パークを運営する”マスラニ・グローバル”の、犠牲者と家族との訴訟額が8億ドルに上る中、動物の生存権をめぐり養護の運動が全世界で広まった。
火山の噴火を目前にして、アメリカ上院の特別委員会が開かれ、恐竜にも絶滅危惧種の保護権を与えるべきかどうかの緊急討議が進んでいた。
委員会に呼ばれた数学者のイアン・マルコム博士（ジェフ・ゴールドブラム）は、火山噴火の危機にさらされたイスラ・ヌブラル島の恐竜の運命は、自然に委ねるべきだと話し、残酷だと言う声も出るものの考えを変えない。
シャーウッド上院議員（ピーター・ジェイソン）から、それが神の意志だと思うのかと訊かれたマルコムは、神は無関係であり、テクノロジーの進歩などを考慮して対処し、恐竜絶滅だけの問題かを考えるべきだと意見する。
人類は、”死”のような自ら招いた激変に見舞われていると言うマルコムは、直前まで予知不能だとシャーウッドに伝える。
ジュラシック・ワールドのオペレーション・マネージャーだったクレア・ディアリング（ブライス・ダラス・ハワード）は、恐竜保護グループ”Dinosaur Protection Group/DPG”を設立していた。
委員会の討議の結果が発表され、神の領域である恐竜に対しての措置は行われないことが決まり、その様子をテレビで見ていたクレアは失望する。
コンピューター担当のフランクリン・ウェブ（ジャスティス・スミス）と医療担当の獣医ジア・ロドリゲス（ダニエラ・ピネダ）もショックを受けるが、クレアから仕事を続けるようにと言われる。
”ジュラシック・パーク”を造ったジョン・ハモンドの旧友で、ロックウッド財団の設立者であるベンジャミン・ロックウッド（ジェームズ・クロムウェル）に呼ばれたクレアは、彼の大邸宅に向かう。
北カリフォルニア、ロックウッド邸。
使用人のアイリス・キャロル（ジェラルディン・チャップリン）に迎えられたクレアは、ロックウッドから財団運営を任されているイーライ・ミルズ（レイフ・スポール）と話をする。
大学生の頃、会ったことがある二人は、それを懐かしく思い、クレアは財団の歴史をミルズから説明され、恐竜を助ける計画を知る。
そこに、車いすに乗ったロックウッドが現れ、挨拶して再会を喜んだクレアは、自分達のことを女の子が覗いていたことに気づく。
ハモンドと共に夢に向かって歩み、やがて別れた話をしたロックウッドは、薬の時間だと言って呼びに来たアイリスと共に去ろうとする。
後をミルズに任せたロックウッドは、子供達への贈り物である恐竜を助けるとクレアに伝えて、その場を去る。
女の子のことをミルズに尋ねたクレアは、ロックウッドの孫娘で、母親は自動車事故で亡くなったことを知る。
その子が母親の生き写しのように似ていると言われたクレアは、ミルズに今回の要望を尋ねる。
パークの恐竜にはIDチップが埋め込まれていて、追跡装置を使えば位置を確認して保護できると言うミルズは、絶滅危惧種の移動は法律に反するが、島に精通しているクレアにその救出を任せようとする。
とりあえず11種、その中でも”ヴェロキラプトル”の”ブルー”をぜひ保護したいと言われたクレアは、臭覚が鋭いので無理だと考える。
ミルズから、ブルーを扱える者を知っているはずだと言われたクレアは、パークの恐竜監視員だったオーウェン・グレイディ（クリス・プラット）の元に向かう。
山奥で家を建てていたオーウェンを誘いバーに向かったクレアは、既にミルズから連絡を受けていた彼から、依頼を断るようにと言われる。
ブルーが生きていると言っても考えを変えないオーウェンの協力を諦めたクレアは、翌日の出発の準備をすることにする。
その夜、ブルーを飼育していた時の映像をチェックしたオーウェンは、それを懐かしく思う。
フランクリンとジアと共に飛行機でイスラ・ヌブラル島に向かうクレアは、機内にオーウェンがいたために驚き、助手の二人を紹介する。
孫娘メイジー（イザベラ・サーモン）を溺愛するロックウッドは、母親が自分に似ていたか尋ねる彼女に、そっくりだと答える。
イスラ・ヌブラル島。
ロックウッド財団に雇われた傭兵のリーダー、ケン・ウィートリー（テッド・レヴィン）は、クレアとオーウェンを歓迎する。
クレアらはパークに案内され、装甲車から降りたジアは、目の前に現れた”ブラキオサウルス”を見て驚くと共に感激する。
フランクリンが電力を復活させてパークのシステムは起動し、IDチップで恐竜の位置を確認する。
クレアは、既に草食恐竜を捕獲して船に乗せていることを、ウィートリーから知らされる。
ブルーを捕獲するために、ウィートリーとジアと共に現場に向かったオーウェンは、足跡を見つける。
現れたブルーに話しかけて自分を思い出させたオーウェンは、ウィートリーが催眠銃をブルーに放ったために、焦るなと伝える。
ブルーに襲われた傭兵は発砲してしまい、憤慨したオーウェンだったが、ウィートリーの麻酔弾を受けて気を失う。
銃を手にしたジアは、自分を撃てばブルーは死ぬとウィートリーに伝える。
ウィートリーは、ブルーの治療をすることをジアに指示する。
火山の噴火が始まり、溶岩が流れ出したために、傭兵はクレアとフランクリンを残したまま施設の扉を閉めてしまう。
ブルーを捕獲したウィートリーはミルズに連絡をして、報酬を要求する。
部屋に入って来たメイジーに電話中だと言って怒鳴ってしまったミルズは、彼女に謝罪して図書室で待つようにと指示する。
置き去りにされたオーウェンは、現れた”シノケラトプス”に顔をなめられ、迫る溶岩に気づくものの、麻痺した体が動かない。
何とか移動したオーウェンは、ようやく立ち上がる。
施設内に何かが近づくことに気づいたクレアとフランクリンは、溶岩が流れ込んできたために焦る。
そこに”バリオニクス”が現れ、クレアとフランクリンは屋上に抜けるパイプから脱出する。
火山の噴火が活発化していることに驚くクレアとフランクリンは、走って現れたオーウェンから逃げるようにと言われる。
放置されていたジャイロスピアにクレアとフランクリンを乗せたオーウェンは、”カルノタウルス”に襲われそうになるが、シノケラトプスが現れる。
二頭の戦いは始まるが、シノケラトプスを叩きのめしたカルノタウルスはT-REXに噛み殺される。
火砕流が迫り、クレアとフランクリンはジャイロスピアで逃れ、オーウェンは姿が見えなくなる。
ジャイロスピアは崖から海に落下し、浸水してきたためにクレアとフランクリンは焦る。
現れたオーウェンが、何とかハッチを開けて二人を助けて、海面に浮上する。
海岸に泳ぎ着いたクレアは、ジアがブルーと共に捕まったことをオーウェンから知らされる。
恐竜達が巨大な輸送船に運ばれることを知ったオーウェンらは、その様子を監視する。
作業を指揮するウィートリーは、コレクションにするために”ステゴサウルス”の歯を抜く。
ブルー捕獲のために利用されたことに気づいたオーウェンらは、船に乗り込もうとする。
クレアにトラックを運転させたオーウェンは、ころんだフランクリンを助ける。
出航する船に、何とかトラックで飛び乗ったオーウェンらは、火砕流に飲み込まれる恐竜達を見つめていることしかできなかった。
島の火山活動の様子を知ったミルズは、兵器の密売人のグンナー・エヴァーソル（トビー・ジョーンズ）が来ていることを知る。
恐竜の到着が遅れているため、エヴァーソルはオークションを中止しようとする。
エヴァーソルを説得するミルズは、パークを破滅させた、ヘンリー・ウー博士（B・D・ウォン）の傑作”インドミナス・レックス”のDNAを利用した殺人兵器である、新種の”ラプトル”を創り出したことを伝える。
二人が話す様子を見ていたメイジーはロックウッドの元に向かい、眠っている彼がいつも手にしているアルバムの写真を見ようとする。
目覚めたロックウッドに、ミルズの来客のことを話したメイジーは、運んだ恐竜を売るらしいと伝える。
聞き間違いだと言うロックウッドは、明日、話をすることを約束して、メイジーに眠るようにと指示する。
ブルーに付き添うジアの元に向かったオーウェンは、弾丸を摘出するために大量の血液が必要だと伝える。
テタヌラ類の恐竜の血なら大丈夫だと言われたクレアは、オーウェンと共にT-REXのトラックに向かう。
眠っていたT-REXの血液を何とか採取したオーウェンとクレアは、扉が開いていることに気づいた傭兵にそれを閉められてしまう。
檻の天井から出たクレアは、扉を開けてオーウェンを救い出す。
研究室に忍び込んだメイジーは、オーウェンがトリケラトプスの飼育をする映像を見る。
輸血をしたジアは、ブルーの体内から弾丸を摘出する。
ミルズとウーが新種の恐竜のことで意見を対立させている話を聞いたメイジーは身を隠す。
何かが髪の毛に振れたことに気づいたメイジーは、檻の中の恐ろしい生物を見て叫び声を上げながら逃げる。
メイジーを捕まえて部屋に閉じ込めたミルズは、それを伝えたアイリスから、ロックウッドが呼んでいると言われる。
船は到着して恐竜の搬送が始まり、トラックに乗り込んで運転したオーウェンは、クレアから、ロックウッド邸に向かうことを知らされる。
実行しようとしていることをロックウッドから非難されたミルズは、警察を呼び、すべてを話すようにと指示される。
それに従おうと伝えたミルズは、あなたは神に背くことをした、自分だけが悪者ではないと言って彼を殺害する。
街に向かい通報しようとしたオーウェンとクレアだったが、ウィートリーに見つかり捕らえられる。
クレアと話したミルズは謝罪し、ブルーを手に入れるには、この方法しかなかったことを伝える。
憤慨したクレアは、鉄格子越しにミルズに襲い掛かかろうとするものの、オーウェンに制止される。
オーウェンに非難されたたミルズは、クレアからもロックウッドを裏切ったと言われる。
理想を語りインドミナス・レックスを創り、それらの恐竜を利用したとクレアに伝えたミルズは、ヴェロキラプトルを調教しながら、その価値を計算したはずでだとオーウェンに尋ねる。
納得しないオーウェンとクレアに手を出されたミルズは、ウィートリーから二人の対処を訊かれ、噴火で死んだことにすればいいと伝える。
ハンガーを使いドアの鍵を開けたメイジーは、大勢のバイヤーが到着することを確認する。
窓から出てロックウッドの部屋に向かったメイジーは、祖父が亡くなったことを知り動揺する。
ミルズが来ることに気づいたメイジーは、その場にあったアルバムを持って食事用のエレベーターに隠れる。
アイリスを呼んだミルズは、ロックウッドが亡くなったことを知らせる。
別の働き口を探すことをアイリスに勧めたミルズは、自分がメイジーの後見人になることを伝える。
メイジーは、アルバムに挟んであった、若い頃のアイリスと写る少女が母親だと思うが、余りにも自分に似ていた。
母親もメイジーも自分が面倒を見たと伝えたアイリスは、ミルズが何も答えないためにその場を去る。
ミルズはエレベーターを確認するものの、誰もいなかった。
隣りの檻にいた”スティギモロク”に気づいたオーウェンは、それを利用してその場から脱出しようとする。
オークションは始まり、エヴァーソルに紹介された恐竜は、次々と落札される。
スティギモロクを挑発したオーウェンは壁を突き破らせて、檻を壊すことにも成功する。
檻から出たオーウェンとクレアは、その場にいたメイジーに気づき、怯える彼女に話しかける。
オーウェンがヴェロキラプトルといた男性だと気づいたメイジーは、クレアから祖父に会いたいと言われる。
祖父には会えないと伝えたメイジーは、友達になろうと言う二人を信用する。
オークション会場に向かったオーウェンらは、エヴァーソルが紹介した新種の”インドラプトル”を見て驚く。
ミルズがウーの話を聞いていたメイジーは、二人がそれを創ったとオーウェンとクレアに伝える。
最強の殺人兵器となるインドラプトルは、パルスレーザー・ターゲット装置に反応していると説明するエヴァーソルは、相手を破壊しようとする様子を実演して見せる。
最終調整が行われている段階のインドラプトルだったが、ロシアのバイヤーが2000万ドルを提示する。
試作品であるために、売り物ではないことを伝えたエヴァーソルだったが、次々に金額が提示されて値が上がっていくため、ミルズは売却を許可する。
ウーはそれに反対するが、2800万ドルまで上がった値はさらに上がるとミルズは彼に伝える。
オーウェンは、現れたスティギモロクを再び利用しようとする。
スティギモロクを会場に向かわせたオーウェンは、その場を混乱させる。
ミルズに報酬を要求するウィートリーは、檻の中で暴れるインドラプトルに麻酔弾を放つ。
檻に入りインドラプトルの牙を抜こうとしたウィートリーは、眠っていなかったインドラプトルに腕を噛み切られて殺される。
隠れていたエヴァーソルは、隙を見てエレベーターに向かい、インドラプトルに襲われる寸前でドアが閉まる。
安心したエヴァーソルだったが、インドラプトルの尻尾がスイッチに触れてショートし、ドアが開いたために殺される。
傭兵と共にオーウェンらを見つけたミルズは、メイジーを渡すよう要求する。
オーウェンらがそれに従おうとしないために、ミルズは、ロックウッドには孫はいなかったと言って、亡くなった娘を取り戻すためにハモンドに逆らい、クローンで娘を再生したと伝える。
そこにインドラプトルが現れ、傭兵は殺される。
研究所から撤収しようとするウーは、ブルーの血液を採取しようとするが、ジアから、T-REXの血液を輸血したために汚れたと言われる。
研究員に扮していたフランクリンは、ウーに鎮静剤を打って眠らせてジアの手錠を外す。
傭兵に迫られたジアは、ブルーの檻を開けてその場から逃げようとする。
発砲した傭兵の弾丸は可燃性ガスのタンクに当たり、ガスが漏れてその場は爆発する。
破壊された施設内には、”シアン化水素”が充満し始める。
展示室でインドラプトルに襲われそうになったオーウェンらは、照明を消す。
換気が止まったことに気づいたフランクリンは、ジアから復旧させるようにと指示される。
フランクリンがシステムを再起動させたために照明が点き、オーウェンらはインドラプトルに襲われる。
メイジーを逃がしたクレアは、インドラプトルの爪が脚に刺さり負傷する。
傷の様子を見たオーウェンは、メイジーを救うようにと言うクレアからキスされる。
自分の部屋に逃げ込んだメイジーは、ベッドに入って怯える。
屋根に上りメイジーの部屋の窓から内部に入ったインドラプトルは、メイジーに迫るものの、押し入って来たオーウェンの麻酔弾を受ける。
それに耐えるインドラプトルは、弾切れのオーウェンに襲い掛かろうとする。
そこに現れたブルーはインドラプトルと格闘になり、その間にオーウェンとメイジーは窓から脱出する。
別の窓から飛び出したインドラプトルに追われたオーウェンとメイジーは、展示室の屋根に向かう。
足を滑らせて落ちそうになったメイジーの腕をつかんだオーウェンに、インドラプトルが迫る。
そこに現れたクレアは、オーウェンにレーザーを放ちロックオンする。
オーウェンに襲い掛かるインドラプトルは、割れた屋根から落ちそうになるものの這い上がる。
そこに現れたブルーはインドラプトルに襲い掛かり、屋根は抜け落ちて二頭は落下する。
展示されていたトリケラトプスの頭骨の角に突き刺さり、インドラプトルは息絶える。
展示室に現れたフランクリンとジアから地下のことを知らされたオーウェンらは、その場に向かう。
換気装置の故障で恐竜達が死を待つしかないことを知ったクレアは、ゲートを空けようとするものの、オーウェンから、ここは島ではないと言われる。
すべての檻を開放したクレアだったが、ゲートのボタンを押すことはできなかった。
オーウェンと共に苦しむ恐竜達を見つめるクレアは、ゲートが開いたために驚く。
ボタンを押したメイジーは、自分と同じクローンでも命はあると、クレアとオーウェンに伝える。
恐竜達はその場から脱出する。
インドミナス・レックスのDNAサンプルを持ち去ろうとしたミルズは恐竜達に気づき、車の下に隠れて何とか命拾いする。
サンプルを拾おうとしたミルズは、T-REXとカルノタウルスに食い殺される。
雄叫びを上げたT-REXは、インドミナス・レックスのDNAサンプルを踏み潰して森に向かい姿を消す。
屋敷から出たオーウェンは、その場にいたブルーに近づき、一緒に行こうと話しかける。
逃げ去るブルーを、オーウェンはクレアやメイジーと共に見つめる。
恐竜は人間社会に放たれ、売却されたものはバイヤーによって各国に運ばれる。
メイジーを連れてロックウッド邸から離れるオーウェンとクレアは、海上を飛ぶ”プテラノドン”を見つめる。
委員会で発言したマルコムは、”人間は恐竜と共存していかなければならない、未知の脅威の幕開けであり新時代が始まる、ジュラシック・ワールドにようこそ”と語る。
ラスベガス。
”パリス・ラスベガス”の”エッフェル塔”に、プテラノドンが飛来する。
