カリフォルニア州、シリコンバレー。
ソーシャル・メディア企業”ディープドリーム”のCEOアーロン・カルーア（リズ・アーメッド）は、CIAのメインサーバーがハッキングされたことを、アシスタントのバウメン（スティーヴン・クンケン）から知らされる。
アクセス・データを調べたリーは、反政府活動家ディソルトに関係する、”トレッドストーン”のメンバーだったニッキー・パーソンズの仕業で、彼女に関係するのがジェイソン・ボーンだったことを突きとめる。
デューイと国家情報長官のエドウィン・ラッセル（スコット・シェパード）の元に向かったリーは、ボーンと関係するパーソンズがハッキングしたことを報告する。
秘密作戦”トレッドストーン”と、まだ実行されていない”アイアンハンド”に関わっていると思われるパーソンズは、アテネに向かったということだった。
デューイはパーソンズを始末しようと考え、リーが担当を志願する。
まだ未熟だとデューイから言われたリーは、パーソンズの奪ったファイルに追跡ソフトをセットしたので、必ず追尾できると伝える。
デューイは、奪われた情報を回収して、パーソンズとボーンを確保すると自信があると言うリーに今回の件を任せる。
全て自分に報告するようにと言うデューイの指示に従うことを伝えたリーは、彼に感謝する。
イタリア、ローマ。
デューイから連絡を受けたアセット/作戦員（ヴァンサン・カッセル）は、”ジェイソン・ボーン”に関係する仕事だと言われ、アテネに向かうよう指示される。
ギリシャ、アテネ。
格闘会場に現れたパーソンズに気づいたボーンは、1時間後に”シンタグマ広場”のキオスクで待つという彼女からのメモに気づく。
パーソンズがシンタグマ広場に向かったことをリーから知らされたデューイは、アルファとブラボーの2チームに行動を指示する。
シンタグマ広場。
暴動寸前のデモが行われている中、現れたボーンから要件を訊かれたパーソンズは、ディソルトの司令でCIAの機密作戦のファイルを入手したことを伝える。
雑踏の中でリーがパーソンズを確認し、デューイは彼女を追うよう指示する。
新たな作戦”アイアンハンド”が開始されることを知らされたボーンは、自分には無関係で、監視網を逃れて生き延びるのが先決だとパーソンズに伝える。
そんな生活は長くは続けられないと言うパーソンズは、ボーンの父リチャードと”トレッドストーン”が関係していたことを話す。
自分が作戦の前から監視されていたことと、ファイルを見れば何をされたのかが分かると言われたボーンは、不審な男達に気づき、パーソンズと共にその場を離れる。
ボーンは、男たちを自分に任せてアテナ像に向かうようパーソンズに指示する。
デューイはボーンを確認して実力行使を許可し、アルファ・チームが行動を開始する。
アルファの2人を叩きのめしたボーンは、その場から逃れる。
パーソンズを追うよう指示したデューイは、ギリシャ政府が非常事態宣言を発動することを知る。
機動隊とデモ隊は衝突し、ブラボー・チームがパーソンズを追う。
警察のバイクを奪ったボーンはブラボーを全滅させ、パーソンズを乗せて逃走する。
到着したアセットはボーンらを追うものの事故を起こし、監視しているリーの指示に従う。
ボーンが”オモニア・スクエア”に向かったことをリーから知らされたアセットは建物に入り、その場にいた者たちを射殺して屋上に向かい、狙撃の準備をする。
狙撃されたボーンは転倒してしまい、パーソンズは意識はあるものの動くことができない。
市警が建物に突入するため、退避するようにとリーから指示されたアセットだったが、それを拒みボーンを仕留めようとする。
デューイは、ボーンが生きていれば殺されるという意見を聞き、アセットに20秒の猶予を与える。
ボーンは動けないパーソンズを助けようとするが、彼女は、逃げるようにと指示した直後にアセットに狙撃される。
パーソンズが投げた鍵を拾ったボーンは、その場から姿を消す。
ボーンを逃がしたデューイは、ディソルトを捜すようリーに命ずる。
アセットの屋上での行動が気になったリーは、彼とボーンの関係をデューイに尋ねる。
”ブラックブライアー”をボーンが暴露したために作戦を妨害され、シリアに潜入していたアセットは捕えられて拷問を受け、救出するのに2年かかったことをデューイはリーに話す。
他の作戦も暴露しかねないボーンが、自分たちを破滅させようとしていることは確かだと言うデューイは、進展があり次第、知らせることをリーに指示する。
翌日、駅のコインロッカーをパーソンズの鍵で開けたボーンは、その場にあった拳銃と暗号化データが入ったUSBメモリなどを確認する。
”トレッドストーン”と”アイアンハンド”、父リチャードとの関与、自部が監視されていたことなどが書かれた手帳もチェックしたボーンは、ディソルトが、ベルリンのコルヴィッツプラッツにいることを知る。
ワシントンD.C.。
プレゼンテーションを終えたカルーアは、レストランでデューイに会い、ハッキング事件のことを話し、関係を解消することを伝える。
情報収集能力が不十分であるため、ディープドリームの裏システムを使いたいことをカルーアに伝えたデューイは、彼に協力を求める。
これ以上のリスクは負えないと言うカルーアに、監視ゼロのネット社会を作り世界を救う考えなど論外だと伝えたデューイは、それが世界を危機に陥れ、国家の安全を守れなくしていると伝える。
その責任を負っているとカルーアに伝えたデューイは、よく考えるようにと伝えて席を立つ。
ボーンの行動パターンや性格などを調べたリーは、きっかけを与えれば作戦に復帰するだろうという、”トレッドストーン”の心理学者アルバート・ハーシュ博士（アルバート・フィニー）の分析をチェックする。
ベルリン。
ディソルトの住居に侵入したボーンは、戻った彼に、パーソンズの暗号化データを開くよう指示する。
追尾ソフトが反応したことに気づいたリーは、それがベルリンであることをデューイに知らせて、行動開始を指示される。
反応がディソルトの住所だとリーから知らされたデューイは、ボーンの目的がCIAではないのでないかと言われるものの、彼のことを理解していないと伝える。
データをチェックしたボーンは、腐敗した政府機関を壊滅させるために手を組むことディソルトから提案される。
ボーンは、狙いは違うはずだとディソルトに伝える。
監視カメラでボーンがパソコンに向かっていることを確認したデューイは、それを阻止するようリーに指示する。
”トレッドストーン”に父リチャードが関わっていたことを確認したボーンは、適性判断のために、新規の候補者は監視下に置かれることを知り、自分の記録を調べる。
監視担当官がマルコム・スミス（ビル・キャンプ）であることを知ったボーンは、ベイルートで自分と会った際に、父リチャードがテロで死亡したことを思い出す。
襲い掛かってきたディソルトを叩きのめしたボーンは、スミスがロンドン在住であることを知る。
パソコンにアクセスしてファイルを全て削除したリーは、その部屋にある携帯電話でボーンに話しかける。
代わって話したデューイは、CIAに対する敵意を捨てるようにとボーンに伝える。
デューイに知られないよう、リーは、現地チームが2分でその場に到着することをボーンにメールで知らせる。
現れた2人の男を倒したボーンは逃亡する。
ボーンの採用時にスミスがロンドンの監視局員で、現在は民間に転身していることをジェファーズから知らされたデューイは、アセットを送るよう指示する。
デューイに正しくない選択だと指摘するリーは、ボーンは殺さずに身柄を確保し、自分が有益な存在だと知った彼に、復帰の機会を与えるべきだと主張する。
ファイルを見て過去を知ったボーンに会えば復帰させられると言って自信を見せるリーは、1度試して失敗したら指示に従うことをデューイに伝える。
デューイがそれに反対しないため、情報長官のラッセルは、ボーンを復帰させられなかった場合は、その時点で全てを決めるようにと指示して席を外す。
出しゃばったことを謝罪するリーを許すデューイは、行動開始の前に休むよう指示する。
本社を出ようとしたカルーアは、現れた司法省の担当官から、独占禁止法違反容疑で国から告訴されたことを知らされ、デューイが手を回したと考える。
デューイの意見を聞くべき時期だとバウメンから意見されたカルーアは、対策を考えようとする。
列車でロンドンに向かうボーンは、サイバー部の新任部長リーについて調べる。
アセットに連絡したデューイは、手強いボーンへの恨みは捨てて、そのつもりで行動するよう指示する。
通じていたバウメンからの電話を受けたデューイは、保証と交換でディープドリームの情報を知らせると言われ、それを約束する。
デューイは、カルーアがラスベガスのイベントで、ある行動に出ることを知らされる。
ロンドン。
スミスに連絡したボーンは、パディントン・プラザで話したいことを伝える。
それを知ったリーは待機するデューイに報告し、共に行動するアセットに追跡装置を渡し、監視チームに指示を出す。
パディントン・プラザに向かったアセットは、デューイとの交信を確認して、リーから渡された追跡装置をゴミ箱に捨てる。
アルファー・チームはスミスの居場所をリーから知らされ、ブラボー・チームの2人はアセットに殺される。
それをアセットから知らされたデューイは、その交信を聴いていたことをスミスに確認する。
ブラボーが移動しないことに気づいたリーは、交信不能だとデューイに伝えて、アルファにスミスを確認させる。
アセットはアルファの2人も射殺し、デューイは、交信が途絶えて戸惑うリーと指揮を代わる。
行動実行の許可を得たアセットは、ある建物に入る。
アセットが移動していないことに気づいたリーは、交信もできないため、車をパディントン・プラザに向かわせる。
スミスは現場に到着し、ボーンは、細工した2か所の火災警報を遠隔操作で作動させて、その場を混乱させる。
屋上で狙撃準備をしてターゲット（スミス）をロックしたアセットは、火災警報が作動したことをデューイに知らせる。
雑踏の中でスミスに銃を向けたボーンは移動し、その場に着いたリーは彼を確認する。
ボーンもリーンに気づき、デューイは、スミスがまだその場にいることを知る。
建物に入りスミスを脅したボーンは、”トレッドストーン”を発案した父リチャードに雇われて自分を監視させた理由を訊く。
デューイから答えるなと言われたスミスは黙っていたため、ボーンに脚を撃たれる。
屋上に向かいベイルートのことを訊かれたスミスは、地上に落とされそうになる。
ボーンは、自分を作戦に誘ったにも拘らず父が黙っていた理由をスミスに尋ねる。
父はテロの犠牲者ではないと思っているボーンは、スミスに殺された理由を尋ねる。
デューイは、家族のことを考えろとスミスに警告する。
スミスは、銃を向けるボーンに、お前自身が理由だと伝える。
作戦実行に関与しないリチャードは、ボーンが勧誘されたことを知り、息子を殺し屋にさせないために、作戦を暴露しようとしたことを、スミスはボーンに話す。
誰が父を殺したかを知ろうとするボーンは、スミスの無線機に気づき、それを外してデューイとの交信を聴く。
そこに現れたアセットが父を殺したと気づいたボーンは、スミスと共に地上に落下する。
電線にしがみついたボーンは、シャッターに激突しながら着地して姿を消す。
地上に向かったアセットは、ボーンがいないことをデューイに知らせて、次の仕事のために、追跡はせずに空港に向かうよう指示される。
リーが運転する車に押し入ったボーンは、話をしたかったと言う彼女にデューイの居場所を尋ねる。
デューイがカルーアに会うためにラスベガスに向かうことを知ったボーンは、”アイアンハンド”が何かをリーに尋ねる。
ボーンは、全世界を完璧な監視下に置くシステムであり、デューイの新作戦だということを知る。
デューイがカルーアを巻き込んだと考えたボーンは、自分に協力する理由をリーに尋ねる。
デューイを葬りたいと言うリーから携帯電話を渡されたボーンは、ラスベガスで会おうと言い残し、車を降りて姿を消す。
ラスベガス。
デューイを迎えたジェファーズは、カルーアを狙撃する予定の犯人像を伝える。
ラッセル情報長官には知らせるなと指示したデューイは、自分を狙うボーンが現れるとジェファーズに伝える。
リーは、”クリストファー・マイケルズ”の名前で帰国したボーンを、システムを操作して入国させる。
”EXOCON2016”のゲストとしてシンポジウムに参加するデューイは、会場である”アリア”に到着して部屋に向かう。
ボーンは、チェックインするリーと会うためにメールを送る。
スデューイは、テージに上がる前にリーと話すつもりだったために、彼女を捜すようジェファーズに指示する。
会場に向かったボーンは、ブースに展示されていた追尾装置と隠しカメラを手に入れる。
現地入りしたアセットは武器などを受け取り、狙撃後の脱出経路を確認してデューイから連絡を受け、カルーアの狙撃後に自分の左手を撃つよう指示される。
待ち合わせた場所でリーに近づいたボーンは、ジェファーズと共にデューイの元に向かう彼女のポケットに追尾装置を入れる。
ボーンからのメールを受けたリーは、追尾装置をデューイのポケットに入れるよう指示される。
デューイと話したリーは、ロンドンの件では処分しないと言われ、彼に感謝して会場に向かう。
職員に扮したアセットも内部に侵入し、ボーンは入場パスを盗む。
入口でカルーアに会ったデューイはリーを紹介し、スタンフォード大学で同窓だった2人は言葉を交わす。
リーは、デューイのポケットに追尾装置を入れる。
シンポジウムは始り、会場に入ったボーンは、警備を叩きのめして銃を奪い、アセットは狙撃する場所に向かう。
デューイはジェファーズに呼び止められ、リーと共にステージに上がったカルーアは、発言したいとMCに伝える。
ボーンが2時間前にロンドンから到着したことをジェファーズから知らされたデューイは、誰かが入国を許可したと考える。
ボーンは、様子がおかしいというリーからのメッセージを受け取る。
アセットは、カルーアとリーを直ちに始末しろとデューイから指示される。
話を始めたカルーアが、全てを暴露しようとしていることに気づいたデューイは、直ぐに射殺するようアセットに命ずる。
アセットの居場所を知りライトを当てたボーンは、狙撃の狙いを狂わせて、その場を銃撃する。
銃弾を受けたカルーアは倒れ込み、会場は混乱して、デューイは避難して部屋に向かう。
人混みの中で会場を出たボーンは、追尾装置の信号でデューイを追う。
ジェファーズは、アセットの顔が知られ、ボーンを確認したことをデューイに知らせる。
ロビーに向かい、ジェファーズに追われながらエレベーターに乗ったボーンは、デューイの部屋に押し入る。
ベイルートでしたことの片を付けると言うボーンは、父の死をテロだと思わされたために志願したことをデューイに伝える。
デヴィッド・ウェッブではなくジェイソン・ボーンであるため、自分の意思で志願したと言われたボーンは、32人殺したことで国家の安全が守られたと話すデューイに、別の生き方を探すと伝える。
無駄だと言うデューイから戻って来るよにと言われたボーンは、押入って来たジェファーズを射殺するものの銃弾を受ける。
ボーンに銃を向けたデューイだったが、現れたリーに射殺される。
リーに逃げるようにと伝えたボーンは、その場を去る。
混乱する建物を出たアセットは、SWATの装甲車を奪い逃走し、それに気づいたボーンが車で追跡する。
パトカーや警察のヘリコプターも加わり、”ラスベガス・ストリップ”で激しい追跡が続き、アセットの装甲車は”リヴィエラ”のカジノに突入して、ボーンの車は入口で止まる。
アセットを追い襲い掛かったボーンは、格闘の末に彼を殺す。
翌日、無事だったカルーアは、病院で治療を受けて退院し、入り口でマスコミに囲まれ、会場で話そうとした内容を訊かれる。
今は何も話せないと答えたカルーアは、ディープドリームの理想は変わらないと言い残してその場を去る。
ワシントンD.C.。
迎えに来たラッセル情報長官の車に乗り話をしたリーは、ラスベガスの一件を謝罪して、デューイの失策だと伝える。
”アイアンハンド”と組織全体が世間に注目されてしまったと言うラッセルは、沈黙するカルーアと話し合えると考えるリーから、デューイは過去の人で、未来を見ているカルーアは自分の世代だという話を聞く。
新長官には、自分の意に叶う人物を任命するはずだとラッセルに伝えたリーは、ボーンのことを訊かれ、彼に信頼されているので、呼び戻す自信はあると伝える。
失敗した場合はボーンを消すと言うリーは、自分が必要でなければ自由にしてほしいとラッセルに伝える。
自分の情報は他の機関で役立つとラッセルに伝えたリーは、車を降りる。
その後、ボーンに会ったリーは、CIA本部の壁に飾られていた”殉職者の星”のレプリカを渡す。
ボーンは、星の裏に刻まれた父”リチャード・ウェッブ”の文字を確認する。
リーは、以前とは変わったCIAに愛国者として戻ってほしいとボーンに伝える。
考えてみると伝えたボーンは、リーから連絡方法を訊かれ、何も答えずに立ち去る。
車に戻ったリーは、その場に置いてあった端末に気づく。
それには、車の中でラッセルと話した、ボーンを消すという会話が記録されていた。
