カウントダウンは0となり、鎖につながれてバケツのような装置を頭に被った5人に、スピーカーから聴こえる男の声は、魂を浄化すれば救われる、ウソを悔いろ、わずかな血を流せば助かる可能性があると言いながら、ゲームの開始を宣言する。
チェーンが巻着こまれる壁には丸鋸がセットされ、5人は焦り、腕をわずかに傷つけて出血したアナ（ローラ・ヴァンダーヴォート）は被っていた装置が外れる。
ミッチ（マンデラ・ヴァン・ピーブルズ）、ライアン（ポール・ブラウンスタイン）、カーリー（ブリタニー・アレン）は、アナから、どかを切って血を流すようにと言われ、それに従った三人は助かる。
残った一人は間に合わず、4人は次の部屋に向かう。
一命を取り留めたエドガーは、病院に運ばれて治療を受け、彼を2度逮捕したことをハロランはキースに伝える。
エドガーに質問したいハロランだったが、主治医から、いつ意識が戻るかは不明だと言われる。
4人は動揺するものの、アナは、ゲームなら勝つチャンスはあるとライアンに伝える。
最初のゲームの犠牲者は、公園で吊るされた状態で発見される。
検視官ローガン・ネルソン（マット・パスモア）と助手のエレノア・ボネヴィル（ハンナ・エミリー・アンダーソン）の検視に立ち会ったハロランは、10年前に死んだ”ジョン・クレイマー”と同じ手口だと言われる。
パズル状に切り取られた首の傷口からUSBメモリが摘出され、それには、”そして4人・・・”と書かれていた。
エレノアがメモリの内容をチェックし、それを受け取ったハロランは、クレイマーらしき音声を照合しようとする。
死んだクレイマーであることは考えられないため、エレノアは、それをローガンに確認する。
4人の前に現れた人形の胸のメモには”告白しろ”と書かれていて、首につながれた鎖が巻き取られる。
罪を告白する4人は焦り、ミッチが、”再生しろ”と書かれた人形の傍にあったテープレコーダーに気づく。
それをミッチが手にした瞬間に鎖はローラーから外れるが、4人は、天井から首を吊られると考える。
注射器が3本現れ、ミッチはテープを再生する。
女性からバッグを奪い、発作を起こさせて死亡させてしまい、わずか数ドルを奪った者が4人の中にいて、アナらは気絶している間に毒物を投与されていたが、注射器3本のうちの1本が解毒剤だということが分かる。
他は生理食塩水でもう1本は酸であり、正しいものを注射すれば鎖が外れるが、選択を誤れば全員死ぬということだった。
バッグを盗んだのはカーリーだと分かり、選ぶヒントとなる注射器の数字を見て、見覚えがないか確認する。
鎖が天井に巻き込まれ4人は吊るされてしまい、注射器を持っていたライアンは、それをカーリーに刺す。
4人の鎖は外れて落下するものの、3本注射されたカーリーは、苦しみながら息絶える。
アナに責められたライアンは皆を救ったと反論して口論になり、ミッチが二人を落ち着かせる。
ミッチは、注射器の中の数字で、ドアを解錠できるかもしれないと考える。
歯形により、死体の身元が”マルコム・ニール”だということが判明し、5年前に自宅に侵入した彼に、目の前で妻が喉を切られて殺されたことを、ローガンはハロランらに話す。
頭部は丸鋸で切断されていると言うローガンは、データの音声がクレイマーと一致したことをハロランから知らされる。
キースは、ゲームが始まると言っていたエドガーの言葉を思い出し、データにあった4人が死に直面していると、エレノアは皆に伝える。
ミッチは、注射器の数字でドアの鍵を開けて、3人は次の部屋に入る。
鉄格子のついた窓から外の風景を確認したライアンは、田舎のようだとアナとミッチに伝える。
その場にあったドアを強引に開けようとしたライアンは、仕掛けにより床下に落ちた脚が抜けなくなる。
アナが床下を覗き、脚のワイヤーは滑車につながりレバーがあることを確認し、床を壊したミッチはテープレコーダーを見つける。
ワイヤーで脚が絞めつけられたライアンは苦痛を堪え、ミッチが床下からテープを拾う。
テープを再生したライアンは、レバーを引けば自由になれることを知る。
遺体に動物の糞が付着していたことに気づいたエレノアは、オーエスキー病のウィルスを確認したため、場所が特定できるかもしれないとローガンに伝える。
二人目の遺体が屋上から落下した状態で発見され、”そして3人・・・”というメモが残されていた。
それを調べたローガンは、死因は落下ではないことをハロランに伝える。
遺体を解剖したローガンは、フッ化水素酸が首から注入されていることを確認し、イラクで見たとハロランに話す。
舌にはパズルの傷があることが確認され、エレノアは”ジグソウ”（クレイマー）の手口だと考える。
ローガンの友人であるキースに、彼がイラクで体験したことを尋ねたハロランは、軍医だった彼が捕虜になりご拷問されたことを知る。
帰国後に精神を病み、数か月病院で療養したローガンが正気かどうか疑うハロランは、キースから、彼は兄弟同然だと言われる。
隣りのサイロの明かりに気づいたミッチとアナはそこに入り、その場にあったモニターがつき、”再生しろ”と書かれている、ぶら下がっているリモコンを取る。
その瞬間にドアは閉まってしまい、モニターに現れた人形は、”他人の命より自分の利益を重くみて、世間を欺き続けた”とアナとミッチに伝える。
2人を救えるのはライアンで、レバーを引けば助かると言われたアナとミッチは、穀物が降り落ちてきたために焦る。
アナとミッチから、レバーを引くようにと言われたライアンだったが、できないと伝える。
エレノアの言動が気になるハロランは、マルコムが殺された日にいた場所を彼女に問い、家にいたと言われたために証明できるか尋ねる。
ベビーシッターに任せてある娘のメリッサとパソコンで話したローガンは、ハロランからエレノアのことを訊かれ、単なる助手だと答える。
ハロランから、クレイマー信者のサイトにエレノアが頻繁に出入りし、あるものをダウンロードしていると言われたローガンは、彼女を模倣犯だと疑っているのかと彼に問う。
その場にいたキースがそれを否定し、エレノアのアリバイについて訊かれたローガンは、彼女が自分の助手になった経緯などを淡々と話す。
その後、マルコムの爪から採取された血液がクレイマーと一致していることを知ったハロランとキースは驚く。
ライアンはレバーを引くことができず、穀物が入ってくるのは止まるものの、体が埋もれたアナとミッチに向かって刃物などが降り落ちる。
ミッチは肩にナイフが、アナは腕に釘が刺さり、レバーを引いたライアンの脚は、ワイヤーが締まり切断される。
その瞬間にサイロのドアが開き、アナとミッチは助かる。
エレノアの携帯電話の位置情報を受け取ったキースは、病院を出たところでマスコミに囲まれる。
バーにいたエレノアと話したローガンは、ハロランが自分達を疑っていることを伝える。
ローガンは、自分がハロランを嫌っていることに気づいていたエレノアに、転任してきた年に、ある事件が起きて凶悪犯が捕まるが、ハロランの強引な尋問で釈放されてしまい、翌日、8歳の少女が殺害されたことを話す。
少女は自分が解剖したと言うローガンは、自制がきかない身勝手なハロランが好きにはなれなかった。
マルコムが発見された時に、自分はスタジオにいたとローガンに話すエレノアは、ジグソウのサイトのことも知っている警察にはバレると言われる。
自分も関係していると思われていると言うローガンは、エレノアのスタジオに案内させる。
その場に向かったローガンは、エレノアが、ジグソウのゲームで使う器具や装置をコレクションしていることを知る。
二人を尾行していたキースは、その様子を写真に撮る。
エドガーは、何者かに点滴に薬物を投与される。
痛みで苦しむライアンの脚を、アンが応急手当てする。
翌朝、ローガンは悪夢を見て目覚める。
（ローガンの背中には傷跡がある）
エレノアのスタジオの写真をキースから受け取ったハロランは、総監がクレイマーの遺体を確認する考えがあることを知らされる。
その件をキースに任せたハロランは、ローガンの軍歴や病気のことを調べていたが、エドガーが治療室から消えたことを知らされる。
トラクターの中にあった、自分の名が書かれてテープレコーダーを再生したミッチは、足にロープがかかり逆さ吊りにされる。
ブレーキの欠陥を隠して若者にバイクを売り死亡させたミッチは罪を問われ、それが自分の甥だというテープの声は、同じバイクのエンジンを利用した装置の説明を受ける。
そのそこにあるブレーキのレバーを引けばモーターは止まると言われたミッチは、エンジンがかかった装置の中に下ろされる。
部屋の梁に上ったアナは、車輪に棒を挟みエンジンを止めるものの、再び動き出したために、ミッチの体は切り刻まれる。
連れ去られたエドガーの目撃者がいないことで苛立つハロランは、キースからの連絡を受ける。
クレイマーの墓から棺が掘り出され、その中には、ほほにパズルの傷がある殺されたエドガーが入れられていた。
それを知ったハロランは、エレノアの令状をとるようキースに指示する。
エレノアのスタジオを調べたハロランとキースは、その場にあった死体と”そして2人”というメモを確認する。
ここにエレノアが死体を置くはずはないと考えたキースは、ローガンを捕らえるとハロランに伝えて彼女は任せる。
ローガンの元に向かい話を聞いたキースは、スタジオの遺体を発見したのはハロランで、彼がエドガーを憎んでいたので、殺す動機もあると言われる。
エドガーを逮捕した時も、装置ではなく胸を撃ったハロランがエドガーを殺す気だったと言うローガンは、キースが内務調査官だと見抜いていた。
以前からハロランを調べていたキースは、何件もの殺人に関与している疑いがあり、今回の被害者3人が彼と関わりがあるとローガンに話す。
ハロランが犯人だと言うローガンは、エドガーを解剖させてほしいとキースに伝える。
エドガーの胸から弾丸を摘出したローガンは、それをキースに渡す。
家に現れたエレノアに自分達は疑われていないと言うローガンは、犯人はハロランだと伝える。
ゲームの場所が農家だと言われたローガンは、警察には連絡せず、自分達だけで解決する気のエレノアと共に現場に向かい、ハロランが二人を尾行する。
ドアをこじ開けて隣りの部屋に入ろうとしたアナは、何者かに襲われて、ライアンと共に拘束される。
二人の前に現れたジョン・クレイマー（トビン・ベル）は、ゲームを始めることを伝える。
ライアンの欺瞞に満ちた人生を責めるクレイマーは、生きたいと言う彼に、自分も、研修医がレントゲンの写真を間違えなければ、ガンは早く見つかり苦しみは少なかったはずだと話す。
隣人だったアナが、自分の抗ガン剤治療が難航した際に、夫のマシューと共に親切に接し支えてくれたと話すクレイマーは、彼女に感謝する。
その後、仲の良い夫婦が変貌して口論が絶えなくなり、育児に悩み自分で子供を殺したアナが、マシューが誤って子供を窒息死させたことにした痛ましい事実をクレイマーは彼女に伝える。
クレイマーは、マシューは正気を失い、その後、首吊り自殺をしたことも話す。
自分達で責任を負うようにと二人に伝えたクレイマーは、ゲームの準備をする。
オーエスキー病により閉鎖された養豚場である、ジグソウの妻ジル･タックの家族の所有していた農家に着いたローガンとエレノアは内部に向かう。
二人の後を追ってきたハロランは、キースからの電話に出ない。
ハロランの家を調べていたキースは、パズル状に切り取られた皮膚を冷蔵庫の中から見つけて、彼が犯人だと確信する。
納屋に入ったローガンとエレノアは、ゲームで使われた装置や大量の血を確認する。
マルコムの頭部が切断された丸鋸を見つけたローガンとエレノアは、死んだはずではあるが、ジグソウの犯行の可能性を考える。
自由を手に入れたければ学べとアナとライアンに伝えたクレイマーは、チャンスを与えると言ってショットガンに弾を1発込める。
それをテーブルのスタンドに置いたクレイマーは、お前達次第だと言ってその場を去る。
ジグソウと同じ装置を作ったエレノアを疑うローガンは、ファンは大勢いることと、証拠があるハロランが犯人で、自分は誰も殺していないと言われる。
その場に現れたハロランから銃を向けられたローガンは銃を捨てて、エレノアもそれに従う。
ハロランに襲い掛かったローガンはエレノアを逃がすものの、殴られて意識を失う。
ライアンを殺そうとしたアナは、ショットガンを手にして発砲するが、バックファイアーを受けて死亡する。
弾丸の中に鎖を外すキーが入っていたことを知ったライアンは、クレイマーがそのヒントを与えていたことに気づく。
ハロランは、背中に注射を打たれて倒れ込む。
意識が戻ったローガンは、ハロランと共に首に装置が装着されていることに気づく。
スピーカーから流れるクレイマーの声は、頭部を切断できる装置のことを説明し、自分が死に値する理由を認めれば死から解放されることを二人に伝える。
目の前にスイッチがあり、自分からやると言うハロランはローガンのボタンを押してしまう。
壁に引き寄せられた装置からレーザーが発射され、それが顔に近づいたローガンは、レントゲン写真を間違えたのは自分だとクレイマーに伝える。
謝罪するローガンだったが、レーザーが首に掃射されて死亡する。
スイッチが入れられレーザーが発射されたハロランは、証拠の改ざんや賄賂を受け取り、無実の者を刑務所送りにしたことなどを告白する。
レーザーは止まり安心したハロランだったが、ローガンが起き上がる。
クレイマーとグルなのかと訊かれたローガンは、俺が彼だとハロランに伝えて、録音した告白を確認し、白骨化した死体を見せる。
（アナとライアンの死体）
ゲームは10年前にこの場で行われ、クレイマーのレントゲン写真を間違えたために、自分もプレーヤーの一人だったと言うローガンは、許されたのだった。
最初のゲームで、悪意のないミスで死ぬ必要ないと言うクレイマーに救われたローガンは、背中を丸鋸で傷つけられるものの、彼の手当を受けた。
10年後、ハロランの未解決事件から罪人を集めてジグソウと同じゲームを再現し、担当の事件から似ている者を選んだ。
ジグソウは5人、自分は3人で、ハロランと残ったローガンは、クレイマーに匹敵するか、同じように才能があるかを試したことを話す。
レーザーを発射させたローガンは、情報屋だったエドガーを守って逮捕しなかったために、妻のクリスティーンが殺されたことをハロランに伝える。
こんなことをしても妻は戻らないと言われたローガンは、エドガーを利用してゲームを始めさせ、彼の胸を撃ち、解剖で弾丸をすり替えてキースに渡したことも話す。
保存してあったクレイマーの血液をマルコムの爪に付着させ、ハロランの家の冷蔵庫にパズル状の皮膚を入れてあるため、誰も自分を疑わないと言うローガンは、エレノアが自分のアリバイを証明すると伝える。
10年前に精神を病んで復員し、ジグソウのおかげで立ち直ったと言うローガンは、お前や凶悪犯達に命を奪われた者の代理であり代弁者だと伝えて装置のスイッチを入れる。
レーザーは、ハロランの頭部を複数に切断する。
自分は死者の代弁者だと言い残したローガンは、その場を去る。
