マトリックス リローデッド The Matrix Reloaded (2003)

その頃、リンクの操縦するネブカドネザルはザイオンに到着し、下船したモーフィアスは、ロック司令官（ハリー・レニックス）に呼ばれる。

以前モーファイスと関係のあったナイオビは、今はロックと付き合っていた。

ネオ、トリニティー、リンクは、ネブカドネザルの乗組員になることを望む、キッド（クレイトン・ワトソン）に迎えられる。

救世主ネオなどにこだわり、防衛のための命令に従わないモーフィアスを、ロックは厳しく非難する。

そこにハーマン評議員（アンソニー・ザーブ）が現われ、モーフィアスは、オラクル/預言者の言葉の実現性を信じ、敵が追い込まれていることと、戦いは必ず終わることを断言する。

ようやく二人になれたネオとトリニティーだったが、救いを求める者達を前にして、彼らの話を聞くよう、ネオはトリニティー指示される。

リンクは、久し振りに妻ジー（ノーナ・ゲイ）の元に戻るが、ネブカドネザルで命を落とした兄ドーザーやタンクのことなどを考えながら、彼女は夫を案ずる気持を伝える。

しかしリンクは、モーフィアスを信じていることをジーに伝えて、彼女を抱きしめる。

人々を岩のホールに集めたハーマン評議員は祈りを捧げ、モーフィアスは、自分達が生き抜いていることを確認させて、機械を恐れないと力強いメッセージを伝える。

その後、人々は、音楽やダンスを楽しみ、モーフィアスに話しかけるナイオビをロックが牽制する。
ネオは、トリニティーとの愛を確かめ合うが、彼女を失った悪夢を思い出す。

やはり眠れないネオは、その場に現われたハーマン評議員に、ザイオンの都市機能制御するエンジニアリング・レベルに案内される。

自分には理解できない機械の仕組みを目の前にして、ハーマンは、ネオが、どのようにして特別なことができるのか分からないと言う彼は、その理由を知ることができればいいと伝える。

その後ネオは、”カデューシャス”のバラード船長（ロイ・ジョーンズJr.）からオラクルのメッセージを受取る。

ロックは、ネブカドネザルの出航許可を出したことでハーマンを非難する。

しかし、防御にこだわるロックに対し、ハーマンは、船の数が問題でないことを伝える。

マトリックスに入ったネオは、オラクルの護衛であるセラフ（コリン・チョウ）から、救世主であることを確かめるための手荒い歓迎を受ける。

オラクル（グロリア・フォスター）の元に案内されて再会したネオは、全てがプログラムだということを確認する。

ネオは、相変わらずオラクルに翻弄されながら、未来を守ることで、協力し合うための会話を続ける。

機械のメインフレームに向うことが必要だと悟っていたネオに、そこで、トリニティーの生死を選んでいる未来の自分を理解する必要があることをオラクルは伝える。

それを拒むネオだったが、救世主がそれをしない場合は、ザイオンが滅びるとオラクルに言われる。

ザイオンを救うためには、ソースに行かなければならず、それには消息を絶ったキー・メーカー（ランドール・ダク・キム）の存在が必要だった。

キー・メーカーは、メロビンジアン（ランバート・ウィルソン）というプログラムに捕らえられていたため、ネオは彼に会うようオラクルに指示される。

オラクルが去った直後、ネオの前にエージェント・スミス（ヒューゴ・ウィーヴィング）が現われ、自分達の戦いの結果と、生まれ変わった自分の存在を理解させようとする。

そこに、エージェント・スミスによってコピーされた無数の彼が現われる。

ネオはそれに立ち向かうが、相手が増え続けるため、彼はその場を脱出して仲間達の元に戻る。

ザイオン。
評議会が開かれ、ロックは、今後の防御についての説明をする。

しかしロックは、船を派遣してネブカドネザルの救世主の確認をするよう、ウェスト評議員（コーネル・ウェスト）に指示される。

ロックはそれを拒むが、評議員は、二隻の船を向わせる意思を伝え、出席した船長達に志願者がいるかを問う。

その中で、”ヴィジラント”の船長ソーレン（スティーブ・バストニー）と”ロゴス”のナイオビが志願する。

評議会は閉会され、ナイオビの行動をロックは理解できないまま、彼女は出航準備を始める。

メロビンジアンのいるレストランに向ったモーフィアス、ネオ、トリニティーは、彼と妻パーセフォニー（モニカ・ベルッチ）の席に案内される。

キー・メーカーを捜していることを、単刀直入に伝えたモーフィアスだったが、メロビンジアンは、それに応ずる気はなく、回りくどい説明を始めて彼らを追払う。

モーフィアスらはその場を離れ、何が間違っていたのかを考えるが、そこに、メロビンジアンにはうんざりしているパーセフォニーが現われ、彼らをキー・メーカーの元に連れて行こうとする。

パーセフォニーは、キー・メーカーに会わせる条件として、ネオのキスを求める。

それに応じたネオだったが、パーセフォニーは、満足せずに立ち去ろうとする。

パーセフォニーを引き止めたネオは、それを気にするトリニティーの前で、もう一度、気持を込めてキスをして彼女を納得させる。

ネオらはキー・メーカーの元に案内されるが、裏切ったと言って憤慨しながら現われたネブカドネザルを、相手にもせず、パーセフォニーはその場を立ち去る。

ネブカドネザルは、キー・メーカーを捕らえるよう、部下のザ・ツインズ（ニール＆エイドリアン・レイメント）に命ずる。

キー・メーカーは戻らないと言って姿を消し、モーフィアスとトリニティーが彼を追う。

ネオは他の部下を倒すが、ネブカドネザルには逃げられてしまう。

駐車場に向ったキー・メーカーを追ったモーフィアスとトリニティーは、ザ・ツインズの襲撃を逃れて車で逃走する。

ネオは山奥に移動させられ、モーフィアスらの元に向かう。

リンクの誘導でトリニティーの運転する車は、フリーウェイに向う。

ザ・ツインズは、他の車を巻き込みながらモーフィアスに襲い掛かり、パトカーの警官に乗り移ったエージェントもそれを追う。

モーフィアスは、トリニティーに、キー・メーカーを連れて逃げるよう指示し、ザ・ツインズの車に立ち向かい爆破する。

トリニティーは、搬送トレーラーのバイクを奪い、キー・メーカーを乗せて走り去り、エージェントを振り切る。

逆送したトリニティーは、トレーラーのコンテナに乗り近づくモーフィアスにキー・メーカーを託す。

モーフィアスは、トレーラーに飛び移ったエージェント・ジョンソン（ダニエル・バーンハード）と一騎打ちとなり落下してしまうが、ナイオビの運転する車が彼をキャッチする。

エージェント・ジョンソンは、”エグザイル”（不要プログラム）のキー・メーカーを削除しようとする。

モーフィアスがエージェント・ジョンソンを突き落とし、彼らの乗り移ったトレーラーに、正面衝突されて大破するが、そこにネオが現われ、彼とキー・メーカーを救う。

その頃、無数の敵のマシン、スクイーティーがザイオンに近づき、ロックが迎え撃つ準備を始める。

あるビルの知られない階に、多くの場所につながっているドアがあり、その中の特別な部屋のソースに通じるドアの存在を、キー・メーカーはネオらに伝える。

警備システムが爆弾の作動につながるため、広範囲の電力を断つことが必要であり、発電所を襲うと共に緊急システムもオフにする必要があった。

ドアが無防備になると接続は切断され、別の接続をする必要もあり、約5分でそれを済ませなくてはならず、ドアを開けるのは、救世主だけだとキー・メーカーは付け加える。

トリニティーに迫る危険を口にできないネオは悩み、今回は、何があろうともマトリックスには入らないで欲しいことを伝える。

理由を伝えられないネオを信じて、トリニティーはそれを約束する。

ナイオビとソーレンらは発電所を襲うが、ヴィジラントがスクイーティーに攻撃されて彼らは息絶える。

脱出したナイオビは発電所の爆破を確認し、街の電力は停止し、モーフィアスとネオ、そしてキー・メーカーは行動を開始する。

しかし、緊急システムが電力を回復してしまったため、トリニティーは、ネオとの約束を破りマトリックスに入りビルに向う。

無数のドアの階に入ったネオらだったが、エージェント・スミスが現われ、コピーと共に三人に襲い掛かる。

トリニティーは、システムを操作して送電網を遮断し、街の電力は停止し始める。

ネオとモーフィアスがエージェント・スミスに立ち向かう間、キー・メーカーがドアを開けて二人もその中に入る。

しかし、キー・メーカーはエージェント・スミスの銃弾を受けてしまい、彼はネオに鍵を渡して息を引き取る。

ドアを開けたネオは、マトリックスの設計者アーキテクト（ヘルムート・バカイティス）の元に導かれる。

アーキテクトは、”アノマリー”、すなわち、排除し切れなかった異常なものの結果だと、ネオがここにいる理由を伝える。

”アノマリー”がシステム全体だと知らされたネオは、キーポイントが”選択”だと気づく。

トリニティーは、現われたエージェント・トンプソンを迎え撃ち、二人は激しい戦いとなる。

アーキテクトに前任者と比較され、人類絶滅に対しての責任を科せられる、その心構えがあるかをネオは問われ、トリニティーが、愛のためにマトリックスに入ったことを知らされる。

ネオは、ソースにつながりザイオンが救われる場合と、トリニティーに通じるが、ザイオンは滅びるドアの”選択”を迫られる。

トリニティーの死を阻止するために、できることはないとアーキテクトに言われながらも、ネオは彼女の元に向うドアを選ぶ。

現実に戻ったモーフィアスは、トリニティーがマトリックスに入ったことを知る。

エージェント・トンプソンと銃撃戦になったトリニティーは、ビルから落下しながら銃弾を受けてしまう。

信じ難いスピードでトリニティーの元に向ったネオは、彼女を落下寸前で救い体内の弾丸を摘出する。

モーフィアスもトリニティーを励ますが、彼女はネオの腕の中で息を引き取る。

しかし、ネオは、愛の力でトリニティーを蘇生して彼女を救い、奇跡を起こして現実に戻る。

モーフィアスは、救世主がソースに向えばザイオンが救われるはずだと言って苛立つが、ネオが、戦いは24時間すれば終わると伝える。

それで、ザイオンが破壊されることも伝えたネオは、予言が嘘だったことも付け加え、疑問に思うモーフィアスを納得させる。

スクイーティーが接近し、ネブカドネザルを出たネオらだったが、船は破壊されてしまう。

仲間達とその場を離れたネオは、何かが違うことを感じ、襲い掛かるスクイーティーを倒すものの意識を失う。

モーフィアスらは、現われた”ハマー”に救助されて、昏睡状態のネオにトリニティーが寄り添う。

ザイオンの攻撃状況を、ローランド船長（デヴィッド・ロバーツ）らから報告を受けたモーフィアスは、誰かが、兵器ＥＭＰ（電磁パルス）を誤作動させたために、艦隊が壊滅状態になったことを知る。

誰がしくじったかは不明だったが、一人だけ生存者がいたこともをローランドは伝える。

それは、”カデューシャス”の一等航海士ベイン（イアン・ブリス）だった。