ジョイと共に誕生日のケーキを焼いたジャックは、ロウソクがないために不満を訴える。
”オールド・ニック”の日曜の差し入れの時に頼んでほしいと言うジャックに、面倒なものは頼めないと伝えたジョイだったが、ジャックは納得しない。
ジャックを抱きしめることしかできないジョイは、6歳になったら本物のロウソクを頼んでほしいと言われる。
ケーキを食べて入浴し、話をしてあげたジョイは、ジャックをクローゼットの中に寝かせて歌を歌ってあげる。
ジャックが眠った後、現れたオールド・ニック（ショーン・ブリジャース）はケーキに気づき、誕生日だと知らせれば何か持ってきたのにとジョイに伝える。
目覚めたジャックは、オールド・ニックの相手をするジョイが何をしているか分からないまま、眠ろうとして数を数える。
オールド・ニックが部屋を出た後、眠っているジャックをベッドに運んだジョイは明かりを消す。
翌日、虫歯が抜けたジョイは、それをジャックに渡す。
ネズミに気づいたジャックは、ケーキのくずを食べさせるものの、ジョイが潰してしまう。
驚いたジャックはジョイを責めるが、食べ物を盗みバイ菌を持ち噛むので仕方ないと言われる。
ネズミは生きていて、裏庭でママと暮らしていると言われたジャックは、”裏庭”が何かをジョイに尋ねる。
ジャックから、オールド・ニックに誕生日のことを隠す理由を訊かれたジョイは、友達でないからだと答える。
プレゼントで犬のラッキーをもらえたかもしれないと言うジャックに、ジョイは、狭くて飼えるはずもなく、そんな犬はいないと伝える。
ラッキーは頭の中にいるだけで本物ではないと言われたジャックは、悲しくなり泣き始める。
ジャックに謝罪したジョイは、あなたは間違っていないと言って抱きしめる。
翌朝、オールド・ニックからのプレゼントのラジコン・カーに気づいたジャックは、それで遊ぶ。
その夜、現れたオールド・ニックは、半年前から失業していることをジョイに伝える。
仕事を探しているかと訊かれたオールド・ニックは、職がないと言って苛立つ。
ジャックがクローゼットの中にいることに気づいたオールド・ニックだったが、ジョイが彼の相手をする。
暫くして眠っていたオールド・ニックは、クローゼットから出て来たジャックに気づき近づこうとするが、ジョイがそれを制止する。
襲い掛かるジョイを力づくで黙らせたオールド・ニックは、今度やったら殺す、誰の子か忘れるなと言って部屋を出る。
クローゼットに戻っていたジャックに声をかけたジョイは、泣きながら出て来たことを謝罪する彼を抱きしめる。
翌朝、天窓は凍り、部屋が寒いことに気づいたジャックは、吐く息が白いとジョイに伝える。
電気が切られたことに気づいたジョイは、厚着をしてしのぐしかなかった。
ジャックに壁の外の話を始めたジョイは、本物とそうでないものの区別がつかないジャックに、広い”世界”について説明する。
話が理解できないジャックは、ジョイから、幼かったのでウソをついていたと言われる。
ジョイは、ジャックに話しを始める。
裏庭にハンモックがある家に両親と共に住んでいたジョイは、17歳の時の下校途中、犬が病気だと言うオールド・ニックに騙されて、誘拐されたことをジャックに話す。
この部屋である納屋に鍵をかけて閉じ込められ、7年間、監禁されていることを伝えたジョイだったが、その話に興味を示さないジャックは、”世界”のことを信じない。
灯りが点き暖かくなったことに気づいたジャックは、ベッドで眠り続けるジョイをそのままにして一人で過ごす。
その後、ジャックがラジコン・カーを壊したことに気づいたジョイは、オールド・ニックを蹴飛ばしたいと言うジャックに、抵抗した時の話をする。
トイレのタンクの蓋で殴った際、オールド・ニックに手首をねじられたと言うジョイは、今でも痛むとジャックに伝える。
ジャックから、オールド・ニックが寝ている時に殺そうと言われたジョイは、その後は部屋から出られず、自分達は飢え死にしてしまうと伝えるものの、祖母達が助けてくれると言われる。
祖母達はここを知らないと言うジョイは、一つだけ方法があり、やっと逃げ出すチャンスが来たため、助けてほしいとジャックに伝える。
オールド・ニックに、病気に見せかけたジャックを病院に連れて行かせて、持たせたメモを誰かに渡す計画をジョイは考える。
現れたオールド・ニックに、停電したためにジャックが病気になったことを伝えたジョイだったが、オールド・ニックは症状を確かめ、明日、何かを持って来ると言って出て行ってしまう。
病気が悪化し死んだということにして、カーペットにジャックを包み運び出してもらうことを考えたジョイは、逃げる練習をする。
嫌がるジャックを説得して、逃げる方法を何とか教えたジョイは、自分の抜けた歯を口の中の隠してある彼に、”世界”を気にいるはずだと伝える。
現れたオールド・ニックから抗生物質を持ってきたと言われたジョイは、カーペットに包んだジャックが死んだことを伝えて涙する。
気の毒だと言いながら確かめようとするオールド・ニックに触らせようとしないジョイは、一緒にいるのは辛いのでどこかに運んでほしいと伝える。
仕方なくジャックを運んだオールド・ニックは、トラックに乗せて移動する。
怯えるジャックは、ジョイの指示を思い出してカーペットから這い出し、空を見て驚く。
トラックが止まったために荷台から降りようとしたジャックは、オールド・ニックに気づかれる。
地面に下りたジャックは走り出し、散歩中の男性にぶつかってしまう。
ジャックを捕えたオールド・ニックの様子がおかしいことに気づいた男性は、紙を持っているジャックから助けを求められる。
オールド・ニックから世話を焼くなと言われた男性は、警察を呼ぶぞと伝えて、置き去りにされたジャックに近づく。
通報を受けて駆け付けたパーカー巡査（アマンダ・ブルジェル）は、ジャックに話しかけてパトカーに運び、5歳だと言う彼に母親の名前を訊く。
覚えていないと答えたジャックは母親の居場所を訊かれ、”部屋”だと言って、口の中に隠してあったジョイの虫歯を手にする。
母の一部だと言うジャックを気遣いながら、パーカーは、同僚のグラボウスキー巡査（ジョー・ピングー）が運転するパトカーで”部屋”を探す。
”部屋”には天窓があり、それが納屋だと知ったパーカーは、ジャックから、3回目にトラックが停まった時に飛び降りたと言われる。
おおよその位置が分かったパーカーは、その付近の天窓のある納屋と赤いトラックを捜すよう無線連絡をする。
オールド・ニックの家は見つかり、救出されたジョイは、パトカーにいたジャックを抱きしめて泣き崩れる。
ベッドに行きたいとジョイに伝えたジャックは、眠れる場所に連れて行ってもらえると言われる。
ジャックから”部屋”のバッドがいいと言われたジョイは、何も答えることができなかった。
病院に着いたジョイは、駆け付けた母親のナンシー（ジョアン・アレン）と共に検査を受ける。
翌朝、病室のベッドで目覚めたジャックは、窓から差し込む眩しい日差しが気になる。
オネショをしてしまったことに気づいたジャックは、窓に近づき地面を見下ろして驚き、ジョイを起こして話をする。
病気ではないが、病院の許可が出たら母ナンシーの家に帰ると言うジョイは、母と離婚した父ロバート（ウィリアム・H・メイシー）のことをジャックから訊かれ、遠くから飛行機に乗って来ると伝える。
オネショしたことを謝るジャックに、わざとではないと伝えたジョイは、オールド・ニックのことを訊かれ、二度と会わないと言ってシャワーを浴びる。
その後、回診に来たミッタル医師（キャス・アンヴァー）を怖がるジャックは、朝食を出されても何も話そうとしない。
サングラスや日焼け止めクリーム、そしてマスクなどを渡されたジョイは、ジャックが空中の雑菌に慣れていないと言われる。
手首の傷みのための鎮痛剤や睡眠薬も渡されたジョイは、様々な検査を受けることを勧めるミッタルの提案を拒み、家に帰りたいと伝える。
そこに現れたロバートと再会したジョイは抱き合って涙し、ナンシーは、娘を救ってくれたジャックに感謝する。
その後、ジャックは病院内で様々なことを学び、ナンシーがパートナーのレオ（トム・マッカムス）と暮らし、ロバートは遠くに住んでいることを知る。
ロバートは、犯人の息子であるジャックを孫と認める気になれなかった。
オールド・ニックが逮捕されたことを知ったジョイは、退院して家族と共に家に向かう。
家の周辺では、ジョイとジャックを英雄視する住民やマスコミが詰めかけ、弁護士（ランダル・エドワーズ）らに守られたジョイは、ジャックを抱きかかえて家に入る。
レオに迎えられたジョイは、戸惑いながら恥ずかしがるジャックを気遣う。
ナンシーやレオと直接話ができないジャックは、自分のために届けられた多くのプレゼントに気づく。
裏庭を見つめるジャックは、”部屋”で聞いたアイスクリームとハンモックのことをジョイに尋ねる。
家で犬を飼っていることに気づいたジョイは、ジャックの免疫がつくまで、レオの犬シェイマスは田舎の友達の家に預けてあることを知る。
弁護士と話し合ったロバートは、裁判することを断り、これ以上は事件に関わらないと皆に伝える。
ジョイの部屋を見に行ったジャックは、ナンシーから髪の毛を切ることを提案されるが、髪にはパワーがあるとジョイに話す。
その後、食事になり、ジャックを無視するロバートに意見したジョイは、孫を見ようともしない父の態度に憤慨して、ジャックを連れて部屋に向かう。
おもちゃで遊ぼうとしないジャックにアルバムを見せたジョイは、リレーの選手だった自分がアンカーで速かったことを話す。
平凡な人生を歩んだ友人達のことを思うジョイは、自分だけに起きた事件について考え苦しむようになる。
これから様々な資金が必要になると弁護士から言われたジョイは、テレビ出演の依頼などを受けることを提案される。
”部屋”でよく食べていたシリアルをレオと共に食べたジャックは、犬のことを話し、自分も本物ではないがラッキーを飼っていたことを伝える。
部屋に引きこもり寝ているだけの日が続くジョイは、ジャックにつらく当たるようになる。
悪気はないジョイは、幸せなはずなのに苦しいだけだと言って苛立ち、気遣うナンシーを迷惑に思う。
自分だけが不幸な目に遭ったような言い方をするジョイを責めるナンシーは、ジャックを奪われないために優しく接するよう指示する。
子育てに口を出してほしくないと意見したジョイは、人には優しくするべきだと言われていたせいで、オールド・ニックの犬を助けようとしたことを伝える。
ナンシーは言葉を失い、ジャックを拒むジョイは二階の部屋に向かう。
その後、テレビ局のスタッフが現れ、ジョイはトークショーのホスト（ウェンディ・クルーソン）と打ち合わせをする。
インタビューは始まり、様々なことを聞かれたジョイは、ジャックの話になり、彼が生まれて全てが変わったことを伝える。
ジャックは、ジョイの様子を見守る。
何とかジャックを守ろうとしたと言うジョイは、彼が大きくなったら父親のことを話すかと訊かれ、犯人の子ではないと答える。
他に男性がいたのか訊かれたジョイはそれを否定し、”父親”とは子供を愛する人だと伝える。
それを理解したホストは、生物学的な関係を問うものの、ジョイから、無関係でありジャックの親は自分一人だけだと言われる。
ジャックだけを助けてほしいと犯人に頼まなかったのかと訊かれたジョイは、息子には自分が必要だったと答える。
それが最良の方法だったと思うかと、ジョイは訊かれる。
苦悩するジョイは自殺を図り、それを見つけたジャックは悲しみ、病院に運ばれる母を見守る。
ナンシーと過ごすジャックは”部屋”の話もして、ジョイに会いたいことを伝える。
もう少し一人にしてあげてほしいと言われたジャックは、レオが連れて来たシェイマスを可愛がる。
髪の毛を切る気になったジャックは、それをナンシーに頼み、ジョイにパワーをあげるために渡すことを伝える。
髪を切ったナンシーは、ジャックから自分のことが好きだと言われ、この上ない喜びと幸せを感じる。
アランという友達もできたジャックは、裏庭でボール蹴りをして遊び、退院したジョイは彼を抱きしめる。
謝罪したジョイは、ジャックからもうしないでほしいと言われて、それを約束する。
髪の毛を受け取った時に良くなると思えたと話すたジョイは、また救われたと言って感謝する。
母乳を欲しがるジャックに、もう出ないとジョイは伝える。
良くないママだと伝えたジョイは、ジャックから、でもママだよと言われて涙する。
ジョイと共に様々なことを体験したジャックは、”世界”にはいろいろなものがあり、怖いものもあるけが、ジョイと一緒なので大丈夫だと思う。
”部屋”行ってみたいと言うジャックの希望を聞いたジョイは、パーカー巡査と共にオールド・ニックの家に向かう。
開放されていた納屋に向かったジャックは、住んでいた”部屋”が縮んだように思える。
ジョイから、なくなった物は証拠として警察に押収されたと言われたジャックは、ドアが開いていると”部屋”ではないと伝える。
閉めたいのかと訊かれたジャックはそれを否定し、植木やイス、テーブル、クローゼット、洗面台、そして天窓に別れを告げる。
ジャックから、自分も別れを告げるようにと言われたジョイは、”部屋”を暫く見つめて、息子と共にその場を去る。
