたベンジーは、自分が彼を庇っていることを否定する。
嘘発見器が反応しないことを確認したハンリーは、質問を終える。
オーストリア、ウィーン。
オペラ会場に向かうために地下鉄を降りたベンジーは、すれ違った男に封筒を渡される。
入っていたメガネをかけたベンジーは、通信機能のあるそれでイーサンから話しかけられる。
メールを受けたベンジーは、シンジケートにつながるある男の似顔絵を確認し、彼を捜すとイーサンに言われる。
その男が劇場に現れるはずだと言うイーサンは、男を捜す手伝いをしてほしいとベンジーに伝える。
捜してくれれば自分が後を追うと言うイーサンは、その後は帰国して仕事に戻るようにとベンジーに指示する。
オーストリア首相夫妻も劇場に到着し、ベンジーは桟敷席に侵入して、渡されたカタログ型端末を起動させる。
開演して第一幕が始り、劇場内を監視できる端末で、ベンジーは男を捜す。
怪しい男を見つけたベンジーからの連絡を受けたイーサンは、舞台裏に向いイルサを目撃する。
セットに潜んだイルサは、隠されていた狙撃銃を組みたててオーストリア首相を確認する。
楽器型の銃を組み立てた男に襲いかかったイーサンだったが、それは似顔絵の男ではなかった。
髪の毛を染め変装して客席にいた似顔絵の男は、イーサンと格闘していた男のコンタクト・カメラから携帯電話に送られて来たイーサンの映像を確認する。
相手を倒したイーサンは、照明ブースに銃を構えた別の男がいることをベンジーから知らされる。
銃を手にしたイーサンは、首相を狙うイルサと男のどちらを撃つか迷う。
イーサンは首相を銃撃して、同時にイルサも発砲する。
ベンジーが照明ブースに押入って男に襲いかかり、イルサがその男を射殺してその場から離れる。
首相は軽傷だったが、劇場内は厳戒態勢となる。
イルサの前に現れたイーサンは、舞台用のロープを手にして屋上に向い、二人は地上に降りる。
首相夫妻は、劇場から避難して車で移動するが、爆破装置が仕掛けられていた車は大破する。
車で現れたベンジーは、イーサンとイルサを乗せて逃走するが、自分を撃った彼女に気づき驚く。
敵とは限らないと言うイーサンは、イルサが潜入捜査中のイギリス諜報員だと考える。
所持していた口紅をイルサから奪ったイーサンは、自分を逃がしたために立場が悪くなり、首相暗殺の命令を受けたと彼女から言われる。
暗殺する振りをしただけだと言うイルサは、首相に軽傷を負わせて、安全な場所に避難させるつもりだったことをイーサンと確認する。
他の男は、一人が暗殺に失敗した場合の補助で、もう一人がイルサを殺す役目だったと考えるイーサンは、更に車を爆破するための手を打っていた、似顔絵の男が誰なのかを彼女に問う。
追ってきた車に銃撃されながら逃げるイーサンは、シンジケートを壊滅させたいのなら、自分を逃がすようにとイルサに言われる。
イルサは、自分を捜せるはずだとイーサンに言い残して車から飛び降りる。
ウィーンの事件にイーサンとベンジーが絡んでいたことを知ったハンリーは、特殊部隊を送り込みイーサンを捜し出すようブラントに命ずる。
隠れ家の船に向かったイーサンは、自分に暗殺を手伝わされたことを帰国後に話せと、ベンジーに伝える。
情況を教えてほしいとベンジーに言われたイーサンは、劇場にいた二人の男が、消息を絶っていた元諜報員であることを伝え、追っていた似顔絵の男の行く先々で大事件が起きていることを話す。
シンジケートが全てに絡んでいると考えるイーサンは、その”ローグ・ネイション”（ならず者組織）が、IMFの解体で行動を活発化しているとベンジーに伝える。
今夜も男が劇場にいたはずだと考えるイーサンは、手伝わせてほしいと言うベンジーに、守り切れないと伝えて帰国するよう指示する。
ベンジーは残ると言い張り、納得したイーサンは、イルサを捜すために、手掛かりとなる彼女の口紅をベンジーに渡し、それがUSBメモリだと分かる。
シンジケートのリーダー、ソロモン・レーン（ショーン・ハリス）の元に向かったイルサは、2度もイーサンを逃がしたことで疑うのなら、自分を殺すよう伝える。
イルサから銃を奪われたボディガードを射殺したレーンは、イーサンにモロッコの発電所のことを話したものの、秘密はばらしていないとイルサに言われる。
イーサンを捜すようレーンに命ぜられたイルサは、手を打ってあるために、彼から現れると伝える。
メモリを調べたベンジーは、ハッキング不可能なコンピュータ施設で、侵入もできないデジタル金庫の図面だとイーサンに伝える。
カサブランカ。
イーサンとベンジーは、イルサの元に向かう。
ルーサーを呼び寄せたブラントは状況を説明し、ハンリーの命令で作戦が開始されるため、その前にイーサンとベンジーを捜す必要があることを伝えて協力を求める。
イーサンを友人と考えないブラントの頼みを聞く気のないルーサーだったが、CIAがイーサンとベンジーを殺すと言われ、仕方なく納得する。
似顔絵の男が、シンジケートのリーダーであるレーンだとイルサから知らされたイーサンは、彼が元ＭＩ6の諜報員だと言われる。
MI6がなぜCIAに情報を渡さないのか疑問に思うベンジーだったが、身内の恥を隠しているとイーサンに言われる。
レーンに信頼され、組織の内容を解明するのが自分の任務だと言うイルサは、それを暴く証拠をようやく手に入れたことをイーサンに伝える。
メンバーの名前やテロの協力者など、組織全体を示すファイルを盗んだメンバーがレーンを脅迫した。
そのメンバーは施設のデジタル金庫にデータを隠し、パスワードを言わずに拷問で死んだということだった。
それを盗み出すために自分が送り込まれたと言うイルサは、施設への侵入は不可能だと伝える。
施設は軍が警備する発電所で、問題の場所に行くには、中央通路を通り厳重なチャックを受けると言うことだった。
他のルートを探したイーサンは、一人が水中にあるデータ保管場所に向い、それをすり替える方法を考え、金属を探知されるため酸素ボンベも使えないとイルサに言われる。
放水口からハッチまでは水流が強いために2分かかり、データ交換に1分、合計3分、息を止める必要があった。
ベンジーは、イーサンがデータをすり替えて自分が最終ゲートに行くと簡単に考える。
CIAの作戦は開始され、ルーサーは、イーサンが似顔絵の女（イルサ）を信用しているため、彼女を捜せばイーサンを見つけられるとブラントに伝える。
ルーサーは、顔認証で一瞬にしてイルサだと断定するが、彼女が除籍されていることを知る。
イーサンとイルサはパラシュート降下で発電所に侵入し、ベンジーは検問をパスして施設に入る。
時計を3分にセットしたイーサンは、息を止めて水中に飛び込み、ベンジーはロックを解除しながら最終ゲートに向かう。
イルサが水を止めて、イーサンはハッチに到着してデータ・カードを交換しようとするのだが、回転軸にふれてそれを落してしまう。
水流が復活し、何んとかカードを拾ったイーサンは、苦しみながらそれをセットして脱出用ハッチに向かう。
それが開けられないまま限界に達したイーサンは、意識を失う。
最終ゲートも通過したベンジーは、データを転送させて施設を離れる。
水中に潜ったイルサがイーサンを救い、ハッチから脱出して、彼を電気ショックで蘇生させる。
脱出口に向かったベンジーは、疑っていたことをイルサに謝罪する。
データを抜き取ったUSBメモリをイーサンに見せたベンジーだったが、イルサが電気ショックで彼を気絶させる。
イルサはメモリを持ち去り、体を自由に動かせないイーサンは何もできなかった。
カサブランカに着いたブラントとルーサーは、イーサンとベンジーを捜す。
イーサンは意識が戻ったベンジーと共に、レーンよりも先にイルサを捕えようとする。
仲間と合流したイルサは、イーサンが死んだことを伝えて、用意されたバイクで移動しようとする。
逃走したイルサは、車に乗ったイーサンとベンジーに見つかる。
イルサを追うイーサンとベンジーは、ブラントとルーサーの車に出くわす。
驚きながらイルサを追うイーサンは、バイクのシンジケート、メンバーに攻撃される。
路地で反撃するものの追い詰められたイーサンは、バックでその場から逃れ、車は横転する。
追いついたバイクから男が下りて来るが、ブラントが車で男に体当たりして、イーサンとベンジーを助ける。
バイクを奪ったイーサンはイルサを追い、ハイウェイから山岳地帯に向かう。
突然、道路に立つイルサが目の前に現れたため、それを避けようとしたイーサンは転倒してしまう。
ブラントらを待っていたイーサンは、データのコピーをとったことをベンジーに確認する。
ロンドン。
MI6長官アトリー（サイモン・マクバーニー）に会ったイルサは、シンジケートの全情報が入ったファイルだと言ってメモリを見せて、彼が持っていた新聞の上にそれを置く。
内容が本物だと言う証拠を求められたイルサは、全てを承知した上でレーンが渡したデータではないかと指摘される。
イーサンを利用し共に罠にハメるのがレーンの狙いだと指摘するアトリーに、それを確かめられるのは自分しかいないと言われたイルサは、再び任務に就くことを断る。
イルサは、データを渡しせば任務終了のはずだと伝える。
シンジケートに潜入して捜査を行うことが任務であり、レーンにテストされていると言われたイルサは、彼の元に戻るようアトリーに命ぜられる。
レーンを裏切り過ぎたと言うイルサは、自分の意思で行動したことは認めるが、イーサンが殺されたかもしれないと伝える。
殺されれば信用されたかもしれないと言うアトリーは、冷酷になるようイルサに指示する。
イーサンは同盟国の人間だと言うイルサに対し、政治は共通の利益だけで動くとアトリーは答える。
現在、祖国を追われているイーサンを殺しても問題はないと言われたイルサは、レーンに従うよう命ずるアトリーに任務は果たしたと伝え、イギリスに戻してほしいと伝える。
自分にも祖国はないと言われたイルサは、CIAにも情報は与えていないため、相手は組織の殺し屋だと思い、正体を知る者は少ないため、どうなるか立場を考えるようアトリーに半ば脅される。
レーンの元に戻るしか方法がないとアトリーに言われたイルサは、メモリを手にしてその場を去る。
コピーのメモリの内容が、イギリス政府の機密情報が入っている”レッド・ボックス”だったため、開けないことうをイーサンは知らされる。
首相（トム・ホランダー）の音声認証が必要であり、それが開けないとシンジケートの存在が立証できないため、自分達はCIAに追われることになるとブラントは指摘する。
ベンジーは、レーンが自分達に盗ませたと考え、首相を拉致しるつもりだとルーサーに言われたイーサンも同感だった。
首相の生死に関わる問題であるため、MI6に知らせる必要があると言うブラントだったが、レーンの思うつぼだと言うイーサンは、彼が首相を拉致する前に捕えるべきだと主張する。
仕方なくそれに従うと言うブラントは、レーンを捕える方法をイーサンに尋ねる。
レーンにメモリを渡したイルサは、暗号化されていたために開けなかったと伝える。
自分に逆らう理由をイルサに尋ねたレーンは、罪もない人々を殺すテロリストだからだと言われる。
体制の維持のための国家の人殺しと、変革のための殺人は違うとレーンは話す。
イーサンは違う考えだと言うイルサだったが、彼はギャンブラーであり、その運は尽きるとレーンは伝える。
ヴィンターにメモリが空だと言われたレーンは、イルサを再びイーサンの元に向かわせる。
駅でイーサンに会ったイルサは、周囲にベンジーらがいることを確認して話をする。
メモリが空だと知っていたことを、イルサはイーサンに確認するが、ベンジーはメモリは本物だったと伝える。
メモリを一度も手放さなかったかとイーサンから聞かれたイルサは、アトリーに会った際に消去されたと考える。
（アトリーは、新聞の下に隠してあった端末でメモリのデータを消去した）
ショックを受けながら、そのことを承知していたのかをイーサンに尋ねたイルサは、それにより任務から解放されると考えたと言われる。
メモリが空なら、なぜイルサが生きているのかと話し合うブラントとベンジーは、これが罠である可能性を考える。
ボスは誰かと聞かれたイルサは、レーンやアトリー、アメリカやイギリスであり、信念を持って選んでもどれも同じだと答える。
今後の選択肢は3つあると言うイルサは、それを語る。
自分とメモリをCIAに渡し、シンジケートの存在が立証されてCIAがレーンを追う、イーサンらは反逆罪に問われ、レーンは野放しになる。
自分を解放して、メモリでレーンを誘き寄せることも考えられるが、ギャンブラーのイーサンはメモリを彼に渡すことになる。
レーンのことは忘れて、今直ぐ自分と姿を消すという選択肢も話すイルサは、そうしても、やがて違うレーンが現れて誰かが戦うとイーサンに伝える。
役目を果たした自分達は、平凡な暮らしをするべきだと言われたイーサンは、それはレーンの伝言かとイルサに尋ねる。
三度、救わせる気かと言われたイーサンは、イルサから携帯電話を渡され、それに映るベンジーがヴィンターに連れ去られたことに気づき、ブレント共に駐車場に向う。
ルーサーはイルサを見失ったことを、イーサンとブラントに知らせる。
イルサの裏切りだと言うブラントに対し、イーサンはレーンの計画通りだと考える。
レーンからの電話を受けたイーサンは、ベンジーを助けたければ、午前０時までにロックを解除したメモリを渡すようにと言われる。
それをブラントとルーサーに伝えたイーサンは、首相を拉致することを考える。
罠だと言うブラントだったが、イーサンは決着をつけるチャンスだと伝える。
ジェット機で移動中だったハンリーはブラントからの連絡を受け、居場所がロンドンであることを知り針路を変える。
仲間を殺させる気はないと言うブラントは、裏切る場合でも、自分の判断で行動することをハンリーに伝える。
動揺しながら仲間達の元に戻ったブラントは、首相を拉致することの重大性を語り、これしか方法がないとイーサンに言われる。
その通りだと答えるブラントは、ベンジーを助けるためだと言ってその場を去る。
レーンの元に連れて行かれたベンジーは、準備をすると言われる。
その夜、首相夫妻が出席するチャリティ・オークション会場でハンリーを迎えたブラントは、手出しをしないように約束させる。
首相夫妻は到着し、イギリス政府に首相の危機を知らせたかを聞かれたブラントは、イーサンの確保には協力するとだけ答える。
アトリーも現れたことを確認したハンリーは、勝手な行動をするイーサンの、悪い面を見習ったとブラントに伝える。
部下にブラントを見張るよう指示したハンリーは、アトリーに声をかける。
モロッコの”ローグ・ネイション”（ならず者組織）のことを聞かれたハンリーは、首相が危険であることをアトリーに伝えて、二人は話し合うことになる。
オークションは始り、アトリーに呼ばれた首相は、国家の安全に関わる話だと言われる。
ハンリーとアトリーから状況を説明された首相は、IMFが、存在しないテロ組織の壊滅のために勝手に動き出していることを知らされる。
IMFのイーサンを操っているのが、元MI6の諜報員で2年前に消息を絶ったイルサ・ファウストだと知らされた首相は、自分との関係を尋ねる。
ハンリーに紹介されたブラントは、イーサンが”レッド・ボックス”を奪い、”シンジケート”の壊滅のためにそれを使おうとしていることを話す。
それが、アトリーが実験の目的で作った”シンジケート”であることを確認した首相は、話が矛盾していることを指摘する。
アトリーは、とにかく安全な場所に避難するよう首相に伝える。
ブラントからソロモン・レーンのことを聞かれた首相は、知っていると答え、戸惑うハンリーは、シンジケートが実在するのかとアトリーに尋ねる。
それが、各国の元諜報員を集めて新たなIDを与え、国家の敵を排除する、アトリーの理論上の計画だったことを首相は話す。
その活動資金は海外のレッド・ボックスに保管し、それを操作できるのは自分だけだと言う首相は、その提案を却下して実行を許さなかったことを語り、約束させたはずだと言ってアトリーに確認する。
シンジケートは存在せずイルサに操られていると言うアトリーに、公聴会が開かれた場合にそれを話すよう伝えた首相は、その場を去ろうとする。
危険だと言って首相を引き留めたハンリーは、イーサンには、どのような相手にも対抗して情報を入手する能力があり、どんな人物にも変装できると伝える。
この状況も予想するイーサンが狙っているとハンリーに言われた首相は、アトリーに鎮静剤入りの自白剤弾を撃たれてしまう。
アトリーに扮していたイーサンはマスクを取り、意識が朦朧とする首相に近づいたブラントが、アトリーが撃ったことを確認する。
アメリカとイギリスが独立戦争時代に戻ったとハンリーに言われたイーサンは、非常事態であるための措置だと答える。
ルーサーに連絡をとったイーサンは、レッド・ボックスを開くための作業を始めて、首相から必要事項を聞き出し、それに成功する。
その場に現れたアトリーは、イーサンに自白剤を撃たれ、シンジケートを作った自分を裏切った、レーンの行動を隠蔽しようとしてメモリを空にしたことを話してしまう。
イーサンは、利用したイルサのことをハンリーに話すようアトリーに指示し、それも認めさせる。
解毒剤をイーサンから渡されたハンリーは、事実を知られたアトリーが首相を撃ち、自分が救ったという筋書きにするとブラントに言われる。
イーサンから麻酔銃を渡されたハンリーは、彼を信用する。
レーンに電話をしたイーサンは、メモリが開けたことを伝えて、受け渡し場所に向かおうとする。
ルーサーから、レーンに資金が渡ってしまった場合の危険性を指摘されたイーサンだったが、命懸けで阻止することを伝える。
必ず戻るとブラントにも約束したイーサンは、レッド・ボックスの内容を確認して資金の口座番号を全て暗記し、メモリを破壊する。
引き渡し場所の野外カフェに向かったイーサンは、ベンジーとイルサ、そして周辺にいるレーンの部下を確認する。
レーンは、ベンジーにイヤホンとコンタクト・カメラを付けさせてハントと話す。
ベンジーの胴体には爆弾が仕掛けられ、イルサは銃を手にしていた。
イルサは、メモリを受け取り二人を殺し、さもなければ皆死ぬとイーサンに伝える。
レコード・ショップで会った時から、自分を追う男だと思ったとレーンに言われたイーサンは、考えが変化した彼の心中を分析して語る。
葬るチャンスが来たとイーサンに言われたレーンはメモリを要求するが、5000万ドルでベンジーを解放するよう取引される。
再びメモリのことを聞かれたイーサンは、24億ドルの全ての口座を記憶したことをレーンに伝える。
レーンは仕方なく起爆装置を停止し、ヴィンターらにイーサンを捕えるよう指示する。
ヴィンターらが近づいた場合に自分を撃つよう、イーサンはイルサに指示する。
一対一で取引するようレーンに伝えたイーサンは、ベンジーを解放させて仲間の元に向かわせる。
イルサを殺しイーサンは生かすようレーンに指示されたヴィンターは、二人に襲いかかろうとする。
イーサンとイルサは発砲してその場を逃れ、追っ手を次々と倒す。
ヴィンターと格闘になったイルサは、ナイフで相手を刺殺する。
レーンに追われたイーサンは、ある建物のガラス戸を突き破り、外れていた床板の下に飛び降りる。
その場に飛び降りたレーンはイーサンを追い詰めるが、四方と天井をガラス板で囲まれ、ブラント、ルーサー、ベンジー、そしてイルサが現れる。
仲間達にレーンを紹介したイーサンは、自分達がIMFであることを彼に伝える。
ベンジーがボックスにガスを注入し、レーンは発砲するもののガラスは防弾だった。
無念の表情のレーンは意識を失い、ボックスは警察車両に乗せられる。
自由になれたとイルサに伝えたイーサンは、どこに行くのかを尋ね、分からないと言う彼女は、任務は終えたと答える。
イーサンを抱きしめたイルサは、幸運を祈ると言われる。
”私を捜すことはできるわね？”と言い残したイルサは、車で走り去る。
ワシントンD.C.。
委員会に出席したハンリーは、半年前のIMF解体の主張を撤回する考えを委員長に伝える。
ハンリーは、シンジケートがアメリカ政府の上層部にまで潜入したため、イーサンを裏切り者にしておく必要があったと話す。
IMF解体は、シンジケート壊滅のための作戦だったことを認めたハンリーは、IMFの復活を委員長に要求する。
ハンリーは、非常事態であるために必要なことだと伝える。
それを容認できるかと委員長から聞かれたブラントは、長官の同意がなければ答えられないと答える。
その場を離れたブラントは、ハンリーに話しかける。
”IMFにようこそ、長官”
