原稿を読んだオギルヴィーから、幽霊ものではなく恋愛小説を書くようにと提案されたイーディスは、それに納得いかないことを父カーターに伝える。
カーターからペンを送られたイーディスだったが、執筆者が女性だと知られないために、タイプを貸してほしいことを父に伝える。
会社でタイプを打っていたイーディスは、カーターを訪ねて来たイギリス人準男爵トーマス・シャープ（トム・ヒドルストン）から、その場にあった自分の原稿が素晴らしい内容だと言われる。
自分が書いたと伝えたイーディスは、トーマスが幽霊に興味があることを知り、故郷では、皆がそれを信じているということだった。
そこにカーターが現れ、トーマスは、発明した粘土掘削機への投資を求める。
しかし、模型しか確認できないことと、トーマスが他でも資金集めに失敗していることなどから、カーターは今回の件に興味を示さない。
全てを懸けていると言って時間が欲しいことを伝えたトーマスだったが、カーターは彼を信用できず、それをイーディスにも伝える。
その夜、マクマイケル家の舞踏会のため、迎えに来たアランと共に出かけたカーターを見送ったイーディスは、気になる存在となったトーマスのことを考えていた。
カーターが忘れ物で戻って来たと思ったイーディスは、再び現れた母の幽霊から、”クリムゾン・ピークに気を付けるように”と言われて動揺する。
そこに現れたトーマスは、気分がすぐれないと言うイーディスと話し、招待されたマクマイケル家の舞踏会に彼女を誘う。
マクマイケル家に着いたイーディスは、アランをトーマスに紹介する。
トーマスから、姉のルシール（ジェシカ・チャステイン）を紹介されたイーディスは、招待を受けていないことでマクマイケル夫人（レスリー・ホープ）に謝罪する。
本場ヨーロッパのワルツを披露することになったトーマスは、イーディスを相手に選び優雅に踊る。
翌日、情報屋のホリー（バーン・ゴーマン）を雇ったカーターは、トーマスと姉についてを調べさせる。
アランの診療所を訪ねたイーディスは、トーマスとは慎重に付き合うようにと助言される。
大金を手に入れる計画を進めていたトーマスとルシールは、次の段階に入る。
カーターは、ホリーから情報を受け取る。
カッシング家の晩餐会に招待されたトーマスは、ルシールの指輪を利用してイーディスに言い寄ろうとするが、カーターから話があると言われる。
トーマスとルシールに、自分が嫌っている理由となる決定的証拠を突きつけたカーターは、二人に小切手を渡して、ニューヨーク行きの汽車に乗るよう伝える。
その前に、今晩の晩餐会で、イーディスを徹底的に傷つけることを、カーターはトーマスに指示する。
食事の席で挨拶をしたトーマスは帰国することを話し、ショックを受けて席を立ったイーディスを追った彼は、借りていた小説の原稿は感想を添えて返すと伝える。
今、感想を知りたいかを尋ねたトーマスは、その内容を批判して、恋愛ものを書くのは止めるよう助言する。
気分を害したイーディスは、トーマスの頬を殴り、その場を去る。
翌朝、クラブで朝食をとる準備をしていたカーターは、洗面所に現れた何者かに殺害される。
トーマスから届いた原稿に添えられていた手紙を読んだイーディスは、昨夜の彼の言葉は、自分を相応しくない相手だと判断したカーターから指示されて言ったことだと知る。
ホテルに向かったイーディスだったが、トーマスは去った後だった。
その場に現れたトーマスは、カーターから金を受け取ったルシールは発ったが、自分は去ることができないと言ってイーディスに愛を伝える。
父カーターが亡くなったことを知らされたイーディスは、遺体安置所に向い、現れたアランが主治医だと言って確認しようとする。
法的義務だと顧問弁護士のファーガソン（ブルース・グレイ）に言われたイーディスは、父の死を確認する。
カーターの死因が、滑って頭を洗面台で打ったと言われたアランは、その傷を調べる。
イーディスはそれを制止し、ずっと傍にいると言ってトーマスが彼女に寄り添う。
カーターの葬儀は行われ、トーマスに抱き寄せられるイーディスの指には、ルシールの指輪がはめられていた。
イングランド、カンバーランド、アラデール・ホール。
妻イーディスを伴い、代々受け継がれた傷んだ屋敷に向かったトーマスは、そこを修復することを伝える。
女性を見かけたような気がしたイーディスは、戻っていたルシールと再会する。
屋敷の鍵を渡してほしいとルシールに伝えたイーディスだったが、慣れるまでは必要ないと言われてしまう。
ルシールから、イーディスが相続した財産を手に入れたのかと訊かれたトーマスは、まだだと答える。
入浴していたイーディスは、何かを感じるものの気のせいだと思う。
＊幽霊がイーディスに近づく。
その後、ルシールと親交を深めようとしたイーディスは、彼女から、巨大な肖像画に描かれている母親ベアトリスの話などを聞く。
バッファロー。
結婚した直後に、イーディスとトーマスが屋敷を早々に引き払い、家財を処分したことを疑問に思うアランは、カーターが最後に切った3000ドルの小切手に気づく。
受取人がトーマスであることが気になったアランは、カーターの死亡現場を調べる。
その後、屋敷の生活にも慣れて来たルシールは、ある夜、咳込んで目覚め、吐血していることに気づく。
屋敷内を見て回ったイーディスは、クローゼットの中のシリンダー・レコードを見つける。
その後イーディスは、廊下から這い出した幽霊を目撃し、倉庫で”エノーラ”と刻印された箱を見つける。
粘土掘削機のテストをするトーマスは、その性能を確かめる。
屋敷で暴力を受けて亡くなった人物がいるかをイーディスから訊かれたトーマスは、掘削機の試運転中で忙しいことを伝える。
手に怪我をしてしまったトーマスはイーディスに手当てをしてもらい、”クリムゾン・ピーク”になる前に掘削機を完成させなければと彼女に話す。
”クリムゾン・ピーク/深紅の丘”という言葉について尋ねたイーディスは、露出した赤い粘土が一面の雪を赤く染めるためにそう呼ぶことを知らせる。
カーターの弁護士ファーガソンから、全財産を送金するよう連絡があったと言われたアランは、カーターの死因の傷が気になることを伝える。
最後に切った小切手もトーマスに渡ったとアランに言われたファーガソンは、カーターが、死の直前にホリーという男を雇っていたことを伝え、彼が何か知っているとしたら話は違ってくると付け加える。
幽霊が出る夢を見て目覚めたイーディスは、浴槽にいたベアトリスの幽霊（ダグ・ジョーンズ）から、屋敷から出て行くようにと言われる。
トーマスを呼び動揺しながらそれを伝えたイーディスだったが、彼やルシールは幻覚だと言って信じようとしない。
動揺するルシールは、今すぐ屋敷を出たい気持ちを伝えるが、問題ないと言うルシールは彼女を落ち着かせる。
イーディスが母ベアトリスのことをどうして知ったのか疑問に思うルシールは、自分は何も話していないとトーマスに言われる。
明日、郵便局に行く際に外出させて気分転換をさせると言うトーマスの話を聞いたルシールは、最後の書類にサインさせた後でイーディスを始末するよう指示する。
翌日、トーマスと共に郵便局に向かったイーディスは、ファーガソンからの手紙と、イタリアのミラノからの手紙を受け取る。
何かの間違えだと思いながら手紙を受け取ったイーディスは、吹雪になりそうなため町に泊まることにする。
ホリーに、”アラデール・ホール”のことを調べさせたアランは、その場で起きた惨殺事件の新聞を見せられる。
カーターに渡した役所の書類で、トーマスが既婚者だったことも分かったので、その時は結婚を防ぐことができたことを、アランはホリーから知らされる。
ベッドに入ったイーディスは、自分には屋敷しかないと言うトーマスに、ロンドンやパリ、そしてミラノなどどこでも暮らせると伝える。
イタリアに行ったことがあるか尋ねられたトーマスは、一度だけあると答える。
二人は激しく愛し合い、翌朝、アラデール・ホールに戻る。
心配していたルシールは苛立ちながら、イーディスが受け取って来たアメリカからの手紙に気づく。
気分が悪くなったと言うイーディスは、ルシールがお茶を入れる間に、”エノーラ”の箱の鍵を奪う。
ファーガソンからの手紙を読んだイーディスは、最初の送金が済んだことを知り、残りを送金するには同封の書類にサインが必要だということだった。
サインをする前にミラノからの手紙を読んだイーディスは、それがエノーラ宛だったことを知り、彼女の箱を開けようとする。
トーマスは、届いた部品を使って掘削機を完成させる。
箱の中から三つの封筒を見つけたイーディスは、ミラノの”エノーラ・ショッティ”、エジンバラの”マーガレット・マクダーモット”、ロンドンの”パメラ・アプトン”の名前を確認する。
それらが、父カーターが、トーマスの資金集めに失敗したことを追及した際にでた地名だったことを思い出したイーディスは、粘土のタンクが気になり、棒でかき混ぜて見るものの何もなかった。
イーディスが去った後で、白骨死体が浮かび上がる。
トーマスから掘削機が完成したことを知らされたルシールは、エノーラの鍵がなくなっていることに気づく。
封筒を持ち出して部屋に戻ろうとしたイーディスは、ルシールに声をかけられる。
ソファの下に封筒を隠したイーディスは、現れたルシールに気分が悪いので水が飲みたいと伝える。
ルシールが鍵の束を置いて行ったためにエノーラの鍵を戻したイーディスは、手紙が、送金に必要なサインが必要だという内容だったことを伝える。
イーディスに水を渡したルシールは、鍵を持ってその場を去り、エノーラの鍵が戻っていることを確認する。
シリンダー・レコードの録音と封筒の中身をチェックしたイーディスは、これを聴いた者に助けを求める内容に驚く。
録音の声が咳込んでいることに気づいたイーディスは、自分も吐血したために動揺して、屋敷の外に出る。
外が吹雪だったために屋敷内に戻ったイーディスは意識を失い、翌朝、ベッドの上で目覚める。
食事を運び介抱しようとするルシールを警戒するイーディスは、車いすを用意して現れたトーマスから、お茶を飲んではいけないと言われる。
その後、イーディスが全て気がついているとトーマスに伝えたルシールは、食べさせた食事にも毒を入れたことを知らせる。
最終手段をとる考えを捨てないルシールは、警察への通報を恐れていることと、自分達は永遠に一緒だということを確認する。
現地に到着したアランは、吹雪の中、徒歩で”アラデール・ホール”に向かう。
再び吐血したイーディスは、屋敷内を車いすで移動し、エノーラ（ハビエル・ボテット）と子供の幽霊に指示された場所に向う。
ルシールとトーマスが抱き合っている姿を見てしまったイーディスは動揺する。
イーディスを追ったルシールは、彼女をホールに突き落とす。
翌朝、目覚めたイーディスは、アランの治療を受けていることに気づき、足を骨折したと言われる。
イーディスが突然、取り乱して落下したと、ルシールは話す。
”クリムゾン・ピークに気を付けるように”と母が教えてくれたことを、イーディスはアランに話す。
ルシールとトーマスを警戒するアランは、イーディスと二人きりにしてほしいと伝える。
アランは、連れ戻しに来たことをイーディスに伝え、ここを出ると言って彼女を励ます。
ルシールは、トーマスにアランを始末させようとする。
屋敷を出ようとするアランから、イーディスを入院させる必要があると言われたルシールは、その必要はないと伝える。
毒を盛ったことをルシールに確かめようとしたアランは、ベアトリス・シャープが浴槽で殺された事件を伝える新聞記事をイーディスに見せる。
二人の子供トーマスとルシールが残されたことを話すアランは、トーマスがパメラ、マーガレット、エノーラと結婚していたことをイーディスに知らせる。
誤解だというトーマスの言葉を遮りイーディスを連れて行くと言うアランだったが、ルシールに脇の下を刺されてしまう。
止めを刺すようルシールに言われたトーマスは、医者であるアランに、致命傷にならない場所を刺すことを伝える。
イーディスは、アランを刺したトーマスを非難する。
アランを地下に連れて行ったトーマスは、書類にサインしたらイーディスが殺されることを伝える。
イーディスをこの場に連れて来ると言うトーマスは、坑道つたいに外に出られることをアランに教える。
子供がエノーラの子ではなく、自分の子だと話すルシールは、金とトーマスへの愛のためにしたことだとイーディスに伝える。
サインを強要されたイーディスは仕方なくそれに従い、父もルシールが殺したことを知らされる。
父から贈られたペンでルシールを刺したイーディスはその場から逃れ、現れたトーマスを非難する。
アランが生きていることを知らせたトーマスは、愛は偽りではないことをイーディスに伝える。
書類を始末してくると言ってルシールの元に向かったトーマスは、それを燃やしてしまう。
過去を捨てて出直そうと言ってルシールを説得するトーマスは、イーディスを愛してしまったことを伝える。
嫉妬したルシールは、トーマスの体と顔面を刺してしまい、彼は息を引き取る。
取り乱したルシールは、イーディスを追い襲い掛かる。
抵抗したイーディスはエレベーターで地下に向い、アランと共に身を潜める。
その場に現れたルシールは、床に隠してあった大ナタを取り出し、ナイフを手にしたイーディスと相対する。
外に出たイーディスを追ったルシールは、彼女に襲いかかるものの、背後にトーマスの幽霊がいると言われる。
振り向いたルシールは、イーディスにスコップで殴り殺される。
イーディスはトーマスの幽霊に触れるものの、彼は消え去る。
その後、イーディスとアランは屋敷を離れ、”アラデール・ホール”に村人が現れる。
