中に誰かがいることに気づいたヴィクトリアは、小屋に入ることを拒む。
ヴィクトリアに言うことを聞かせて小屋に入ったジェフリーは、椅子を壊して暖炉に火を点ける。
ジェフリーは、足が地面についていない女性が外にいると言うヴィクトリアの言葉を聞きながら、絶望して涙する。
ヴィクトリアから泣いている理由を訊かれたジェフリーは、悲しいからだと答え、努力したがママとはうまくいかなかったと伝える。
銃を手にしてヴィクトリアを殺そうとしたジェフリーは、何者かに襲われて姿を消す。
ジェフリーを捜すものの見つからないヴィクトリアは、暖炉の前でリリーを抱き、床に転がって来たサクランボに気づく。
5年後。
ルーカスは、バーンジー（デヴィッド・フォックス）とロン（ドミニク・カッツォクレア）を雇い、ジェフリーらを捜していた。
バーンジーからの連絡で小切手が不渡りだったと言われたルーカスは、頭を抱える。
ルーカスの恋人アナベル（ジェシカ・チャステイン）は、落ち込む彼を励ます。
ロンと共に何かを見かけたバーンジーは、犬を使い小屋にたどり着く。
内部を調べたバーンジーは、壁の絵や靴などを見つけて、ヴィクトリアとリリーがいることを確信する。
大量のサクランボの種を見つけたバーンジーは、何かに気づいたロンから声をかけられる。
現れた野生児のような子供に驚くバーンジーは、ルーカスに連絡しようとする。
知らせを受けたルーカスは、アナベルと共に施設に向かう。
ジェラルド・ドレイファス博士（ダニエル・カッシュ）に迎えられたルーカスとアナベルは、ヴィクトリアとリリーに会うには覚悟が必要だと言われ、二人についての説明を受ける。
二人の様子を見てアナベルと共に驚くルーカスは部屋に入り、怯えるヴィクトリア（ミーガン・シャルパンティエ）に話しかけてメガネを渡す。
それをかけたヴィクトリアは過去を思い出し、ルーカスを父だと思い抱きしめる。
その後、ルーカスとアナベルは、姉妹の親権を決めるために裁判所に向かう。
ヴィクトリアとリリーのことについて判事に説明するドレイファスは、二人が架空の保護者を作り出し、”ママ”と呼んでいることを伝える。
ドレイファスは、二人には普通の社会生活が必要だと付け加える。
ジェフリーの妻のおばジーン・ポドルスキ（ジェーン・モファット）は、ヴィクトリアとリリーを引き取ろうとする、ルーカスの経済力などは問題だと判事に話す。
バンドメンバーのアナベルと売れない画家であるルーカスに対し、ヴィクトリアとリリーを養えるかを問うドレイファスは、裁判所は自分の意見を尊重すると伝える。
ルーカスの気持ちを考え、姉妹を遠くに行かせたくないドレイファスは、面会させることを条件に、症例の研究に使っている家を無料提供すると伝えて、子供達と暮らす提案をする。
ジーンとは友好的に話しをつけたルーカスは、ドレイファスの提案を受け入れる。
ドレイファスは、“ママ”が様々なことを夢で見せてくれたというヴィクトリアの話に興味を持つ。
バンドメンバーのニーナ（ジュリア・シャントレイ）から、ルーカスと別れるべきだと言われたアナベルは、彼を見捨てられないと伝える。
バージニア州。
提供された家で暮らし始めたルーカスとアナベルは、ドレイファスが連れて来たヴィクトリアとリリー（イザベル・ネリッセ）を歓迎する。
クリフトン・フォージ。
公文書館に向かったドレイファスは、職員のルイーズ（ダイアン・ゴードン）から、今は付近に精神病院はないと言われ、19世紀に閉鎖された病院の患者”イーディス・ブレナン”の話を聞く。
リリーは子供部屋で誰かと遊んでいたのだが、ヴィクトリアは、それをアナベルに知られないようにする。
普通の生活をするには準備が足りないリリーのことが気になるアナベルは、それをルーカスに伝える。
気にすることはないと言われたアナベルは何者かを目撃し、ルーカスが子供部屋に向かう。
ヴィクトリアとリリーが眠っていることを確認したルーカスは、空いていた窓を閉める。
警戒するアナベルを落ち着かせたルーカスは、チョウがいることに気づく。
壁の異変を見つめるルーカスは、そこから飛び出した何かに襲われ、階段から転落する。
病院に運ばれたルーカスに付き添うアナベルは、現れたドレイファスに、一人では子供たちの世話は無理だと伝える。
養育権を失えば、2年に1度しかルーカスは姪に会えなくなると言われたアナベルは、納得するしかなかった。
警察に家を調べてもらったアナベルは異常はないと言われ、ヴィクトリアとリリーの様子をドレイファスに伝える。
ヴィクトリアとリリーが子供部屋に描いた絵を確認したドレイファスは、彼女らが“ママ”と話していることを知り、二人が作った人形に興味を持つ。
人形は“ママ”が作ったと言うヴィクトリアと話した映像を見ていたドレイファスは、公文書館のルイーズから、見せたいものがあるという電話を受ける。
ある夜、リリーは、眠っているヴィクトリアに“ママ”が来たことを伝える。
物音に気づき子供部屋に向かったアナベルは、遊んでいたヴィクトリアとリリーに、眠っている時間だと伝える。
気になるクローゼットに向かったアナベルは、ヴィクトリアから開けてはダメだと言われ、それを閉めてその場を去る。
翌日、誰かが家に来ていたことをドレイファスに話したアナベルは、子守唄を歌っていた女の声を聞いたと伝える。
パソコンの映像を見せて同じような歌声を聴かせたドレイファスは、解離性障害の兆候を示すヴィクトリアは、“ママ”という別の人格を持っていることをアナベルに話す。
不安になったアナベルは、8歳の子供なので大丈夫だと言われるものの、ドレイファスが、姉妹のことを詳細に調べていることが気になる。
公文書館に向かったドレイファスは、以前話した患者イーディスに渡すべき遺骨が、墓地の移転で倉庫に保管されていることをルイーズから知らされる。
ルイーズは、幽霊は怒りの化身であり、過ちが正されるまで繰り返し何度も現れると話し、ドレイファスに保管されていた箱を渡す。
人の声に気づいたアナベルの背後に、何者かが迫る。
異変を感じたアナベルは振り向くが、何もなかった。
ルーカスの病室の計器が乱れ、無数のチョウが舞う。
意識の中に現れたジェフリーから、あの小屋へ向かえと言われたルーカスは目覚める。
翌日、アナベルとリリーと共に、意識が戻ったルーカスの元に向かったヴィクトリアは、彼に描いた絵を渡す。
自分たちを描いてくれた絵を受け取ったヴィクトリアは、リリーが床に落ちているチョウを食べていることに気づく。
姉妹に嫌われていると言うアナベルは、それを否定するルーカスに、早く戻ってほしいと伝える。
帰宅したアナベルは、バスルームで泣いていたヴィクトリアから傷つけたくないと言われ、その理由を尋ねる。
“ママ”が怒ると言うヴィクトリアは、部屋の外を気にして怯えながらその場を去る。
姉妹に会いに来たジーンから、リリーのアザのことを追及されたアナベルは、数日預かりたいと言われるものの、それを断り彼女を追い払おうとする。
ジーンが家に来て姉妹と遊んだのではないかと考えたアナベルは、それを彼女に確認するものの否定される。
社会福祉課に電話をしたジーンは、子供の虐待について相談する。
ジーンの件をルーカスに電話で伝えたアナベルは、明日、退院して自分が世話をすると言う彼の言葉を信じる。
ヴィクトリアに会い“ママ”の話をしたドレイファスは、壁の中にいたと言う“ママ”は今どこにいるか尋ねる。
イーディスの写真を見せたドレイファスは、それが“ママ”であることを確認しようとするが、ヴィクトリアは興奮して彼を追いだそうとする。
部屋の異変を見て動揺するドレイファスは、アナベルには何も話さずに立ち去る。
”ヘルヴェチア”と小屋の関係を見つけたドレイファスは、クリフトン・フォージに向かう。
その夜、赤ん坊を奪い修道女を殺して逃げた女性が、崖から投身自殺する恐ろしい夢を見て目覚めたアナベルは、現れたヴィクトリアから、ベッドの下に何かがいることを知らされる。
這いだした何者かに襲われそうになったアナベルは、叫び声をあげて目覚める。
リリーから“ママ”が来たと言われたヴィクトリアは、自分は行かないと伝えて涙する。
そのためリリーは、1人で窓から出て“ママ”を追う。
小屋に着いたドレイファスは“ママ”に話しかけて、その場の写真を撮る。
ドレイファスは、うめき声を上げながら現れた“ママ”（ハヴィエル・ボテット）に襲われる。
翌朝、目覚めたアナベルは、リリーが庭で寝ていることに気づき、彼女を家に連れ戻す。
抵抗するリリーを抱きしめたアナベルは、冷え切っている手をさすってあげる。
それを嬉しく思ってくれたリリーとアナベルは、心通わせることができる。
窓を釘で止めたアナベルは、子供たちに入り口から出入りすることを約束させる。
子供部屋のクローゼットが気になり調べたアナベルは、シミとチョウに気づいただけだった。
ヴィクトリアに声をかけられたために、その場を去るアナベルは、クローゼットの中にいる“ママ”に気づかない。
ヴィクトリアと話をしたアナベルは、ドレイファスにからママ”のことを聞いたことを伝えて、それが誰なのか尋ねる。
ドレイファスに電話をしたアナベルは、留守電にメッセージを残し、彼の診察記録と写真を確認する。
施設に向かったアナベルは、行方が分からないドレイファスのことで動揺する秘書（エルヴァ・マイ・フーヴァー）が席を外した隙に、彼のパソコンや資料を持ち去る。
病院で夢のイメージを描いていたルーカスは、姉妹が発見された場所クリフトン・フォージの場所が気になる。
ルーカスは、地図と共にファイルされていた、夢で見た場所”ウィルソン・パス”の写真があったために驚く。
退院したルーカスは、レンタカーを借りてリッチモンドからクリフトン・フォージに向かい、ウィルソン・パスに着き、車を降りて周辺を調べる。
帰宅したアナベルは、資料の中にあった箱を気にしながら、ドレイファスのパソコンの中の“ママ”に関する資料をチェックする。
アナベルは、1887年にクリフトン・フォージで恐ろしい事件が起きたことや、ヴィクトリアとリリーが思い込んでいること、二人の世話をしていた何者かがいたのではないかというドレイファスの考えを知る。
ヴィクトリアの催眠療法の映像もチェックしたアナベルは、病院から逃げた気の毒な女性が赤ん坊と水に飛び込んだことを、“ママ”が彼女に夢で見せたことを知る。
水に落ちたのは女性だけだというヴィクトリアの話を聞きながら、アナベルは”イーディス”の写真も確認する。
他の写真も見たアナベルは、崖の途中の枝に引っ掛かっていた、赤ん坊の遺体は回収されたことを知る。
箱の中身が乳児の遺骨だと考えたアナベルは動揺する。
林の中を歩くルーカスはアナベルの不在者着信に気づき、メッセージを聴く。
心配してくれるヴィクトリアから声をかけられたアナベルは、彼女を抱きしめる。
その後、眠っていたヴィクトリアは、クローゼットが空いていることに気づき、リリーにそれを伝えて一階の居間に向かう。
アナベルがソファーで眠っているこを知ったヴィクトリアは、現れた“ママ”を見てはだめだとリリーに伝える。
近づく“ママ”から逃げた二人は二階に向かうが、子供部屋に入ったリリーはドアを閉めてしまう。
騒ぎに気づいたアナベルは、ヴィクトリアと共に子供部屋に入り、現れた“ママ”に襲われる。
アナベルを傷つけようとする“ママ”を制止したヴィクトリアは、近づいた”ママ”にメガネをとられる。
姉妹を連れて行くために家に入ったジーンは、二人を捜そうとする。
それに気づいた“ママ”は、床の中に身を隠す。
ヴィクトリアとリリーは、意識を失ったアナベルに寄り添う。
ジーンは、床から現れた“ママ”に襲われる。
様子を見に行ったヴィクトリアは、“ママ”がジーンに乗り移ったことを知り叫び声をあげる。
意識が戻ったアナベルは、ヴィクトリアとリリーを捜すものの見つけることができず、かつて保安官事務所が保管していた箱の中身を確認する。
クリフトン・フォージに向かうアナベルは、ルーカスに電話をしてメッセージを残す。
街道でルーカスに出くわしたアナベルは、ヴィクトリアとリリーが“ママ”に連れ去られたことを伝えて、彼と共に小屋に向かう。
アナベルは、“ママ”と姉妹が一緒に暮らしていたのをドレイファスが知ったことをルーカスに話す。
小屋に入りジーンの遺体を発見したルーカスとアナベルは、姉妹は崖にいると考えてその場に向かう。
ヴィクトリアと共にその場にいたリリーは、”ママ”に呼ばれて近づくが、ルーカスがリリーに飛びかかる。
ルーカスに襲い掛かる”ママ”/イーディスに赤ん坊の遺骨を見せたアナベルは、近づく彼女にそれを渡す。
子供を抱いた“ママ”は、遺骨を確認して悲しむ。
リリーに呼ばれた“ママ”は、遺骨を投げ捨ててルーカスに近づき痛めつける。
アナベルに襲い掛かり叩きのめした“ママ”は、喜ぶリリーを抱きながら微笑む。
別れを告げたヴィクトリアが、リリーと“ママ”と共に去ろうとするため、痛みを堪えながらアナベルは彼女らに近づく。
ヴィクトリアから眠るようにと言われたアナベルは、最後の力を振り絞り彼女を引き留めて脚に抱きつく。
泣きながら行かないでほしいと言うヴィクトリアの手を離したリリーは、“ママ”と共に落下する。
微笑むリリーを見つめながら、崖の途中の枝に衝突した“ママ”は、無数のチョウに姿を変える。
ヴィクトリアは、指に止まったチョウがリリーだと気づく。
無事だったルーカスは、アナベルとヴィクトリアを抱きしめる。
舞っていたチョウは、その場から飛び去る。
