”トレッドストーン”の情報を確認したパーソンズは、作戦に関与しているCIA分析官リチャード・ウェッブ(グレッグ・ヘンリー)の息子”デヴィッド・ウェッブ”がボーンであることを知る。
アクセスしている場所がレイキャビクのハッカー基地であることを突きとめたリーは、送電を止めさせる。
逆探知を感知したパーソンズはデータを入手し、電源が切れたために、その場の者達に銃を向けてコンピュータを破壊して立去る。
ヴァージニア州、マクリーン。
CIA長官ロバート・デューイ(トミー・リー・ジョーンズ)は、部下のクレイグ・ジェファーズ(アトー・エッサンドー)からハッキングされたという報告を受け、関係者を集めるよう指示する。
カリフォルニア州、シリコンバレー。
ソーシャル・メディア企業”ディープドリーム”のCEOアーロン・カルーア(リズ・アーメッド)は、CIAのメインサーバーがハッキングされたことを、アシスタントのバウメン(スティーヴン・クンケン)から知らされる。
アクセス・データを調べたリーは、それ行ったのが反政府活動家ディソルトに関係する、”トレッドストーン”のメンバーだったニッキー・パーソンズであり、その関与者がジェイソン・ボーンだったことを突きとめる。
デューイと国家情報長官のエドウィン・ラッセル(スコット・シェパード)、そしてジェファーズの元に向かったリーは、ボーンと関係するパーソンズがハッキングしたことを報告する。
秘密作戦”トレッドストーン”と、まだ実行されていない”アイアンハンド”に関わっていると思われるパーソンズは、アテネに向かったということだった。
デューイはパーソンズを消す考えを伝え、リーが担当を志願する。
まだ未熟だとデューイから言われたリーは、パーソンズの奪ったファイルに追跡ソフトをセットしたので、必ず追尾できると伝える。
奪われた情報を回収して、パーソンズとボーンを確保すると自信を示したため、デューイは今回の件をリーに任せる。
全て自分に報告するようにとデューイから言われたリーは、それに従うことを伝えて感謝する。
イタリア、ローマ。
デューイから連絡を受けた作戦員(ヴァンサン・カッセル)は、”ジェイソン・ボーン”に関係する仕事があることを知らされ、アテネに向かうよう指示される。
ギリシャ、アテネ。
格闘会場に現れたパーソンズに気づいたボーンは、1時間後に”シンタグマ広場”のキオスクで待つという彼女からのメモに気づく。
パーソンズがシンタグマ広場に向かったことをリーから知らされたデューイは、アルファとブラボーの2チームに行動を指示する。
シンタグマ広場。
暴動寸前のデモが行われている中、現れたボーンから何事かと問われたパーソンズは、ディソルトの司令でCIAの機密作戦のファイルを入手したことを伝える。
雑踏の中でリーがパーソンズを確認し、デューイは彼女を追うよう指示する。
新たな作戦”アイアンハンド”が開始されると知らされたボーンは、自分には関係ないことで、監視網を逃れて生き延びるのが先決だとパーソンズに伝える。
そんな生活は長くは続けられないと言うパーソンズは、ボーンの父リチャードと”トレッドストーン”が関係していたことを話す。
自分が作戦の前から監視され、ファイルを見れば何をされたのかが分かると言われたボーンは、不審な男達に気づき、パーソンズと共にその場から逃げる。
ボーンは、男達を自分に任せてアテナ像の場所に向かうようパーソンズに指示し、彼を確認したデューイは実力行使を許可し、アルファ・チームが行動を開始する。
アルファの二人を叩きのめしたボーンは、その場を去る。
パーソンズを追うよう指示したデューイは、ギリシャ政府が非常事態宣言を発動するだろうということを知る。
機動隊とデモ隊は衝突し、ブラボー・チームがパーソンズを追う。
警察のバイクを奪ったボーンはブラボーを全滅させ、パーソンズを乗せて逃走する。
到着した作戦員はボーンらを追うものの事故を起こし、監視しているリーの指示に従う。
ボーンが”オモニア・スクエア”に向かったことをリーから知らされた作戦員は、建物に入りその場にいた者達を射殺して屋上に向かい狙撃の準備をする。
狙撃されたボーンは転倒してしまい、パーソンズは意識はあるものの動くことができない。
市警が建物に突入するため、退避するようにとリーから指示された作戦員だったが、それを拒みボーンを仕留めようとする。
ボーンが生きていれば殺されるとリーから言われたデューイは、作戦員に20秒の猶予を与える。
助けるとボーンから言われたパーソンズは、逃げるようにと伝えた直後に作戦員に狙撃される。
パーソンズが投げた鍵を拾ったボーンは、その場から姿を消す。
ボーンを逃がしたデューイは、ディソルトを捜すようリーに命ずる。
作戦員の屋上での行動が気になったリーは、彼とボーンの関係をデューイに問う。
”ブラックブライアー”をボーンが暴露したために作戦を妨害され、シリアに潜入していた作戦員は捕えられて拷問を受け、救出するのに2年かかったことをデューイはリーに伝える。
他の作戦も暴露しかねないボーンが、自分達を破滅させようとしていることは確かだと伝えたデューイは、進展があり次第、知らせるようにとリーに指示する。
翌日、駅のコインロッカーをパーソンズの鍵で開けたボーンは、その場にあった拳銃と暗号化データが入ったUSBメモリなどを確認する。
”トレッドストーン”と”アイアンハンド”、父リチャードとの関与、自部が監視されていたことなどが書かれた手帳もチェックしたボーンは、ディソルトが、ベルリンのコルヴィッツプラッツにいることを突きとめる。
ワシントンD.C.。
プレゼンテーションを終えたカルーアは、レストランでデューイに会い、ハッキング事件を確認して、関係を解消することを伝える。
情報収集能力が不十分であるため、ディープドリームの裏システムを使いたいことをカルーアに伝えたデューイは、彼に協力を求める。
これ以上のリスクは負えないと言うカルーアに、監視ゼロのネット社会を作り世界を救う考えなど論外だと伝えたデューイは、それが世界を危機に陥れ、国家の安全を守れなくしていると伝える。
その責任を負っているとカルーアに伝えたデューイは、よく考えるようにと伝えて席を立つ。
ボーンの行動パターンや性格などを調べたリーは、きっかけを与えれば作戦に復帰するだろうという”トレッドストーン”の心理学者アルバート・ハーシュ博士(アルバート・フィニー)の分析をチェックする。
ベルリン。
ディソルトの住居に侵入したボーンは、戻った彼に、パーソンズの暗号化データを開くよう指示する。
追尾ソフトが反応したことに気づいたリーは、それがベルリンであることをデューイに知らせ、行動開始を指示される。
反応がディソルトの住所だとリーから知らされたデューイは、ボーンの目的がCIAではないのでないかと言われるものの、彼を分かっていないと伝える。
データをチェックしたボーンは、腐敗した政府機関を壊滅させるために手を組むことディソルトから提案される。
しかしボーンは、狙いは違うはずだとディソルトに伝える。
監視カメラでボーンがパソコンに向かっていることを確認したデューイは、それを阻止するようリーに指示する。
”トレッドストーン”に父リチャードが関わっていたことを確認したボーンは、適性判断のため新規の候補者は監視下に置かれることを知り、自分の記録を調べる。
監視担当官がマルコム・スミス(ビル・キャンプ)であることを知ったボーンは、ベイルートで自分と会った際に、父リチャードがテロで死亡したことを思い出す。
襲い掛かってきたディソルトを叩きのめしたボーンは、スミスがロンドン在住であることを突きとめる。
パソコンにアクセスしてファイルを全て削除したリーは、その部屋にある携帯電話でボーンに話しかける。
代わって話したデューイは、CIAに対する敵意を捨てるようにとボーンに伝える。
デューイに知られないよう、リーは現地チームが2分でその場に到着することをボーンにメールで知らせる。
現れた二人の男を倒し、ボーンは逃亡する。
ボーンの採用時にスミスがロンドンの監視局員で、現在は民間事業に転身していることをジェファーズから知らされたデューイは、作戦員を送るよう指示する。
正しくない選択だと指摘するリーは、ボーンは殺さずに身柄を確保し、自分達に有益なことを知った彼に、復帰の機会を与えるべきだと主張する。
ファイルを見て過去を知ったボーンに会えば、復帰させられると伝えたリーは、一度試し失敗したら意見に従うことを提案する。
デューイがそれに反対しないため、情報長官のラッセルは、ボーンを復帰させられなかった場合は、そこで全てを決めるようにと指示してその場を去る。
出しゃばったことを謝罪するリーを許すデューイは、行動の前に休むよう指示する。
本社を出ようとしたカルーアは、現れた司法省の担当官から、独占禁止法違反容疑で国から告訴されたことを知らされ、デューイが手を回したと考える。
デューイの意見を聞くべき時期だとバウメンから意見されたカルーアは、対策を考えようとする。
列車でロンドンに向かうボーンは、サイバー部の新任部長リーについて調べる。
作戦員に連絡したデューイは、手強いボーンへの恨みは捨てて、そのつもりで行動するよう指示する。
通じていたバウメンから電話を受けたデューイは、保証と交換でディープドリームの情報を知らせると言われ、それを約束する。
デューイは、カルーアがラスベガスである行動に出ることを知らされる。
ロンドン。
スミスに連絡したボーンは、パディントン・プラザで話したいことを伝える。
それを知ったリーは待機するデューイに報告し、共に行動する作戦員に追跡装置を渡し、監視チームに指示を出す。
パディントン・プラザに向かった作戦員は、デューイとの交信を確認して、リーから渡された追跡装置をゴミ箱に捨てる。
アルファー・チームはスミスの居場所をリーから知らされ、ブラボー・チームの二人は作戦員に殺される。
それを作戦員から知らされたデューイは、その交信を聴いていたことをスミスに確認する。
ブラボーが移動しないことに気づいたリーは、行進不能だとデューイに伝え、アルファにスミスを確認させる。
作戦員はアルファの二人も射殺し、デューイは、交信が途絶えて戸惑うリーと指揮を代わる。
行動実行の許可を得た作戦員は、ある建物に入る。
作戦員が移動していないことに気づいたリーは、交信もできないため、車をパディントン・プラザに向かわせる。
スミスは現場に到着し、ボーンは、細工した二か所の火災警報を遠隔操作で作動させて、その場を混乱させる。
屋上で狙撃準備をしてターゲット(スミス)をロックした作戦員は、火災警報が作動したことをデューイに知らせる。
雑踏の中でスミスに銃を向けたボーンは移動し、その場に着いたリーは彼を確認する。
ボーンもリーンに気づき、デューイは、スミスがまだその場にいることを知る。
建物に入りスミスを脅したボーンは、”トレッドストーン”を発案した父リチャードに雇われて自分を監視させた理由を訊く。
答えるなとデューイから言われたスミスは黙っていたため、ボーンに脚を撃たれる。
屋上に向かいベイルートのことを訊かれたスミスは、地上に落とされそうになりながら、自分を作戦に誘ったにも拘らず、なぜ父が発案を黙っていたのかとボーンから問われる。
父はテロで殺されたのではないと考えるボーンは、殺された理由を訊くものの、家族のことを考えろとスミスはデューイから言われる。
銃を向けられたスミスは、ボーン自身が理由だと伝え、作戦実行に関与しないリチャードはボーンが勧誘されたことを知り、息子を殺し屋にさせないために作戦を暴露しようとしたことを話す。
誰が父を殺したかを知ろうとするボーンは、スミスの無線機に気づき、それを外してデューイとの交信を聴く。
そこに現れた作戦員が父を殺した男だと気づいたボーンは、スミスと共に地上に落下する。
電線にしがみついたボーンはシャッターに激突するものの、立ち上がって姿を消す。
地上に向かった作戦員は、ボーンがいないことをデューイに知らせ、次の仕事のために追跡せず、空港に向かうよう指示される。
リーが運転する車に押し入ったボーンは、話をしたかったと言う彼女にデューイの居場所を尋ねる。
デューイがカルーアに会うためにラスベガスに向かうことを知らされたボーンは”アイアンハンド”が何かをリーに尋ね、全世界を完璧な監視下に置くシステムである、デューイの新作戦だと言われる。
そのために、デューイがカルーアを巻き込んだと知ったボーンは、自分を助ける理由をリーに尋ねる。
デューイを葬りたいと言うリーから携帯電話を渡されたボーンは、ラスベガスで会おうと言い残し、車を降りて姿を消す。
ラスベガス。
デューイを迎えたジェファーズは、カルーアを狙撃する予定の犯人像を伝え、ラッセル情報長官には知らせるなと指示され、自分を狙うボーンが現れると言われる。
システムを操作して、”クリストファー・マイケルズ”の名前でボーンを入国させたリーも到着する。
”EXOCON2016”のゲストとしてシンポジウムに参加するデューイは、会場の”アリア”に到着して部屋に向かう。
ボーンは、チェックインするリーと会うためにメールを送る。
ステージに上がる前に話すと言って、デューイはリーを捜すようジェファーズに指示する。
会場に向かったボーンは、その場に置かれていた追尾装置と隠しカメラを手に入れる。
現地入りして武器などを受け取り、狙撃後の脱出経路を確認していた作戦員は、デューイから連絡を受けて、カルーアの狙撃後に彼の左手を撃つよう指示される。
待ち合わせ場所でリーに近づいたボーンは、ジェファーズと共にデューイの元に向かう彼女のポケットに追尾装置を入れる。
ボーンからのメールを受けたリーは、追尾装置をデューイのポケットに入れるよう指示される。
デューイと話したリーは、ロンドンの件では処分しないと言われ、彼に感謝して会場に向かう。
職員に扮した作戦員も内部に侵入し、ボーンは入場パスを盗む。
入口でカルーアに会ったデューイはリーを紹介し、スタンフォード大学で同窓だった二人は言葉を交わす。
リーは、デューイのポケットに追尾装置を入れる。
シンポジウムは始り、会場に入ったボーンは、警備を叩きのめして銃を奪い、作戦員は狙撃する場所に向かう。
デューイはジェファーズに呼び止められ、リーと共にステージに上がったカルーアは、発言したいことをホストに伝える。
ボーンが2時間前にロンドンから到着したことをジェファーズから知らされたデューイは、誰かが入国を許可したと考える。
ボーンは、様子がおかしいというリーからのメッセージを受け取る。
作戦員は、カルーアとリーを直ちに始末するようにとデューイから指示される。
話を始めたカルーアが、全てを暴露しようとしていることに気づいたデューイは、直ぐに射殺するよう作戦員に命ずる。
会場に入り、作戦員の居場所にライトを当てたボーンは、狙撃の狙いを狂わせて、その場を銃撃する。
銃弾を受けたカルーアは倒れ込み、会場は混乱し、デューイは避難して部屋に向かう。
人混みに混ざりその場から出たボーンは、追尾装置の信号でデューイを追う。
ジェファーズは、作戦員の顔が知られボーンを確認したことをデューイに知らせる。
ロビーに向かい、ジェファーズに追われながらエレベーターに乗ったボーンは、デューイの部屋に押し入る。
ベイルートでしたことの片を付けると言うボーンは、父の死はテロだと思わされたために志願したことをデューイに伝える。
デヴィッド・ウェッブではなくジェイソン・ボーンであるため、自分の意思で志願したと言われたボーンは、32人殺したことで国家の安全が守られたと語るデューイに、別の生き方を探すと伝える。
無駄だと考えるデューイから戻って来るよにと言われたボーンは、押入って来たジェファーズを射殺するものの銃弾を受ける。
ボーンに銃を向けたデューイだったが、現れたリーに射殺される。
消えろとリーに伝えたボーンは、その場を去る。
混乱する建物を出た作戦員は、SWATの装甲車を奪い逃走し、それに気づいたボーンが車で追跡する。
パトカーや警察のヘリコプターも加わり、”ラスベガス・ストリップ”で激しい追跡が続き、作戦員の装甲車は”リヴィエラ”のカジノに突入して、ボーンの車は入口で止まる。
作戦員を追い襲い掛かったボーンは、格闘の末に相手を殺す。
翌日、無事だったカルーアは、病院で治療を受けて、入り口でマスコミに囲まれ、会場で話そうとした内容を訊かれる。
今は何も話せないと答えたカルーアは、ディープドリームの理想は変わらないと言い残してその場を去る。
ワシントンD.C.。
ラッセル情報長官の車に乗り話したリーはラスベガスの一件を謝罪し、デューイの失策だと伝える。
”アイアンハンド”と組織全体が世間に注目されてしまったと言うラッセルは、沈黙するカルーアと話し合えると考えるリーから、デューイは過去の人で、未来を見ているカルーアは自分の世代だという話を聞く。
新長官には自分の意に叶う人物を任命するはずだとラッセルに伝えたリーは、ボーンのことを訊かれ、彼に信頼されているので呼び戻せると言って自信を示す。
失敗した場合はボーンを消すと言うリーは、自分が必要でなければ自由にしてほしいとラッセルに伝える。
自分の情報は他の機関で役立つと伝えたリーは、車を降りる。
その後、ボーンに会ったリーは、CIA本部の壁に飾られていた”殉職者の星”のレプリカを渡す。
星の裏に刻まれた父”リチャード・ウェッブ”の文字を確認したボーンは、以前とは変わったCIAに、愛国者として戻ってほしいと言われる。
考えてみると伝えたボーンは、リーから連絡方法を訊かれるものの、何も答えずに立ち去る。
車に戻ったリーは、その場に置いてあった端末に気づき、記録されたラッセルとの会話を確認する。