その場には体調が悪そうなグリーア、補佐官ジェームズ・カッター（ハリス・ユーリン）、CIA作戦担当副長官ロバート・リッター（ヘンリー・ツェニー）らが顔を揃え、大統領の友人であるハーディンとその家族が、殺害された後に海に捨てられたことが報告される。
麻薬密輸組織の一員だった乗組員二人は拘留され、コロンビアのボゴタで逮捕歴があり、”カリ・カルテル”が背後にあると考えるのが妥当だとライアンは語る。
リッターは海賊だと主張するが、ハーディンは自分の友人だったと言う大統領は口を慎むよう意見する。
会議は終わり、執務室を出たリッターに失言を注意したカッターは、大統領に呼び戻される。
大統領は、麻薬カルテル及びその活動は、我が国にとって”明確な目前の危機”だとカッターに伝え、対処するよう命ずる。
コロンビア、カリ（サンティアゴ・デ・カリ）。
カリ・カルテルの参謀でキューバ情報部に所属していたフェリックス・コルテズ（ジョアキム・デ・アルメイダ）は、ボスのエルネスト・エスコベド（ミゲル・サンドバル）に会う。
自分の金を奪ったと言うエスコベトが、ハーディンの家族まで殺害したことの影響を話すコルテズは、彼がアメリカ大統領の友人だったことを伝える。
それを気にしないエスコベトだったが、コルテズは、自分の意見を聞かずに、勝手な真似をし続けると命取りになると言って忠告する。
グリーアからの連絡を受けたライアンは、病院に向う。
体調不良だったグリーアが進行性の膵臓癌であることを知ったライアンは、副長官代行を任され報告するよう指示される。
ライアンとリッターは、上司ムーア（ディーン・ジョーンズ）から、大統領命令であるハーディンの件を進めるよう命ぜられる。
カッターの元に向かったリッターは、今回の件に関する大統領の承認書を求める。
それは存在しないと答えたカッターは、書類がなければ動かないと言われたために、”カリ・カルテル”撲滅のための”相互理解作戦”の承認書を作成してリッターに渡す。
パナマ、パナマシティ。
元”Navy Seals”でCIA工作員のジョン・クラーク（ウィレム・デフォー）に会ったリッターは、”相互理解作戦”が、議会が承認していない危険な作戦であるため、報酬が口座に振り込まれなければ動かないと言われる。
クラークは、通信衛星回線とスペイン語が話せる特殊訓練を受けた兵士を12名用意するようリッターに要求する。
ワシントンD.C.、ダレス国際空港。
コルテズは、トラクターの製造販売の業者を装いビジネス目的ということで、”ロベルト・ランダ”の偽名で入国する。
情報源として接触していた、親密な関係でもあるFBI長官秘書のモイラ・ウォルフソン（アン・マグナソン）に迎えられたコルテズは、レストランに向かう。
テーブルが空くのを待っていたコルテズは、モイラが誰かに合図したために、その場を去ろうとして外に出てタクシーを拾おうとする。
モイラに近づいたライアンの妻キャシー（アン・アーチャー）は、外に出たのが、ラテン系の新しい”友達”だと言われ、簡単な会話を交わして彼の元に向かう。
DEA（麻薬取締局）捜査官やFBIのダン・マレー（ティム・グリム）と話し合ったライアンは、ハーディンの殺害の理由を探ろうとする。
ライアンとマレーは、ハーディンに関する暗号データの解析を分析官のピーティ（グレッグ・ジャーマン）に指示する。
分析に長時間かかると思ったライアンとマレーだったが、ピーティは即座にパスワードを見つけて内容を知らせ、ハーディンの資産を調べる。
FBI本部。
ライアンは、モイラも同席する会議で、エミール・ジェイコブス長官（トム・タミ）に、ハーディンに関しての調査報告をする。
ホワイトハウス。
ハーディンがエスコベトの資金6億5000万ドルの資金洗浄を行っていたことを、ライアンは大統領に伝える。
旧友であるハーディンが行った行為とは思えない大統領はスキャンダルを恐れ、下手に細工しても、事態は収まる段階ではないことをライアンから助言される。
カリフォルニア州、フォート・ハンター・リゲット。
クラークは、ラミレス大尉（ベンジャミン・ブラット）と共に、陸軍特殊部隊員の優秀な狙撃兵ドミンゴ・チャヴェス（レイモンド・クルス）をスカウトする。
委員会に呼ばれたライアンは、委員長のメイヨー上院議員（ホープ・ラング）から、麻薬組織撲滅のための資金援助についての質問を受ける。
メイヨーから、その資金と共に軍を送り込まないと誓えるかを問われたライアンは、誓えると答える。
クラーク率いる部隊の作戦は展開され、彼らはコロンビアに向かい、それがリッターからカッターに知らされる。
ホワイトハウス。
6億5000万ドルを押収するよう大統領に指示されたライアンは、ハーディンとカルテルの関係は推測に過ぎず、金の流れが分からないまま押収はできないと答える。
それならば現地に行き確認するようにと大統領に言われたライアンは、コロンビアに向かうことになる。
それを病気が進行しているグリーアに伝えたライアンは、クラークを紹介され、リッターに警戒するよう忠告される。
その頃、ラミレスの部隊は、クラークの命令で麻薬輸送機を爆破する。
コロンビア、ボゴタ。
DEA捜査官ファウラー（ベリタ・モレノ）に迎えられたライアンは資料を渡され、エスコベトの情報係（コルテズ）の顔写真がないことを知る。
輸送機が破壊されたことを知ったエスコベトは、犯人を突き止めるようコルテズに命ずる。
コルテズは、エスコベトを陥れるチャンスだと考える。
クラークに会ったライアンは、ハーディンの金がカルテルから流れているた証拠がないことを伝える。
現役を退いたとはいえ陰で活動しているクラークに、グリーアからの紹介だとライアンは伝え、容態を聞かれ、悪性の癌だと答える。
ハーディンとエスコベトの関係は間違いないことを大統領に伝えたライアンは、表向きはまともなビジネスをしていたことを話す。
ハーディンが破格の値段でコーヒーの買い付けをしていたことと、コロンビア政府も例の金を狙っていることをライアンは大統領に伝える。
自分達の金だと言って譲らない大統領は、その場にいたジェイコブスFBI長官を現地に向かわせ、交渉させる考えをライアンに伝える。
山林地帯の地下の麻薬工場を発見したラミレスは、その場を爆破する。
現場を調べたエスコベトは苛立つだけだったが、コルテズは、その場に落ちていた薬莢がアメリカ軍の物だと気づく。
出張するジェイコブス長官は、モイラに休暇をとるよう指示する。
ベネズエラ、マイケティア。
モイラからの連絡を受けた架空のオフィスのオペレーターは、コルテズにつなぎ、二人は連絡を取り合う。
大統領記者会見が開かれ、司法省が進めていた調査で、麻薬収益の膨大な資金洗浄のための口座が見つかったことが発表される。
口座を差し押さえ、その金額が6億5000万ドルに達し、それに関わっていたアメリカの合併会社も摘発したという報道を、ライアンも確認する。
コルテズは、ジェイコブス長官の暗殺計画を指示してワシントンD.C.に向かい、モイラに連絡する。
コロンビア。
ジェイコブス長官はマレーらと共に特別機で到着し、大使とライアンに迎えられる。
長官らは、厳重に警備された車両3台で市街に向かう。
山荘に到着したコルテズは、待っていたモイラを殺害する。
針路をバスで妨害された長官らの車両は攻撃を受け、一台がロケット弾で大破する。
残りの二台も攻撃され、車から避難した長官を守ろうとしたマレーも死亡する。
意識を失っている長官を担いだライアンは、護衛官と共に車に戻る。
護衛官は射殺され、車に乗り何んとかその場から逃れたライアンは、ジェイコブス長官の死亡を確認する。
病院でライアンからの電話を受けたキャシーは、事件のニュースを見ながら、その現場にいた彼から、マレーの死を知らされる。
ライアンは、帰国することと愛をキャシーに伝える。
今回の件をカッターと話し合った大統領は、卑劣な手段に対して、国家に対する挑戦だと言い切る。
その後、外交交渉を無視した実力行使を、カッターはリッターに指示する。
長官襲撃に手を下していないと言うエスコベトに、実行犯に見せかけた仲間の犯行だとコルテズは伝える。
アリゾナ州、フォート・ワチュカ。
仲間を疑うエスコベトはそれを確かめようとするが、その通話は傍受されていた。
エスコベトが電話を切った後、コルテズはその相手に、エスコベトが動揺していることを伝える。
ジェイコブス長官とマレーらの遺体と共に帰国したライアンは、キャシーに迎えられる。
長官とモイラが同じ日に殺されたことを不思議に思うキャシーは、それを聞いて驚くライアンと共にモイラの家に向い、事件の担当刑事（レックス・リン）に話を聞く。
モイラがラテン系の男性といるのを目撃していたキャシーの話を聞いたライアンは、長官の死との関連性を考え、その男が犯人だと刑事に伝える。
キャシーは似顔絵を見て協力し、ベネズエラからモイラにかかってきた電話も切られていることで、ライアンは手掛かりを掴めない。
入国登録簿の偽名、盗難カード、犯人を見たが覚えていない目撃者などがいると刑事から言われたライアンは、電話のメッセージに男の声が残っていることに気づく。
電話のメーッセージとフォート・ワチュカで傍受された声を比較した声紋分析官（ヴォンディ・カーティス＝ホール）は、35～45歳のキューバ人で、アメリカ東部で教育を受けた同一人物だとライアンに伝える。
ライアンは、男の名前を洗い出すよう分析官に命ずる。
パナマ湾。
アメリカ海軍の空母から飛び立った戦闘機は、エスコベトが招集した会合場所に向かい、部隊と合流したクラークは、その場を監視する。
クラークは、ターゲットの攻撃を命じ、ロケット弾が戦闘機から発射される。
エスコベトとコルテズは遅れて現場に向い、クラークは、その場に子供がいることを確認する。
ターゲットは爆破され、現場に近づいていたエスコベトらは驚き、クラークは任務完了を戦闘機に伝える。
電話の男の名前が”フェリックス・コルテズ”であることが分かり、キューバ情報部の大佐で数年前に蒸発し、その後、プエルトリコのテロ組織に雇われ、”カリ・カルテル”の一員と話している会話を傍受したと、ライアンはファウラーに知らせる。
即刻逮捕するよう言われたファウラーだったが、それをコロンビア警察に依頼するのは自殺行為だとライアンに伝える。
その時、女性と子供を含むカルテルの幹部達を狙った爆破事件が起きたことが報道される。
車の一台が爆破されたということだったが、コルテズが巻き込まれたかは不明だった。
やり過ぎだと言うカッターに対し、実力行使しろとの命令だったと答えるリッターは、カルテルの内部抗争と思われると言い残してその場を去る。
事件の犠牲者の中に偽名の者がいないことを確認したライアンは、リッターが資料のコピーをとったことを知る。
衛星分析官（テッド・ライミ）に爆破現場についての意見を聞いたライアンは、爆弾の爆破ではないと言われる。
同じ頃、専門家に話を聞いたコルテズは、今回の爆破が、アメリカ軍が使用したセルロースのミサイル攻撃だった可能性を指摘される。
1991年度版の国際防衛目録など大量の資料を調べたライアンは、事件に使われたのが、セルロース外被のレーザー・ミサイルだと確信する。
コルテズも、アメリカ軍の攻撃による爆破だと考える。
アメリカ軍の不法攻撃の事実を知っているというファックスをカッターに送ったコルテズは、パナマ・シティのホテルでの話し合いを提案する。
偵察に向かったチャヴェスは麻薬製造施設に侵入し、100～150名の武装した傭兵が待機していることをラミレスに報告する。
作戦放棄を決めたラミレスは、チャヴェスに戻るよう伝える。
パナマ・シティ。
カッターに会ったコルテズは、FBI長官の事件は、自分の雇い主が黙って行ったことだと話し、エスコベトが片付き次第、協力することを伝える。
麻薬の流れを調整し、業者の逮捕にも協力することを約束したコルテズは、アメリカの勝利宣言に終わると言って、送り込んだ兵士を排除するという条件を出す。
カッターは、部隊の位置を知らせて衛星回線を切るよう、コルテズに指示される。
二人の話し合いを盗聴したDEAからの情報を受け取ったライアンは、それをグリーアに知らせる。
ベッドから起き上がれなくなっていたグリーアは、大統領の雇い主である国民への誓いを全うし、使命を果たすようにとライアンに伝える。
ホワイトハウス。
コロンビア問題は一定の評価を得たことを大統領に伝えたカッターは、FBI長官の暗殺と爆破事件をマスコミが関連付けると言って、本件を葬り去ることを提案して受け入れられる。
リッターのパソコンに侵入する方法を考えるようライアンに指示されたピーティは、難題ではあったが張り切る。
ピーティの作ったプログラムでリッターのパソコンにアクセスしたライアンは、”相互協力作戦”の項目を調べる。
ライアンは、リッターがシステムを切ってからアクセスするようにとピーティから電話で指示されるものの、既に手遅れだった。
部隊が作戦行動を実行していることを知ったライアンだったが、リッターは、それに気づかずにデータを消去していた。
作戦行動がカッターからの指示だと知ったライアンは、リッターに電話をして気をそらせ、国家の安全保障に対する脅威と戦う部隊が展開しているという、データの内容を確認する。
ライアンがシステムにアクセスしていることに気づいたリッターは、それが重犯罪だと伝える。
リッターは次々とデータを消去するが、ライアンはクラークが絡んでいる項目をプリントする。
それを手にしたライアンは、現れたリッターに懲役刑だと伝え、単なる紙切れだと言う彼に、法を犯したことを追及する。
委員会で資金を得たライアンも同類だと言うリッターは、兵は送らないと誓ったはずだと言われる。
記憶にないで通せと言われたライアンは、カッターがその”上”から指示を受けたことを知り、道連れだと伝えてその場を去ろうとする。
自分には逃げ道があると言うリッターは、大統領が自分に対し”相互協力作戦”実施を承認した、カッターの署名入りの書面を読み上げてライアンに見せる。
自分には同じようなものはないと言われたライアンは、何も答えずにその場を去る。
帰宅したライアンは、この状況から逃れる方法がないかをキャシーに問い、思いつかないと言われる。
そこに、グリーアが亡くなったという連絡が入り、ライアンとキャシーは悲しむ。
グリーアの葬儀は行われ、参列した大統領により、彼の功績が称えられる。
ヘリコプターで山岳地帯に向かったコルテズは、アメリカ軍部隊の場所を傭兵達に知らせて攻撃を開始させる。
衛星回線を切られたクラークは、部隊との連絡が途絶えてしまう。
葬儀を終えたライアンはファウラーからの連絡を受け、派遣部隊が攻撃を受けながら救援を求めている、傍受した無線を聴かされる。
ライアンは、そのコピーを10本録り送るようファウラーに指示する。
部隊に戻ろうとしたチャヴェスは、ラミレスともう一人が捕虜に捕られ、他の隊員は殺されたことを知る。
クラークに電話をしたリッターは、ライアンに全てがバレたために衛星回線を切ったことを伝える。
作戦中止と議会に知られると言われたクラークは、救出ヘリの出動もできないため、それをライアンのせいにする。
電話を代わったカッターは、ライアンが現地に向かったと言って、彼が消えれば作戦再開だとクラークに伝える。
コロンビア。
空港に到着したライアンを待ち構えて銃を向けたクラークは、彼に車を運転させてその場を離れる。
クラークからの電話を受けたリッターは、ライアンを始末したことを知らされ、作戦を再開するよう言われる。
実はライアンを拘束したままだったクラークは、兵士の救出に来たと言う彼から必要なものを聞かれ、ヘリだと答える。
あるバーに向かったクラークは、酔い潰れていたパイロット（トム・バウアー）を連れ帰る。
CIA副長官代行の名刺を見せたライアンは、業者から200万ドルのヘリを買い取る。
搭乗したライアンに降りるよう指示したクラークだったが、自分が手に入れたヘリだと言って請求書を見せる。
パイロットに谷間に向かわせたクラークは、川に横たわっている兵士の死体を確認して着陸させる。
ライアンと共に徒歩で目的地に向かったクラークは、現れたチャヴェスに非難される。
それを制止したライアンは、クラークではなく自分の責任だとチャヴェスに伝えて落ち着かせ、三人は兵士の死体を埋葬する。
戦闘の状況や、ラミレスらが捕虜になったことをチャヴェスから聞いたライアンとクラークは、ラミレスらを捜そうとする。
エスコベトに会うしかないと考えたライアンは、彼の屋敷に向い、入り口の護衛に名刺を見せて中に通される。
クラークとチャヴェスは、離れた場所からライアンを監視する。
エスコベトに会ったライアンは、消息を絶った友人を捜していると言って、ハーディンの名前を出し、6億5000万ドルの借金があるという話をして探りを入れる。
その借金の取り立てに手を貸すのではなく、取引をすると言うライアンは、コルテズが裏切り、カルテルを乗っ取る考えであることをエスコベトに伝える。
ライアンが持参したテープレコーダーを聴いたエスコベトは納得し、二人はコルテズの元に向かう。
カッターとの会話を録音したテープを聞かされたコルテズは、エスコベトにバットで殴り殺されそうになる。
押入って来たコルテズの部下がエスコベトを射殺し、ライアンも殺されそうになるが、チャヴェスが男を狙撃する。
ライアンと格闘になったコルテズはその場から逃れ、クラークが現れる。
コルテズは、アメリカ人がボスを殺したことを部下に伝え、出口を封鎖させてライアンとクラークを捜す。
ラミレスと部下を救出したライアンとクラークは、チャヴェスと合流してその場から逃れてヘリを待つ。
クラークらを逃がしたライアンは、追ってきたコルテズを誘き寄せて叩きのめす。
到着したヘリに乗ったクラークは、屋根から脱出したライアンを救おうとする。
ヘリに飛び移りしがみついたライアンを銃撃しようとしたコルテズは、チャヴェスに射殺される。
ヘリに引き上げられたライアンは、クラークとチャヴェスに感謝する。
ワシントンD.C.、ホワイトハウス。
カッターとリッターが出てきた後、ライアンは執務室に呼ばれる。
自分の知らないところであることが行われていたと言う大統領は、誰の責任で、どう対処すべきか考える必要があるとライアンに伝える。
責任を逃れようとする大統領の意見を聞こうとしないライアンは、兵士や罪もない人間が死んだ重要性を語る。
自分に説教する気かと大統領に言われたライアンは、上院委員会に報告することを伝える。
そうはさせないと言う大統領に条件を突きつけられたライアンは、これ以上、話はないと伝えて去ろうとする。
カッターとリッターは免職として、自分が責任をとれと言われたライアンは、グリーアにも責任を負わせて解決させるつもりの、大統領の考えを受け入れることなく立ち去る。
カッターに話し合いを求められたライアンは、何も語らずにその場を去る。
絶望するカッターは、執務室に向かう廊下の椅子に座り項垂れる。
上院委員会。
キャシーと共に現れたライアンは、信実以外の何事も述べないことを誓う。
