ボーンズ船長から助けを呼べと言われたジムは、箱から出したものを渡され、悪党どもに襲われても、留守なら目当てのものは奪えないと言われて医師を呼びに行く。
その頃、ある男達がボートで上陸し、宿屋の中で何かを探す。
そこにジムらが戻ったために、男達は逃げる。
死んでいるボーンズ船長は、殺害ではなく心臓発作か酒が原因だと判断したリヴジー医師（デニス・オディア）は、それを地主のスクワイアー・トレローニー（ウォルター・フィッツジェラルド）に伝える。
分け前だと言われた、ボーンズ船長から受け取ったものをトレローニーに見せたジムは、それが海賊フリント船長の財宝の地図であることを知る。
喜ぶトレローニーはジムを褒めて、分け前を約束する。
地図を見ながら70万ポンドの財宝がある場所を確認したリヴジーは驚き、トレローニーは、現れた使用人のレッドルース（ジョン・グレッグソン）とウィリアムズに問題ないことを伝えて帰す。
リヴジーに状況を説明したトレローニーは、船を見つけて島に向かう考えを伝えるものの、悪党どもが関わっているので危険だと言われる。
強引なトレローニーに説得され、冒険に興味をもつジムも自分次第でついて行くと言われたリヴジーは、同行することを決める。
その後、リヴジーと共に港に向かったジムは、トレローニーが見つけた立派な帆船”ヒスパニョーラ”を見せられる。
船員は厳選して選んだと言うトレローニーは、ジムとリヴジーをコックに選んだロング・ジョン・シルヴァー（ロバート・ニュートン）の食堂に連れて行く。
料理を運んできたシルヴァーが片足だったために、ジムは驚く。
トレローニーから船乗りが見つからないと言われたシルヴァーは、提督の船に乗っていたことを話し、自分が見つけることを約束する。
シルヴァーが海賊のボーンズ船長と知り合いのはずだと考えるジムだったが、トレローニーに信じてもらえない。
手伝わせるためにジムを借りたいとトレローニーに伝えて許可を得たシルヴァーは、海賊のフリント船長の名を付けたオウムをジムに紹介する。
そこにブラック・ドックが現れ、ジムに気づいて逃げ出す。
海賊のブラック・ドックを仲間に追わせたシルヴァーは、用心のためにジムに銃を渡して出かける。
約束通り船員を集めてジムと共に船に乗り込んだシルヴァーは、トレローニーに歓迎される。
スモレット船長（ベイジル・シドニー）は、部下のアロー（デイヴィッド・デイヴィス）に乗組員名簿の作成と航海日誌への記録と監視記録の指示を出し、トレローニーとリヴジーを船長室に呼ぶ。
船員も町中も自分達が宝島に向かうことを知っているのは問題だと言うスモレット船長は、コックが集めた船員では信頼できないとトレローニーに伝える。
憤慨するトレローニーを落ち着かせたリヴジーは、解決策はないかスモレット船長に尋ねる。
地図の場所は自分とアローにも知らせず、銃器は船首から船尾に移すことをリヴジーとトレローニーに指示して納得させたスモレット船長は、万一に備えると言って出港準備をする。
船は出航し、暫くして船員ジョージ・メリー（ラルフ・トルーマン）が銃を所持していることにアローが気づき、軍艦ではないと言うスモレット船長は、その違反に対して鞭打ちの罰を与える。
ジムから、銃のことも話すべきか訊かれたシルヴァーは、自分の立場が悪くなるので何もするなと指示する。
苛立つジョージを落ち着かせたイズラエル・ハンズ（ジェフリー・キーン）は、ナイフのみ見えるようにしておく命令に従えと伝える。
ジョージが隠してあったナイフを奪い海に捨てたシルヴァーは、アローには手出しさせないと言って彼を脅す。
ジムに船長のラムを盗ませて、それを浸したプディングをアローに食べさせたシルヴァーは、酔った彼を殺そうとするジョージを制止する。
自分がアローの面倒を見ると言ったはずだとジョージに伝えたシルヴァーは、雨の中、甲板に向かったアローを海に突き落とす。
翌日、嵐で海に投げ出されたアローの死を悼むスモレット船長は、船員と共に祈りを捧げる。
リンゴを食べようとしたジムは、底に残っているリンゴを拾おうとして樽の中に入る。
シルヴァーがジョージらと共に船を乗っ取とる話を聞いていしまったジムは、アローも殺されたことを知る。
焦るジョージらに、スモレット船長が島に案内してくれるまで騒ぎを起こすなと伝えたシルヴァーは、まともな食い物やラムが恋しいと不満を訴える者に、リンゴでも食べていろと言ってナイフを手にする。
ジムは見つかりそうになるが、その時、陸が見えたという声が聞こえる。
シルヴァーらの考えをジムから知らされたトレローニーは、自分の責任だと言ってスモレット船長に謝罪する。
対策を考えるスモレット船長は、気づかれないように武装して監視しようとする。
リヴジーから、シルヴァーと親しくして情報を探ることを指示されたジムは、気が進まなかったもののそれに従う。
島に上陸したことがあると言うシルヴァーは、スモレット船長の許可を得たジムと共に岸に向かう。
シルヴァーから騒ぎを起こすなと言われたジョージだったが、合図したら見張りのレッドルースに襲い掛かるよう仲間に指示する。
船はシルヴァーの指示で入り江に向かい、錨を下ろす。
襲われたレッドルースは抵抗し、ジョージらの反乱は失敗して船倉に閉じ込められる。
島に向かおうとしたシルヴァーは銃を向けられるものの、ジムのノドを切り裂くと言って脅す。
勝手な行動をするなとジョージに伝えたシルヴァーは、1時間以内に地図とジョージを上陸させるようにとスモレット船長に伝えて島に向かう。
岸に着く寸前で逃げたジムは、シルヴァーの手下に追われるものの身を隠す。
暫くして現れた野人のような姿のベン・ガン（ジェフリー・ウィルキンソン）に驚くジムは、彼がシルヴァーに置き去りにされた船員だということを知る。
置き去りにされて5年も経つと言うベン・ガンは、ジムをボートがある場所に連れて行く。
地図にあった小屋を確認したスモレット船長は、その場を拠点にしてジムを捜すことをリヴジーに伝える。
ボートを確認したジムは、ベン・ガンと共に入り江の様子を観察し、ボートが岸に向かってくることに気づく。
船倉から脱出したジョージは、見張りのレッドルースを叩きのめして船を奪おうとする。
それに気づいたスモレット船長は発砲し、大砲の砲撃を受けながら岸に向かう。
シルヴァーは、船に海賊旗が上がったことを確認する。
皆、置き去りにされてしまう考えるベン・ガンは嘆く。
シルヴァーらが船に戻ろうとすることをスモレット船長に知らせようとしたジムは、ベン・ガンから、彼らの行き先は分かっていると言われる。
小屋にジムを案内したベン・ガンは、自分に会いたければ一人で丘の上に来るようにと船長に伝えることを指示する。
ベン・ガンは、隠されたものは見つけて隠したと言うようにとジムに伝える。
船に戻ったシルヴァーは、勝手な行動をとったジョージを責めて鎖につなごうとするが、イズラエルから、攻撃するつもりなら戦力になると言われる。
二度と自分に逆らわないことをジョージに約束させたシルヴァーは、イズラエルとハゴット（ハリー・ロック）だけを残して全員で上陸しようとする。
ジムからベン・ガンの話を聞いたスモレット船長は、会いに行くことを提案するリヴジーに、今はシルヴァーらの攻撃に備える必要があると伝える。
上陸したシルヴァーは、スモレット船長と話し会うために白旗を掲げて近づく。
地図を渡せば命を助けると伝えたシルヴァーだったが、スモレット船長に相手にされずに追い払われる。
シルヴァーは手下達に攻撃を命ずるが、それに対抗するスモレット船長やリヴジーは勇敢に戦う。
船員達は逃げてしまい、憤慨したシルヴァーが放った銃弾はスモレット船長の肩に当たり、リヴジーが手当てをする。
その後、小康状態が続き、地図をジムに渡したリヴジーは、もしもの時は命と引き換えにそれをシルヴァーに渡すようにと指示する。
明日の満潮で船が近づけば小屋は砲撃されると言うスモレット船長は、錨のロープを切れば船は自然に進み座礁するかもしれないとリヴジーらに話す。
その話を聞いたジムは、ベン・ガンのボートで船に向かい錨を切り離す。
イズラエルとハゴットが酒を奪い合い争っている隙に、ジムは動き出した船の舵を切る。
背後から投げたナイフでイズラエルを殺したハゴットは、その場にいたジムが地図を持っていることを知り襲い掛かる。
マストに上ったジムに迫りナイフで腕を刺したハゴットは、銃で撃たれて落下する。
刺さったナイフを抜いてマストを下りたジムは、海賊旗を下げてユニオンジャックを掲げる。
座礁した船から降りたジムは、夜が明けて何とか小屋に戻るものの、リヴジーではなくシルヴァーがいたために驚き、気を失ってしまう。
ジムの手当てをしようとしたシルヴァーは、リヴジーを連れてくるようにとジョージに指示する。
その前に仲間と話し合うと言うジョージは、小屋の外に出る。
気がついたジムは、リヴジーらが夜の間に逃げたことをシルヴァーから知らされる。
屋根の上に出て白旗を掲げたシルヴァーは、座礁した船のユニオンジャックを確認する。
白旗を振りリヴジーを呼んだシルヴァーは、ジョージから聖書の1ページのブラック・スポットを渡され、裏の文字を読めと言われる。
”解任”という文字を確認したシルヴァーは、地図を手に入れるまでは自分が船長だと言い張り、ジョージの意見など聞こうとしない。
現れたリヴジーは、シルヴァーが刺したのではないことを確認して、ジムの怪我の手当てをする。
ジムを守ってやろうという気になったと話すシルヴァーは、船のユニオンジャックを見て何かを学んだような気にもなったとリヴジーに話す。
地図を奪ったことをジムとリヴジーに知らせたシルヴァーは、絞首刑になることだけはごめんだと言って、ジムを守るので自分を助けてほしいと伝える。
ジョージらは財宝が見つかるまでジムを返そうとしないと言うシルヴァーは、その間、自分が守ると伝えてリヴジーを説得する。
考える時間が欲しいと言うリヴジーは、発砲させるので伏せているようにとジムに伝えて、相手が装填している間に茂みに逃げ込むようにと指示する。
ジムから、自分を守ってくれたシルヴァーを裏切れないと言われたリヴジーは、生きて帰国できた場合は必ず守るとシルヴァーに伝えてその場を去る。
ジョージらに地図を渡して、船長を降りると伝えたシルヴァーだったが、仲間達は動揺する。
仲間達からシルヴァーを船長から降ろすのは撤回すると言われたジョージは、ブラック・スポットの聖書のページを破棄することを指示される。
ページは聖書に戻しておけと言うシルヴァーは、ジムを連れて財宝の場所に向かう。
人骨を見つけたシルヴァーは、それが差す方向が財宝の場所だと考える。
1枚の金貨以外に財宝を見つけられないジョージは苛立ち、シルヴァーを裏切り者呼ばわりする。
襲い掛かろうとするジョージを射殺したシルヴァーは、現れたリヴジーらに助けられる。
その場にいたベン・ガンが財宝を隠したことを知ったシルヴァーは、洞窟に隠してあると言われる。
財宝を確認したシルヴァーは、スモレット船長から罪は免れないと言われる。
命の恩人であるシルヴァーは約束は守ったと言うジムに、帰国して裁判にかけられた際に証言するようにと伝えたスモレット船長は、シルヴァーを鎖でつなぐ。
ボートに乗ったシルヴァーはジムの銃を奪い、トレローニーらを海に飛び込ませる。
ジャマイカに行くと言うシルヴァーは、入り江を出るまで舵を取るようにとジムに指示し、岸に近づいたところで降ろすと伝える。
ボートを岸に乗り上げさせたジムは岸に下りて逃げようとするが、押すようにと言うシルヴァーに銃を向けられる。
リヴジーらが追ってきたために、ジムは仕方なくボートを押す。
帆を張ったシルヴァーは沖に向かう。
岸に着いたリヴジーから、無事を祈りたくなってしまうと言われたジムは、微笑みながら、遠ざかるシルヴァーのボートを見守る。
