X-ファイル：真実を求めて The X-Files: I Want to Believe (2008)

モルダーは、透視能力のあるクリスマン神父のことを疑い、さらに、神父が小児性愛の前科があることも聞かされる。

ヴァージニア州、リッチモンド。
性犯罪者達が運営し居住する施設に、クリスマン神父を訪ねたモルダーとスカリーだったが、今度は彼女が神父は犯人の共犯だと言い張り、捜査への協力を拒否する。

その後モルダーは、クリスマン神父に犯行現場へ案内されることになる。

ウェストヴァージニア州、サマセット。
バナンが連れ去られた現場にたたずむクリスマン神父は、それ以上の透視は出来ず、彼は血の涙を流す。

病院に戻っていたスカリーは、担当する難病の少年の治療を諦めるよう、教会が運営する病院から圧力をかけられ、イバラ神父(アダム・ゴドリー)に監視されていた。

スカリーは、モルダーに切断された腕から動物用の鎮静剤が検出されたことを話す。

尚もクリスマン神父を疑っているスカリーだったが、失踪したバナンが犬を飼っていたはずだと言った神父が、血の涙まで流したのを目撃したモルダーは彼を信じ始めていた。

そんな時、別の女性失踪事件が発生して、再びクリスマン神父が動き出す。

ホイットニーに呼ばれたモルダーとスカリーは現場に向かう。

そして、クリスマン神父は、氷の中の女性の頭部を見つける。

ヴァージニア州、クアンティコ。
見つかった女性の頭部はバナンではなく、氷の中からは11人の四肢が見つかり、動物用の鎮静剤が検出される。

ウェストヴァージニア州、サマセット。
失踪した女性シェリル・カニンガム(ニッキー・エイコックス)の車が見つかり、彼女がプールに行っていたことがわかり、モルダーらはその場に急行する。

その頃、スカリーは病院側の反対を無視して、難病の少年に”幹細胞治療”を試みる。

少年の手術を終えたスカリーに、失踪したバナンとシェリルが同じプールを利用してのを、犯人が尾行していたのだろうということをモルダーは伝える。

さらに、二人ともメディカル･ブレスレットをしていて、臓器移植のために狙われた可能性が判明していた。

臓器売買に医療関係者が関与しているかを、モルダーはスカリーに調査させようとするが、彼女ははそれを断る。

少年の両親に治療を諦めると言われたスカリーだったが、彼女は回復する見込みに賭けることを彼らに告げる。

リッチモンド地方検事局は、臓器密売の疑いのあるロシア人ヤンケ・デシシン(カラム・キース・レニー)を事情聴取する。

クリスマン神父が、自分のかかわっていることを透視しているのではないかと考えたスカリーは、気が進まないまま彼の元に向かう。

神父は発作を起こしてしまい、駆けつけたホイットニーはモルダーとスカリーに、バナンとシェリルと同じプールの利用者デシシンが、臓器密売の容疑者にになったことを伝える。

クリスマン神父が関る少年被害者の一人が、デシシンの働く会社の社長だとわかり、モルダーらはその会社に向かう。

モルダーは、現場でデシシンを見かけホイットニーと彼を追う。

現場を調べていたドラミー捜査官は、バナンの頭部を見つけるが、ホイットニーは建物から落下し命を落す。

末期の肺がんを患っていたクリスマン神父は、容疑者達の写真を見せられ、自分とのかかわりを知る。

第2の被害者シェリルの捜索に向かったモルダーは、デシシンを見つけて尾行するが、彼に気づかれて車ごと道路脇に突き落とされる。

スカリーは、ロシアで犬を使った”幹細胞治療”の実験が行われていた事を知り、バナンが生きている可能性があることを、モルダーに電話で伝える。

モルダーの行方がわからず、ドラミーの協力を得られないスカリーは、元直属の上司ウォルター・スキナー(ミッチ・ピレッジ)に連絡して、モルダーの車の事故現場に到着する。

車から脱出したモルダーは、臓器密売組織のアジトを見つけ、シェリルが頭部を切断されかけている、手術室に侵入しそれを阻止しようとする。

モルダーは、鎮静剤を打たれて殺されそうになるのだが、スカリーとスキナーがその場所を突き止め、彼とシェリルを救出する。

スカリーは、クリスマン神父が死亡したことをモルダーに伝える。

モルダーは、首を切断された患者が死亡した時に、神父も息を引き取ったことで、二人の運命は結ばれていたことが裏付けらることをスカリーに話す。

そして、クリスマン神父に”あきらめるな”と言われたからこそモルダーを助けられたことを、スカリーは彼に伝える。

小児性愛者のクリスマン神父の言葉に支えられ、重病の少年を救おうとする矛盾を感じながら、スカリーは、少年の手術に向かう。

モルダーに励まされてはいたものの、苦しむ少年を前に迷うスカリーは、神父の言葉に従い手術を始める。