翌日、局に向かい、上司のバーナデット・トンプソン（ウーピー・ゴールドバーグ）やスタッフに昨夜のフット軍団の犯行の話をしたエイプリルは、誰かが阻止したことを伝える。
バーナデットから阻止したのは誰かと訊かれたエイプリルは、フット軍団と戦う正義の味方としか答えられない。
証拠はコンテナの文字の写真だけだと知ったバーナデットは、エイプリルの話を却下して、皆に仕事に戻るよう指示する。
かつてエイプリルの父オニール博士（ポール・フィッツジェラルド）の研究パートナーだったエリック・サックス（ウィリアム・フィクナー）の”サックス・インダストリー”と組んだ市は、フット軍団の撲滅を宣言する。
フット軍団のリーダー、シュレッダー（トオル・マサムネ）は、港での妨害が想定外だったと言うカライ（ミナエ・ノジ）に、自分達が街を支配するため、必ず敵を捕らえるよう命ずる。
その夜、フット軍団を必ず倒すと言うサックスのスピーチを取材したエイプリルは、彼に声をかけて、共に研究をした父の話などをする。
自分も街のために貢献したいと伝えたエイプリルは、サックスから応援していると言われる。
フット軍団が大規模な襲撃を開始し、騒ぎに気づいたエイプリルは、発砲事件が起きた地下鉄に向かい、フット軍団に捕らえられてしまう。
ホームに連れて行かれたエイプリルは、その光景を携帯電話で撮影しようとするものの、カライに銃を向けられる。
敵を誘き寄せようとしていたカライらは、電気が消えた直後に現れた何者かに襲われる。
何者かが地上に向かいビルを上ったと考えたエイプリルは、それを追う。
屋上に向かったエイプリルは、フット軍団を襲った4人を確認して携帯電話で撮影する。
それに気づいた4人はエイプリルを捕え、彼女は言葉を話すカメに驚きながら、カメラを渡すことを要求されて気を失ってしまう。
レオナルド（ピート・プロゼック）、ラファエロ（アラン・リッチソン）、ミケランジェロ（ノエル・フィッシャー）、ドナテロ（ジェレミー・ハワード）のミュータント・ニンジャ・タートルズ4兄弟の前で目覚めたエイプリルは、携帯電話のデータは消されてしまう。
レオナルドから、自分達のことは話すなと言われたエイプリルは、去って行く4人の姿を撮影する。
4人の名前に聞き覚えのあったエイプリルは、アパートに戻り父が研究していた”ルネッサンス計画”のノートをチェックし、コンテナに書かれたものと同じ文字を見つける。
1999年の子供時代に父の研究を撮影した際のビデオを確認したエイプリルは、サックスにインタビューした映像も懐かしく思う。
ネズミのスプリンターと共に映る、カメのレオナルド、ラファエロ、ミケランジェロ、ドナテロの甲羅には、タートルズがそれぞれつけていたマスクと同じ色が張られていた。
正義の味方であるタートルズのことを、自分は昔から知っていたと言って興奮するエイプリルは、自分が飼っていたカメにルネッサンス期の芸術家の名前を付けたことテイラーに伝える。
エイプリルの様子がおかしいため、母親に電話をしたテイラーは、家に帰りたいことを伝える。
地下に戻ったレオナルドらは、師匠のスプリンター（ピーター・D・バダレメンティ/トニー・シャルーブ：声）から、禁じていた地上に向かったことを責められ、”ハシ”（仕置き）に向かうよう指示される。
翌日、独自の調査を始めたエイプリルはバーナデットを呼び、4人組の正義の味方を見たと伝える。
身長183cmのカメと、至る所で発見された例の文字は日本語で、”家族”を意味することをバーナデットに話したエイプリルは、父の研究所でカメが生まれたか、作られたか突然変異だったと伝えるものの、信じてもらえるはずがなかった。
ヒーローの正体はカメだと言うエイプリルに、ニューヨークを守っている、183cmの言葉を話すカメを目撃した者は他にいないことを確認したバーナデットは、彼女を解雇する。
局を去ろうとしたエイプリルはヴァーンから声をかけられ、休養を取るべきだと言われる。
諦める気のないエイプリルを車に乗せたヴァーンは、サックスから話を聞きたいと言われる。
”ハシ”に耐える4人の様子を見守るスプリンターは。ミケランジェロを好物のピザで誘惑し、地下鉄のホームで人質を助けた際、エイプリルに写真を撮られたことを白状させる。
データを消したことは問題ではなく、エイプリルの身が危険だと言うスプリンターは、彼女を捜してくるよう4人に命ずる。
大富豪であるサックスの広大な屋敷を訪ねたエイプリルは、彼に歓迎される。
フット軍団と戦っている4人組がいると話すエイプリルは、生みの親は父とあなただとサックスに伝える。
ルネッサンス計画のことを教えてほしいと言われたサックスは、研究所の火災ですべて燃えてしまったので、計画が存在していると考える彼女に、あり得ないと伝える。
4人組の写真を見たサックスは信じらせず、計画のことを知りたがるエイプリルに話し始める。
沖縄の米軍基地で生まれたサックスは、父親はベトナム戦争で戦死した。
古来の日本の言い伝えを再現して万能薬の”ミュータジェン”を作ったと話すサックスは、細胞の自己修復能力を活性化させるものだとエイプリルに伝える。
その目的を訊かれたサックスは、ニューヨークが化学兵器で攻撃されてもミュータジェンで解決できると伝え、実験対象だったカメ達の血液中に流れているのが、現存する最後のミュータジェンだと話す。
カメは火事で死に計画は潰れたと思ったサックスに、なぜカメが生きているのかと訊かれたエイプリルは、自分が助けたと答える。
ミュータジェンは自分達の想像を絶するパワーを秘めていると話すサックスは、協力して4人組を捜そうと言ってエイプリルに名刺を渡す。
アパートに戻ったエイプリルは、パソコンをドナテロにハッキングされて、指定された場所に向かう。
タートルズに捕らえられて地下に向かったエイプリルは、かつてカメと共に助けたスプリンターと再会して、何が起きたのかを考えながら動揺する。
フット軍団の一員だったサックスはシュレッダーに会い、かつての研究対象の実験体が生きていたことを知らせる。
4人組を捕えれば念願の実験が実行できると言うサックスは、彼らを捜すことを指示され、エイプリルが直に教えるはずだとシュレッダーに伝える。
”運命の日”のことを話すスプリンターは、サックスと言い争いをしたエイプリルの父が、シュレッダーの計画を葬るために、自らの命と共に実験室に火を放ったことを彼女に伝える。
炎の中で怯えていた時に、エイプリルが現れてレオナルドらと共に逃がしてくれたことを、スプリンターはエイプリルに話す。
エイプリルに感謝したスプリンターは、下水道をさ迷っていた際に、ミュータジェンが自分達の血中で反応して、劇的な変化により今の体になったことを伝える。
スプリンターは、エイプリルの父親から教えられた愛情をレオナルドらに注ぎ、彼らの親になったのだった。
厳しい地上の世界に対応するため、スプリンターは忍術を習得して、それをレオナルドらに教えた。
そして、成長して正義の味方となったタートルズが存在するのは、ふり絞ってくれた勇気のお陰だと、スプリンターはエイプリルに伝える。
エイプリルこそが自分達の”保護者”だと思うタートルズは、彼女に敬意を表して一礼をする。
その頃サックスは、次世代の鎧をシュレッダーに見せる。
自分達の存在を誰かに話したかをエイプリルに尋ねたスプリンターは、サックス以外は誰も信じてくれないと答える。
サックスは味方ではないと言うスプリンターは、彼の心はシュレッダーに支配されていることをエイプリルに伝える。
日本でサックスを育てたシュレッダーは父親も同然で、彼のためならサックスは何でもすると話すスプリンターは、ラファエロから、二人を叩きのめせばいいと言われる。
シュレッダーが簡単に倒せる相手ではないと言うスプリンターは、彼らの狙いは血中のミュータジェンで、存在を知られてしまったため戦いを仕掛けてくれると考える。
侵入者に気づいたスプリンターとタートルズは対抗し、レオナルドはミケランジェロにエイプリルを任せる。
鎧を身に着けたシュレッダーが現れ、剣を交えたスプリンターは叩きのめされ、エイプリルが加勢しようとするものの無駄だった。
スプリンターを殺すと言って脅したシュレッダーは、レオナルドらに武器を捨てさせて捕らえ、ラファエロが死んだことを知り、この場を爆破するよう命ずる。
レオナルドらはトラックに乗せられ、無事だったラファエロは、エイプリルと共にスプリンターを助ける。
カライから献体の確保を知らされたサックスは、レオナルドらの血液を抜き取る準備をする。
スプリンターから兄弟を救うようにと指示されたラファエロは、ドナテロの発信する信号に気づく。
武器を手にしたラファエロと共に、レオナルドらが連れて行かれたサックス邸に向かおうとしたエイプリルは、ヴァーンに連絡する。
エイプリルからサックス邸に向かうよう指示されたヴァーンは、バンに乗っていたラファエロに驚き車を出す。
レオナルドらに解毒剤を作る目的を話すサックスは、シュレッダーがサックス・タワーから猛毒を街に散布し、ニューヨークは隔離地域となり、ミュータジェンから作った解毒剤を提供して自分が救うことを伝える。
政府は莫大な金額を払うと言うサックスは、シュレッダーのパワーで街は支配され、自分達は神となる計画を話す。
バンで門を突き破り敷地内に入るようヴァーンに指示したラファエロは、血液を抜き取られているレオナルドらを助けようとする。
ラファエロは現れたシュレッダーに立ち向かい、エイプリルは、ドナテロからアドレナリンを注入するようにと言われる。
パワーが戻ったレオナルドらは拘束を逃れ、シュレッダーに叩きのめされたラファエロを助ける。
ヘリでマンハッタンに向かったシュレッダーらを追うタートルズは、敵を倒してトラックを奪い、エイプリルとヴァーンと共にその場から脱出する。
追ってきたカライらのロケット弾攻撃を受けたトラックは、街道から外れて山を滑り落ちる。
カライらを倒したタートルズは、崖から落ちる寸前でエイプリルとヴァーンを助ける。
タワーに着いたシュレッダーとサックスは、毒を散布する準備を始める。
下水道を通りサックス・タワーに着いたエイプリルは、レオナルドから、サックスを捜してミュータジェンを取り戻しスプリンターの元に向かうよう指示される。
タワーの屋上のシュレッダーは、毒ガス拡散システムを始動させようとするものの、そこにタートルズが現れる。
タートルズとシュレッダーの戦いは始り、地上には警察が駆け付けて周辺を封鎖する。
ヴァーンと研究室に向かったエイプリルは、その場にいたサックスから発砲され、彼が父を殺したことを知る。
エイプリルとヴァーンは、隙を見てサックスに襲い掛かり叩きのめす。
毒ガスの散布が迫り、協力し合ったタートルズはシュレッダーを屋上から突き落とす。
銃弾を受けたヴァーンは、ミュータジェンを運び出すようエイプリルに指示する。
屋上に戻ったシュレッダーの抵抗に遭いながら、ドナテロが寸前で装置を停止する。
電波塔を倒そうとしたシュレッダーは、それを支えるタートルズを痛めつけようとするが、ミュータジェンを持ったエイプリルが現れる。
その時、電波塔が隣のビルに倒れ、エイプリルがそれにしがみつく。
落下したエイプリルをタートルズが助け、シュレッダーを突き落とす。
電波塔は落下するものの、タートルズとエイプリルは助かる。
息があったシュレッダーは、ミュータジェンに触れて地下に姿を消す。
ミュータジェンによりスプリンターは回復し、タートルズから未熟だったと言われた彼は、自由にさせなかった自分こそ未熟だったと伝える。
本当に必要なのは互いを信頼する気持ちの中にあったと言うスプリンターの言葉に、タートルズは納得する。
ヴァーンに呼び出されたエイプリルは、現れたタートルズが、秘密を守ってくれたお礼を言いに来たことを知る。
それが”家族”だと言われたタートルズは、自慢の車の装置を試し、ミケランジェロが誤ってロケット弾を発射してしまい、ヴァーンが局から支給された車を大破させてしまう。
地下鉄で帰ると言うエイプリルとヴァーンを残し、タートルズは、お気に入りの曲をかけて歌いながらその場を去る。
