翌日、サイモンと共に屋敷を訪れたジャクリーンは、リネットに彼を紹介する。
ところが、その後サイモンと結婚したのはリネットで、二人は新婚旅行のためエジプトに向かうことになる。
それを知ったリネットの管財人である護士でアメリカ人のアンドリュー・ペニントン（ジョージ・ケネディ）は、彼女を騙すことを考える。
そのためぺ人トンは、エジプトに向かうことをビジネス・パートナーのロックフォード（サム・ワナメイカー）に伝える。
富豪夫人マリー・ヴァン・スカイラー（ベティ・デイヴィス）は、リネットの動向に興味を持ち、バウワーズ（マギー・スミス）を付添わせてエジプトに向かう。
ギザ。
クフ王のピラミッドに登ったリネットとサイモンは、頂上で愛を確かめ合う。
そこに現れたジャクリーンに驚くリネットとサイモンは、彼女が自分達を追い回していることを非難する。
ジャクリーンは何も語らずに姿を消し、リネットとサイモンもその場を去る。
サイモンは苛立つリネットを落ち着かせて、二人はハネムーンを楽しむことで意見が一致する。
その様子を、私立探偵のエルキュール・ポアロ（ピーター・ユスティノフ）が観察していた。
ホテルに戻りダンスを楽しむリネットとサイモンを、共産主義者のジェームズ・ファーガスン（ジョン・フィンチ）、作家のサロメ・オッタボーン（アンジェラ・ランズベリー）、その娘ロザリー（オリヴィア・ハッセー）、マリーとバウワーズ、ポアロの友人である弁護士のジョニー・レイス大佐（デヴィッド・ニーヴン）、そしてリネットのメイドのルイーズ・ブルジェ（ジェーン・バーキン）らが見つめていた。
その場に現れたポアロは、レイスがいたために久しぶりの再会を喜び、同じナイルのクルーズを楽しむことを知る。
スイスの医師ベスナー（ジャック・ウォーデン）は、”資本論”を読むファーガスに自己紹介し、資本主義の退廃を観察しているという彼に、いい例があると言ってリネットとサイモンを指さす。
現れたペニントンにサイモンを紹介したリネットは、三人で話をする。
サロメに話しかけられたポワロとレイスは対応に困り、タンゴまで踊る羽目になる。
その場にジャクリーンが現れたため、リネットとサイモンはに立ち去る。
翌日、リネットとポワロが話す姿を目撃したジャクリーンは、その後、彼に会い、過去を忘れるよう助言される。
リネットの依頼でないことを語るポワロに拳銃を見せたジャクリーンは、これでリネットを殺すことを考えてしまうと言って、彼の言葉を聞き入れようとしない。
ポワロに出くわしたサイモンは、ジャッキーが今後も付きまとうだろうと言われ、この件に対処するためある考えがあることを話す。
翌朝、リネットとサイモンは、ジャッキーに馬車で駅に向かうと思わせてナイル川に向い、蒸気船”カルナック”に乗船する。
船の支配人チョードリー（Ｉ・Ｓ・ジョハー）に迎えられたポワロら乗客は、出航と同時に客室に案内される。
計画通りに言ったサイモンはジャクリーンを追い払えたため、アネット共に安堵する。
その後、リネットと話していたマリーは、自分を呼びに来たバウワーズの態度を気にする。
リッジウェイ家のせいで家族が破産したため、バウワーズはリネットを恨んでいたのだった。
自分を批判する内容の著書を出版したサロメに本を渡されたリネットは、彼女を罵倒して本を川に捨ててしまう。
ペニントンから契約書などのサインを求められたリネットは、内容を確認しようとするが、サイモンが法的な書類など読まないと言うためそれに従おうとする。
それを見ていたレイスは、内容を確認してサインするべきだと意見し、ペニントンを納得させる。
ペニントンは席を外し、リネットとサイモンは、レイスとその場にいたポワロを誘い先にバーに向かう。
ルイーズに声をかけられたリネットは、妻帯者の恋人が自分を受け入れる準備ができたことを伝え、約束した5年分の報酬を要求する。
リネットはそれを拒み、これからも仕えるようルイーズに強要する。
その様子を見ていたポワロは、リネットが自ら敵を作っていると考え、ペニントンの行動も怪しいとレイスに伝える。
レイスがペニントンの周辺を探っていることに気づいていたポワロは、彼から話を聞く。
リネットのイギリスの弁護士からの情報で、彼女の財産を横領していることを知られないようにと考えるペニントンが、何かを企んでいるとレイスに言われる。
ポワロは、他の乗客も注意が必要だと語る。
”カルナック神殿”。
ファーガソンと話していたロザリーは、リネットについて語り合い、死者ならば名誉棄損は成立しないかということなどを尋ねる。
ポワロは、ペニントンに探りを入れる。
各人が神殿を見て回る中、リネットとサイモンが頭上から落ちてきた石で命を狙われる。
”アブ・シンベル神殿”。
リネットとサイモンは、突然、現れたジャクリーンに驚き船に戻る。
乗船したジャクリーンに手を引くよう警告するポワロだったが、彼女は地獄まででも追っていくと答える。
その夜、ディナーの前にベスナーから話をされたリネットは、友人がおかしな治療を受けたことで彼を非難する。
濡れ衣だと言うベスナーの話を聞こうともしないリネットは、その場を去る。
バーのカウンターの下に身を潜めていたポワロは、動揺するベスナーの様子を観察する。
夕食後にサロンでカードをしていたリネットとサイモンは、現れたジャクリーンを気にする。
リネットを先に部屋に向かわせたサイモンは、ジャクリーンに嫌みを言われて口論になる。
興奮したジャクリーンはサイモンの足を銃撃してしまい、現れたファーガソンが、ロザリーと共に取り乱す彼女を部屋に連れて行く。
元看護士のバウワーズを呼んでジャクリーンに付き添わせ、サイモンはベスナーの治療を受ける。
サイモンはベスナーの部屋に連れて行かれて休むことになり、ファーガソンは銃がなくなっていることを彼らに話す。
翌朝、ルイーズはリネットが銃で撃たれて死亡しているのを発見し、ポワロがその現場を調べ、スーダンに着くまで彼とレイスが事件の捜査をすることになる。
ベスナーが頭部の銃弾の跡を調べ、ポワロは、瀕死のリネットが血で壁に”J”と書き記し、犯人がジャクリーンであることを知らせたと推理する。
即死だとベスナーに指摘されたポワロはジョークを言っただけだと答え、子供じみた仕業を疑問に思い、死亡推定時刻からジャクリーンの犯行を否定する。
ジャクリーンの復讐に対する執念を乗客全員が知っているため、彼女が濡れ衣を着せられるにはうってつけの存在だと言って、ポワロは捜査を続けようとするレイスに語。
自分は潔白だと言うベスナーに、動機があることを昨夜、知ったことをポワロは伝える。
ポワロは、サイモンとジャクリーンの争いを見ていたベスナーが銃を拾い、リネットを殺害できたという推理を話して聞かせる。
ベスナーは憤慨してその場を去り、ポワロはレイスと共に乗客から話を聞く。
ファーガソンとロザリーと話したポワロは、二人とも銃を拾いリネットを殺すチャンスがあったことを指摘する。
動機がないと言うファーガソンだったが、ポワロは、彼が出発前にリネットとサイモンを痛烈に批判していたことと、ロザリーが、死者なら名誉棄損はしないという話を聞いていたことを伝える。
ジャクリーンに付き添っていたバウワーズにも、ファーガソンが銃を探しに行く間にそれを拾いリネットを殺すことは可能で、リッジウェイ家を恨んでいたのは確かだとポワロは指摘する。
反論するバウワーズにいつでも話を聞くと伝えたポワロは、リネットのことを知り動揺して現れたジャクリーンには潔白だと言って彼女を気遣う。
その後、ポワロとレイスはドイルに話を聞き、現れたルイーズは、自分が疑われているのかを問う。
昨夜の様子を聞いたポワロだったが、銃を拾いリネットを殺すことはできたと語り、ルイーズが辞職や報酬のことでリネットと揉めていたことも話す。
殺していないと言うルイーズにリネットの真珠のネックレスのことを尋ねたポワロは、それが寝室から消えていたことを話す。
一旦、部屋に戻ったポワロは、その場にコブラがいることに気づき、壁を叩いて隣のレイスにSOSを伝える。
部屋に飛び込んできたレイスはコブラを殺し、捜査の様子を聞きに現れたチョードリーにコブラを処分させる。
マリーに話を聞いていたポワロとレイスは、船員が引き上げたストールに包まれたジャクリーンの銃と血に染まったハンカチを確認する。
それが盗まれた自分のストールだとマリーは伝える。
真珠のネックレスの話をしたポワロは、マリーが異常な宝石好きであることを知っていると伝え、リネットから盗み殺すことまで考えた可能性もあると語る。
侮辱を受けたマリーは、ポワロを罵ってその場を去る。
バーにいたサロメに声をかけられたポワロは捜査のことを聞かれ、彼女には、名誉棄損で訴える可能性があるリネットを殺す理由があると伝える。
その直後に、リネットの遺体が安置されている部屋に誰かが入った気配を感じたポワロとレイスはその場を調べ、ネックレスが戻されていることを確認する。
マリーを疑う考えが変わらないことをレイスに伝えたポワロはその場を去り、隠れていた彼女はその様子を監視していた。
ペニントンの部屋に向かったポワロとレイスは、犯行に使われた口径とは違うものの、彼が銃を所持していることを知り、リネットにサインさせようとしていた書類を調べる。
戻って来たペニントンは憤慨するが、リネットが結婚した後も財産を管理しようとしていたとポワロに言われる。
違法ではないと反論するペニントンだったが、イギリスの弁護士が疑っていることをレイスはは伝え、ポワロは”カルナック神殿”で頭上から石を落したと言って、潔白を訴える彼の言葉を無視してその場を去る。
ジャクリーンと話したポワロは、サイモンに会いたいと言う彼女にベスナーの許可を得ることを伝える。
サイモンに会えたジャクリーンは彼に謝罪し、自分がリネットを殺していないことを伝える。
夕食後、ルイーズが殺害されていることを知らされたポワロとレイスは、彼女が握っていた紙幣の切れ端を見て、リネットを殺した者をゆすっていた可能性を考える。
ルイーズの話を思い出し、彼女が犯人を目撃していたと気づいたポワロは、犯人が確定できそうだとレイスに語る。
現れたベスナーは、喉を切られていたルイーズが、自分のメスで殺された可能性をレイスに指摘されて苛立つ。
サイモンと共に話を聞いてほしいとサロメに言われたポワロは、ルイーズを殺した犯人を知っていると言われる。
回復している段階のサイモンには安静が必要だと言うベスナーを追い払ったサロメは、ルイーズ殺害犯の目撃証言をしようとする。
驚いたサイモンは大声でそれをサロメに確認するが、話をしようとした彼女は何者かに射殺されてしまう。
ポワロとレイスは、部屋の外に落ちていた銃がペニントンの物であることを確認する。
乗客はその場に集まり、ペニントンに銃のことを聞いたレイスは、誰でも部屋から持ち出せると彼に言われる。
ポワロは、サロンに集まるよう乗客全員に指示する。
母の死にショックを受けるロザリーを慰めるファーガソンは、これで自由の身になれると伝える。
乗客を前にしたポワロは、三人の殺害事件の犯人を突き止めたと言って、サロンで会った騒ぎを目撃した者が銃を拾いリネットを殺害したという、先入観にとらわれていたことを語る。
全ての乗客に犯行動機があると言うポワロは、事件の夜は、ワインに混ぜられた睡眠薬で熟睡してしまったことを話す。
リネットの傷口には焦げた跡があったことをベスナーに確認したポワロは、川から上がったショールには銃声を消すために使った跡があったことを指摘する。
ショールで銃口を覆った場合は傷口に焦げ跡がつかないことと、ジャクリーンがサイモンを撃った時も目撃者がいるため、ショールは使われていないとポワロは語る。
つまり、弾は同じ銃から三発が発射されたことをポワロは指摘し、その銃では二発しか撃った形跡はなかった。
リネットの部屋の赤インクが入っていたマニキュアの瓶のことを話すポワロは、銃と一緒に発見されたハンカチにその染みがついていたことを話す。
犯人をゆすっていたため殺されたルイーズが、犯人を目撃したことをあえて語ったことに注目したポワロは、その場にいた者がリネットを殺したと語る。
レイス以外にいたのはサイモンであり、証人が大勢いると言う彼の言葉を遮り、ポワロはサイモンが犯人だと断言する。
それを否定するベスナーは、証人にはなれないとポワロに言われるが、サイモンが歩くのは不可能だと反論する。
ポワロは、本当に撃たれたのかどうかを確かめるため、サロンで起きたこと話し始める。
ジャクリーンに撃たれたサイモンは、赤く染まったハンカチで傷口を押さえる。
現れたファーガソンとロザリーに、取り乱すジャクリーンを介抱するように伝えたサイモンは、右側のデッキの彼女の部屋に向かわせる。
撃たれてはいなかったサイモンは銃を拾い、左側のデッキのリネットの部屋に向い、彼女を射殺して、その血で壁に”J”の文字を書きマニュキアの瓶を戻した。
サロンに戻ったサイモンは、隠してあったショールを足に当てて銃で足を撃った。
使用済みの薬莢を捨てて新しい弾を込めたサイモンは、ショールやハンカチなどと一緒に銃を川に捨てた。
短時間にこれだけのことを実行するのは不可能だと言うレイスに、サイモンは共犯者にすぎないとポワロは指摘する。
首謀者はジャクリーンだと言うポワロは、反論する彼女に対し、サイモンは元恋人であり今も愛し合っていると伝える。
リネットの財産を相続したサイモンと、ほとぼりが冷めた後で結婚するのが目的だった計画をポワロに見抜かれ、ジャクリーンは言葉を失う。
眠れなかったルイーズは、サイモンがリネットの部屋に入るのを目撃して恐喝したために、結局それが命取りとなったとポワロは話す。
サイモンがルイーズを殺したはずがないと言うベスナーの意見に同意するポワロは、ジャクリーンが犯人だと指摘する。
ジャクリーンはサイモンに会う許可を得た際、彼からルイーズに目撃されゆすられていることを知らされる。
その場にあったベスナーのメスを持ち出したジャクリーンは、サイモンの財布の紙幣を手にし、彼に愛を伝えてルイーズ殺害を実行した。
慌てたジャクリーンは、ルイーズの手に紙幣の切れ端が残っていることに気づかず、サロメに目撃されながらメスを戻して食堂室に向かった。
その後、サロメがそのことを話すために部屋に来たため、サイモンは大声を出しそれをジャクリーンに知らせる。
ペニントンの部屋から銃を持ち出したジャクリーンは、サロメを射殺した。
それを認めないサイモンだったが、ジャクリーンが自分を撃った際の弾丸の跡もポワロに見せられる。
三発を発射した銃の二発をサイモンが撃った証拠をジャクリーンから求められたポワロは、法廷では勝てないと言われる。
サイモン自身が証拠となると指摘するポワロは、銃を撃った後は、指に火薬が残りそれを検出する方法があると伝えて調べようとする。
サイモンと共に観念したジャクリーンは、彼を責めないようにとポワロに伝える。
貧しいサイモンを助けようとしていたと語りながら、証拠品の銃を奪っていたジャクリーンは、愛を確かめながら彼を射殺する。
席を立ったポワロらを制止したジャクリーンも、自ら命を絶つ。
クルーズ船カルナックは目的地に到着し、銃を撃った証拠の反応を調べることは不可能だったとレイスに言われたポワロは、それを気にしない。
マリーから過去の事件の話は次回にと言われたポワロは、最近あった”オリエント急行”での体験を話せないのは残念だと伝える。
ロザリーからファーガソンと婚約したと言われたポワロとレイスは、二人を祝福する。
ポワロは、アメリカ人を見習って気楽にやるよう二人に助言する。
”モリエール”の言葉を思い起こすポワロは、”愛に目覚めさせるのが、女の大いなる野望”と語り、レイスと共に船を離れる。
