現場に駆け付けたアリソンは、被害者がエリックか不安に思いつつ、判別できないほど損傷した死体を確認する。
部下のマーク・ホフマン（コスタス・マンディロア）から、エリックではないと言われたアリソンは、被害者が鎖に繋がれていたようだと知らされる。
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体中に鎖を繋がれた犯罪者のトロイ（J・ラローズ）は、置かれていたモニターにビデオが映し出されたことに気づき、男から、生きるか死ぬかの選択を迫られる。
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現場の状況は爆発だと言うマークは、被害者が、爆発する前に一本ずつ鎖を体から外し、逃げ切らば助かったはずだとアリソンに話す。
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体に直接繋がれた鎖を、痛みに耐えながら一本ずつ外したトロイだったが、タイマーが切れて爆死する。
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エリックの失踪を自分の責任だと考えるアリソンは、それを否定するリッグから、犯人を捕らえるようにと言われる。
ジグソウ/ジョン・クレイマー（トビン・ベル）の犯行ではないと言うアリソンは、犯人は被害者を逃がす気はなかったことをリッグに伝え、ビデオ・テープが残されていたことを知る。
帰宅してビデオと資料を確認していたアリソンは、侵入者の気配を感じて警戒する。
クローゼットの隠しカメラに気づいたアリソンは、その場を調べるものの、ブタのマスクを被った何者かに襲われる。
目覚めたアリソンは拘束されていることに気づき、ビデオの男から、ゲームをしようと言われる。
肋骨にくい込む装置を1分以内に外さないと死ぬと言われたアリソンは、解除する鍵が酸のビーカーに入っていることを知らされる。
仕方なくビーカーに手を入れたアリソンは、激痛に耐えながら鍵を取り出すものの、現れた人物に驚きながら、胸部を引き裂かれて死亡する。
ERの医師リン・デンロン（バハー・スーメク）は、クリス（アラン・ヴァン・スプラング）とベッドを共にしていたが、悩みながら病院に向おうとする。
話し合う必要があると考えるクリスに何についてと尋ねたリンは、”離婚”だと言われる。
交通事故に遭った少年を適切な処置で救ったリンは、ブタのマスクを被った者に襲われる。
アマンダ・ヤング（ショウニー・スミス）に監禁されたリンは、末期ガンで闘病中のクレイマーの元に連れて行かれる。
クレイマーから、自分の病院の患者だったと言われたリンは、カルテを見せられる。
ゲームをしたいと言われたリンは、アマンダが作った装置を首に付けられ、クレイマーから、それが心拍モニターに直結しているため、自分が死ぬか逃げたら爆発することを知らされる。
クレイマーを生かし続けるようアマンダから指示されたリンは、もう一人被験者の男がいると言われる。
男がいくつかのテストを受ける間、クレイマーを生かしておくようにとリンに伝えたアマンダは、ゲームを始める。
木箱に閉じ込められていたジェフ（アンガス・マクファーデン）は、その場にあったテープレコーダーを再生し、息子を飲酒運転で殺した者への憎悪と復讐に生きてきたと言われる。
その男は裁判で軽犯罪とみなされて自由の身となったと言われたジェフは、試練を与えられ、逃れるには一連のテストを受けることを知らされる。
苦しみが伴うテストは毎回人を赦すチャンスが与えられ、無事にパスできれば、息子の命を奪った男と対決させることを、テープの男はジェフに約束する。
2時間後に扉は閉ざされると言われたジェフは、リフトに乗せられていた木箱を落下させる。
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最愛の息子ディラン（ステファン・ゲオルグ）を亡くし、娘コルベット（ニーヴ・ウィルソン）と共に悲しみの日々を送っていたジェフは、ブタのマスクを被った者に襲われ拉致される。
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木箱は床に落下して壊れ、ジェフはきを失い、目覚めた彼は扉を開けろというメモと鍵を見つける。
アマンダは、リンの診察を受けているクレイマーに、”彼”が箱から出たことを伝える。
医療器具もなく、脳圧を下げるには病院で手術を受けるしかないことをアマンダに伝えたリンは、無理だと言われて脅される。
それを制止したクレイマーは、ルールに従うのがゲームだとアマンダに伝えた直後に発作を起こす。
何とか処置したリンは、病院に行く気になったかアマンダに尋ねる。
この場で手術をすると言われたリンは、それに従うしかないため、必要な麻酔やドリルなどをアマンダに要求する。
部屋から出たジェフは、扉に書かれた”恐れに立ち向かえ”という文字を確認し、冷凍室に入る。
その場には全裸の女性ダニカ・スコット（デブラ・リン・マッケイブ）が吊るされていたため、ジェフは持っていた鍵で彼女の鎖の鍵を開けようとするものの、それは合わなかった。
その場にあったテープを聴いたジェフは、ディランの事故の唯一人の目撃者だったダニカが証言を拒んだために、息子の命を奪った男に裁きを下せなかったことを知る。
このままでは凍死してしまうダニカを救うか、彼女を見殺しにするかの選択を迫られたジェフは、パイプの奥に鍵があることを知る。
その鍵でダニカを救えば、ディランを殺した男に近づけると言われたジェフは迷う。
霧状の水が吹き付けられたダニカは寒さに耐えきれず、過ちを犯し後悔しているとジェフに伝えて助けを求める。
鍵を取ろうとしたジェフは、ダニカが氷で覆われたことに気づく。
パイプに顔を押し付け、痛みに耐えながら何んとか鍵を手にしたジェフは、ダニカが凍死していたため外に出る。
その場にあった”銃弾が全てを終らせる”というメモに気づいたジェフは、銃弾を確認する。
リンに手術の準備をさせたアマンダは、自分がクレイマーのゲームの被験者となり、それから逃れ、彼の後継者となったことを思い出す。
”彼”が冷凍室からでたことをアマンダから知らされたクレイマーは、女（ダニカ）を救おうとしたと言われる。
通路で、ディランの事故を思わせる三輪車と人形を見つけたジェフは、”解き放て”と書いてある扉を開けて中に入る。
助けてくれという男の声に気づいたジェフはテープを聴き、タンクの中で首を鎖で固定されているの男が、ディランの事件の判事ハルデン（バリー・フラットマン）だと気づく。
ハルデンを救うには、焼却炉の中の息子の遺品と共にある鍵が必要であり、それを焼いて灰にすれば手に入れられることをジェフは知る。
コンベアーが動きだし、運ばれた腐ったブタが粉砕機に落下し、粉々になった溶液のような物がタンクに流れ込む。
ブタは次々と運ばれて落下し、息子を殺した”ティモシー・ヤング”の刑はたった6か月だったと言ってハラデンを罵るジェフは、彼を助けようとしない。
ハラデンから、刑期を延ばすことは可能だと言われたジェフは、ティモシーは釈放されたと伝えるものの、同じような人殺しになるなと説得される。
焼却炉に向かったジェフは、ディランの思い出の品を前にしながら迷い、仕方なくそれを燃やして鍵を手に入れる。
タンクに入ったジェフは、鎖を外してハルデンを助ける。
判事が生きていることをクレイマーに伝えたアマンダは、準備を整えたリンの手術を見守る。
頭部を切開し頭蓋骨にドリルで穴を開け、カッターで切り取ったリンは、頭蓋骨を外して脳圧を下げる。
心拍数が下がり危険な状態になったクレイマーだったが、意識の中で、元妻のジル・タック（ベッツィ・ラッセル）のことを想いながら、何とか持ち堪える。
動揺するアマンダは、師であるクレイマーから全てのことを教わり、指示に従ったことを思い出す。
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アダム・フォークナー（リー・ワネル）を拉致したアマンダはバスルームに向かい、足枷で鎖につなぐようクレイマーから指示される。
ゲームを始めるというクレイマーは、その場で自殺したことを偽装して、外に出たアマンダは扉を締める。
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症状が安定したクレイマーに寄りそうアマンダは、何も聞こえないとリンから言われて憤慨し、彼女に襲い掛かる。
クレイマーに制止されたアマンダは、リンと二人にしてほしいと言われたため、仕方なくその場を離れる。
アマンダの態度を謝罪したクレイマーは、感情の激しさが彼女の欠点だとリンに伝える。
自分を傷つけるアマンダは、バスルームに向かい、助けると言いながらアダムを窒息させた時のことを思い出す。
扉に書かれた”お前のチャンスだ”という文字に気づいたジェフは、”復讐は目前”というメモと拳銃のマガジンを見つけて、それに弾丸を込める。
復讐は何も解決しないとハルデンから言われたジェフは、扉を蹴破り、装置に拘束されている、ディランを殺したティモシー・ヤング（エムポー・クワホー）に気づき、彼が首からかけていたテープレコーダーの声を聴く。
男から対決の時だと言われたジェフは、助ければティモシーは生きられることを知らされる。
装置を解除する鍵はショットガンに繋がっているため、息子のために死ねるかジェフは問われる。
装置が作動し始めて、右手首がねじれたためティモシーは叫び声をあげる。
ティモシーの左手もねじれ、傍観するなら共犯だとハルデンから言われたジェフは、妻子のことも考えるようにと説得される。
両足首もねじれ始めたため、ジェフは鍵を外すものの、発砲されたショットガンの弾丸でハルデンの顔面が吹っ飛ぶ。
装置を止めることができないまま、首が回転したティモシーは息絶える。
アマンダは、その様子をモニターで確認する。
クレイマーから夫のことを訊かれ、今は何があっても会いたいと答えたリンは、見知らぬ男とモーテルで過ごし、子供の存在さえ考えていないと言われる。
自分達夫婦が、あらゆる苦しみを乗り越えてきたとクレイマーに伝えたリンは、苦しみはこれからだと言われる。
クレイマーとリンが手を握っている姿を見たアマンダはその場を離れ、彼から指示されていた、引き出しの封筒を開けて動揺する。
命を救ったので解放してほしいとリンから言われたクレイマーは、自分の命ではないかもしれないと伝えて、彼女の娘と息子の話をしようとする。
なぜ家族に背を向けるとリンに問うクレイマーは、アマンダから、第3テストが終了したことを知らされる。
リンを解放するようクレイマーから指示されたアマンダは、まだ”彼”が全てを終えていないと伝え、その価値がないと言って銃を手にする。
自分の命はリンが握っているとクレイマーから言われたアマンダは、被験者のことを訊かれ、エリックらがどうなったか話し始める。
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右足首の痛みに耐えながら息子ダニエルを捜すエリックは、アマンダに襲い掛かり痛めつける。
ダニエルの居場所を訊かれたアマンダは、エリックの足首を蹴ってその場を去る。
自分がクズでジグソウ（クレイマー）ではないと言われたアマンダは、エリックに襲い掛かる。
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手を下したのでなく、見殺しにしただけだとクレイマーから言われたアマンダは、苦しみながら彼の考えを批判する。
救おうとしたと話すクレイマーを信用できないアマンダは、リンが自分にとって大事な存在であると話すクレイマーから、最後のチャンスだと言われる。
その頃ジェフは、”最後のチャンス”というメモと拳銃を見つけて、マガジンをセットする。
もう一度よく考えろと言われたアマンダはリンを銃撃し、そこに現れたジェフは、妻リンを抱きかかえる。
クレイマーから、4つの命を破滅させたと言われたアマンダは、ジェフに首を撃たれる。
自分のゲームだったとクレイマーから知らされたアマンダは、ジェフとリンが夫婦であることは、ゲームのために隠しておいと言われる。
息絶えたアマンダを見つめながら、クレイマーは、ゲームオーバーとつぶやく。
銃を向けるジェフに、怒りと復讐心は愛する者を傷つけるとクレイマーは語り掛ける。
クレイマーから、自分を殺しても一層苦悩するだけで息子は生き返らない、父親を必要としている娘のことを考えろと言われたジェフは、引き金を引くものの弾丸はなかった。
死にかけているリンを救う時間が残り少ないと言われたジェフは、潜んでいる周囲の脅威を少しでも刺激すれば彼女は死ぬと話すクレイマーから、4分で救急車を呼ぶが妻を連れ帰りたいかを問われる。
自分と対峙して人生を取り戻したいかとも訊かれたジェフは、もちろんだと答え、単純なルールの最後のテストをすると言われる。
テーブルの上の残忍な器具のことを知らされ、復讐するか自分を赦すかを問われたジェフは、赦すと言いながら、丸ノコでクレイマーの首を切る。
リンの首の装置が作動し、クレイマーはテープを再生する。
ドアが閉まり、赦しの最後のテストがクレイマーだったことを知ったジェフは、敗れたという声を聴きながら、生きる望みも与えると言われる。
自分を殺すことはできないと言うクレイマーは、ジェフの子供の命に責任があると伝える。
娘の居場所を知るのは自分だけだと言うクレイマーは、その場は直に空気がなくなるため、救いたければゲームを続けるようジェフに指示する。
クレイマーは死亡し、リンの首は吹き飛び、ジェフはその場に閉じ込められる。
