エリックは現在でも指名手配中だと話す教師は、目の具合がおかしいと言うスコット・サマーズ（タイ・シェリダン）に、校長室で理由の説明をするよう指示する。
トイレで目の異常を確認したスコットは、からかいに来たクラスメイトに対して目から光線（オプティック・ブラスト）発し、その場を破壊してしまう。
東ベルリン。
ファイトクラブに現れたレイヴンは、背中に翼が生えたミュータントのエンジェル（ベン・ハーディ）と戦う、瞬間移動ができるカート・ワグナー/ナイトクローラー（コディ・スミット＝マクフィー）を救い出す。
ポーランド、プルシュクフ。
工場労働者として働き潜伏していたエリックは、妻マグダと娘ニーナと共に郊外で静かに暮らしていた。
弟のスコットを連れたミュータントのアレックス（ルーカス・ティル）は、Xマンション/”恵まれし子らの学園”に向かう。
ジーン・グレイ/フェニックス（ソフィー・ターナー）とぶつかった目隠しをしていたスコットは、彼女とテレパシーで通じ合い互いに牽制する。
ハンク・マッコイ/ビースト（ニコラス・ホルト）と再会したアレックスは、弟のスコットを紹介しプロフェッサーの元に向かう。
授業をしていたチャールズ・エグゼビア/プロフェッサーX（ジェームズ・マカヴォイ）は、アレックスとスコットを歓迎する。
庭に出て、この場で学ぶ意義を語ったエグゼビアは、スコットの能力を試し、大木を真っ二つにしたそのパワーを確認して入学を認める。
エジプト、カイロ。
CIAのモイラ・マクタガート（ローズ・バーン）は、ある場所の地下を調べ、そこが遺跡であることを確認して、儀式が行われていたため、その様子を見守る。
その場で眠っていたエン・サバ・ヌールは目覚め、周囲の瓦礫を排除する。
異変に気づいたモイラは、出口に向かう。
遥かはなれた地で、レイヴンとカートは地震を感じる。
エリックもそれを感じ、その振動で落下する機材の下敷きになりそうな同僚を助けるが、その様子を見られてしまう。
Xマンションでも生徒達が怖がり、エグゼビアは皆を落ち着かせる。
ジーンがうなされていることを知ったエグゼビアは、目覚めた彼女から、世界の終わりを見たと言われる。
人の心を読む力のようなものでなく、暗黒のパワーが自分の中で増大していると話すジーンは、エグゼビアから心配いらないと言われるが、目を閉じた際の恐怖を理解していないと伝える。
最近まで自分も、苦しむ者達の声や秘密に悩まされていたと伝えたエグゼビアは、誰かを傷つけるのが怖いと言うジーンを眠らせようとする。
車椅子を降りてベッドに座ったエグゼビアは、人は理解できない者を恐れるが、自分の力を制御できるようになれば、恐れは消えるとジーンに伝える。
今回の現象を分析したハンクは、地球の裏側のカイロで起きた地震を確認してほしいとエグゼビアに伝え、彼と共に”セレブロ”に向かう。
モイラが見えると言うエグゼビアは、報告のために戻る彼女に聞いてみるとハンクに伝える。
同僚達に正体が知られたため、逃げるしかないことをマグダに伝えたエリックは、今後を心配する彼女に、自分の全てを話したのは君を信じたからだと言って落ち着かせる。
今は自分を信じてほしいと伝えたエリックは、ニーナがいないと言うマグダと共に娘を捜しに行く。
森の中で警官に連れられたニーナを見つけたエリックは、工場で妙なものを見たという通報を受けたと言われる。
マグニートーの新聞記事を見せられたエリックは、自分を連行しろと伝える。
警官はニーナを解放してエリックを拘束するが、ミュータントの能力を受け継いでいたニーナが鳥を操る。
その時、一人の警官が誤って矢を射ってしまい、それがニーナとマグダを貫く。
二人に駆け寄るものの、彼女らの死を確認したエリックは、マグダのペンダントを使い警官達を殺す。
街に出たエン・サバ・ヌールは、その日暮らしのミュータントのオロロ・マンロー/ストーム（アレクサンドラ・シップ）が盗みを働く姿を目撃する。
エン・サバ・ヌールは、オロロを路地に追い詰めた者達を一瞬にして殺す。
アレックスと共にCIAに向かったエグゼビアは、モイラと職員の記憶を消して彼女に会う。
エジプトで起きた件を尋ねたエグゼビアは、1973年のミュータントの登場で、それを神の再来と考えるカルト教団”アッシール・エン・サバ・ヌール”を追っていたことをモイラから知らされる。
最初のミュータントが何万年も前に生まれたと信じる教団は、エン・サバ・ヌールが復活すると信じて、世界各国の遺跡を調べ、ある象形文字が超人的なパワーを示していることが分かった。
死が近づくと魂を体から体に移し、ミュータントに乗り移れば能力は蓄積され全能のミュータントになる。
エン・サバ・ヌールは常に4人の従者を従えパワーを与えているとモイラから知らされたアレックスは、”ヨハネの黙示録の四騎士”のようだと語るが、彼女は、聖書が盗用した可能性を指摘する。
エン・サバ・ヌールが支配する世界は必ず災害や戦争で滅ぶ、正に”アポカリプス/黙示録”だとモイラから言われたエグゼビアは、世界の終わりと語ったジーンの言葉を思い出す。
オロロの隠れ家に連れて行かれたエン・サバ・ヌールは、彼女が崇拝するレイヴンの絵を確認し、テレビの電波から世界中の知識を吸収する。
弱者が世界を支配していることを知ったエン・サバ・ヌールは、神に裏切られたと考える。
どこから来たのかとオロロから訊かれたエン・サバ・ヌールは、人間が道を誤る以前の時代だと答え、この世界には”浄化”が必要だと伝える。
それは救済だと語るエン・サバ・ヌールは、オロロから、法律や制度に従い人を殺してはいけないと言われるが、奴隷でいる必要はないと伝えてパワーを与える。
ミュータントの逃亡の手助けをビジネスにするキャリバン（トーマス・レマルキス）の元に向かったレイヴンは、エリックがポーランドで多くの人間を殺したことを知らされる。
エリックが妻子も殺されたと言われたレイヴンは、カートと共にその場を去る。
発する光線を封じ込められる、ルビー・クォーツ・レンズのサングラスをハンクから渡されたスコットは、それをかければ目が開けられることを確認する。
初日にぶつかったジーンに話しかけたスコットは、パワーを制御できない彼女が皆に恐れられていることを知る。
昨夜の揺れの原因もジーンだと知ったスコットは、一番恐れられているのは自分だと彼女から言われる。
レイヴンが戻ったことを知り驚くハンクは、カートを紹介される。
オロロを従えキャリバンの元に現れたエン・サバ・ヌールは、その場にいたサイロック（オリヴィア・マン）の能力を知り、未知のパワーを理解させる。
自分が捜している者を知っているとサイロックから言われたエン・サバ・ヌールは、その場に案内される。
ジュビリー（ラナ・コンドル）からスコットを紹介されたカートは、アメリカ文化を教えると言われ、皆でショッピングモールに行くことになる。
翼を損傷し酒浸りのエンジェルに失望したサイロックだったが、エン・サバ・ヌールは、彼に新しい翼とパワーを与える。
新型ステルス機”Xジェット”をレイヴンに見せたハンクは、ワシントンD.C.での一件後に編成すると思っていた”X-MEN”のことを話す。
X-MENが必要だと伝えたハンクは、二人でエグゼビアを説得すれば実現できると話すが、レイヴンから、大変な問題に巻き込まれたエリックのことで来たと言われる。
工場に向かったエリックは、同僚達に向かい、この場で見たことを通報した者がいると言って、自分のパワーを教えるので、愛する者のことを考えるようにと伝える。
家族は夫を失い苦しむことになると言って、自分は”マグニートー”だと伝えたエリックの前に、エン・サバ・ヌールらが現れる。
何者だと尋ねたエリックは、彼らを殺すため邪魔をするなと伝えるが、エン・サバ・ヌールが一瞬にして工場の男達を殺す。
エン・サバ・ヌールから用があると言われたエリックは、オロロ、サイロック、エンジェルと共にその場を去る。
アウシュヴィッツ。
自分のパワーを初めて知った門の前に連れて行かれたエリックは、人間が作り上げた全てを崩壊させられるパワーを持っていると言われる。
その灰から、よりよい世界を作れると言われたエリックは、そのパワーで収容施設を破壊する。
エリックが目撃され、危険が迫るという報道をテレビで見ていたピーター・マキシモフ/クイックシルバー（エヴァン・ピーターズ）は、彼を追うことを母に伝えて、危険を承知しながらXマンションに向かう。
同じ頃、エグゼビアとアレックスはモイラを伴いXマンションに戻る。
スコット、ジーン、カート、ジュビリーは、モール内の映画館で、「スター・ウォーズ/ジェダイの帰還」を観て、その出来の悪さを語り合う。
レイヴンから名前を呼ばれたモイラは、以前に会ったことがあるかを尋ね、エグゼビアは、モイラとアレックスと共に席を外すようハンクに指示する。
キューバの後で、モイラの記憶を消したとエグゼビアから言われたレイヴンは、この場を、ミュータントと人間が共に学び遊ぶ理想の学校にする考えの彼に、以前は自分もそれを信じていたと伝える。
世界を変えられると思ったが、人間は自分達への憎悪を隠すようになっただけだと言うレイヴンは、外で怯えるミュータントの現状を知れば、とても平和とは言えないと話す。
戦いを教えないと、一生この場でしか生きられないと言うレイヴンは、エリックの考えと同じだと話すエグゼビアに、彼の件で来たことを伝える。
エリックの妻子が殺され、大勢の警官も死んだと言うレイヴンは、彼を見つける手助けをしてほしいとエグゼビアに伝え、セレブロに向かう。
レイヴン、ハンク、アレックスを伴い、モイラには秘密を守ってほしいと伝えたエグゼビアは、エリックを見つけ出して交信する。
家族のことで同情するエグゼビアから、戻ってくるようにと言われたエリックは、普通に生きようとしたものの、全てを奪われたと伝える。
今度はこちらが全てを奪うと言うエリックが、誰かといることに気づいたエグゼビアは、相手がセレブロに入り込んだことに気づく。
セレブロを操ったエン・サバ・ヌールは、世界各国が保有する核ミサイルを発射させてしまう。
エグゼビアはセレブロを破壊するよう指示し、アレックスがオプティック・ブラストを放つ。
セレブロの外に出たエグゼビアは、エン・サバ・ヌールらと共に現れたエリックに引き寄せられ、アレックスが攻撃してその場は爆発する。
付近に到着したピーターは、それを知りXマンションに瞬間移動して、ハンクらや子供達を救い出す。
Xマンションは爆発して崩壊し、エグゼビアに会いたいことをハンクに伝えたピーターは、連れ去られたと言われる。
ミスティークに姿を変えたレイヴンは、今こそ自分が必要だとハンクから言われ、それを拒む彼女は元の姿に戻る。
そこに戻ったスコットはアレックスがいないことに気づき、ハンクから爆破の最も近くにいたと言われ、Xマンションの瓦礫を見て悲しむ。
そこに軍のヘリコプターが現れ、CIAだと言うモイラは兵士に近づくが、ウィリアム・ストライカー大佐（ジョシュ・ヘルマン）に気づいたレイヴンは彼女を制止する。
ストライカーは、その場にいる者達にショックを与え気絶させる。
屋敷の瓦礫に隠れていたスコットとカートは、ジーンの超能力により兵士に見つからなかった。
レイヴンらがヘリに乗せられたことを知ったスコットとジーンは、その場に移動するようカートに指示する。
閉じ込められたことに気づいたスコットは外に出ようとするが、電界が発生したために無理だとカートから言われ、ジーンの能力も制御されてしまう。
残されたジュビリーらは意識が戻り、核ミサイルは宇宙に飛び去ったことが報じられる。
アレックスの死を悲しむスコットに、世界の役に立てる、変えることができる弟だと兄は思っていたと伝えたジーンは、自分は人の心が読めると言って彼を慰める。
ストライカーのヘリは山岳地帯に向かい、ダムの地下にある施設に到着する。
エン・サバ・ヌールから能力を評価されたエグゼビアは、殺しと破壊行為に手を貸そうとするエリックを批判し、怒りに付け込まれていると指摘する。
善良な面もあると言われたエリックは、それは家族と共に葬ったとエグゼビアに伝える。
拘束されたレイヴンらは、現れたストライカーから、世界中の核兵器が破壊された原因はXマンションにあると言われ、エグゼビアの居場所を教えることを強要される。
より強大なパワーを持つ者がいるとモイラはストライカーに伝え、解放すれば協力することをレイヴンは約束する。
信じようとしないストライカーはその場を去り、ハンクは、エグゼビアより大きなパワーを持つ者が誰なのかをモイラに尋ねる。
施設内で動きが取れなくなったスコットは、カートから電界が邪魔をしていると言われ、電源を切ることを考える。
自分が地球を破壊し荒廃すると、世界中の人間の心にメッセージを送るようエン・サバ・ヌールから指示されたエグゼビアは、セレブロではないので無理だと伝える。
能力を増幅するには、自分がいるので機械は必要ないと、エグゼビアはエン・サバ・ヌールから言われる。
レイヴンにエリックのことを尋ねたピーターは、なぜ聞くのかと言われ、自分の父親だと答える。
10年前に会った時には知らなかったが、テレビを見てXマンションに向かったものの、エリックには会うことができなかったと話すピーターに、今回は必ず会えるとレイヴンは伝える。
エン・サバ・ヌールに従い人間にメッセージを伝えるエグゼビアは、気づかれないようにしてジーンに話しかけて、カイロにいる自分達を見つけるよう指示する。
世界で最も強く偉大なパワーを持つ者達に地球を与えることを知らせるためのメッセージだと、エン・サバ・ヌールはエグゼビアに言わせる。
エグゼビアは、弱い者を守れというメッセージを伝える。
今のメッセージがエグゼビアのものかレイヴンら確かめたストライカーは、分からないと言われる。
自分だけが隠されたメッセージを聞いたとスコットとカートに伝えたジーンは、兵士に見つかり、二人と共に姿を消す。
侵入者の報せを受けたストライカーは、始末するよう命ずる。
発電機を見つけたスコットらは、うめき声のようなものを聴き、それが記憶を失った人間で改造された兵器だと、ジーンは二人に伝える。
ジーンが開けた格納装置から現れたのはウェポンX/ローガン（ヒュー・ジャックマン）で、金属の爪で現れた兵士達を殺す。
それを知ったストライカーは、監視映像でウェポンXが暴れ回る姿を確認する。
ウェポンXに近づいたジーンは、彼の頭部に触れて、自分の知る限りのローガンの記憶を戻す。
ジーン、スコット、カートは、建物を出て走り去るウェポンXを見つめる。
レイヴンらを見つけたカートはドアから離れるようにと指示し、スコットがそれを破壊する。
ジーンからエグゼビアの居場所が分かったと言われたレイヴンらは、その場から脱出しようとする。
ウェポンXの恐ろしさを知るストライカーは、ヘリで施設から退避する。
その頃、エン・サバ・ヌールは、カイロの街を破壊して巨大なピラミッドを建造する。
レイヴンらは、戦闘機とスーツを手に入れて戦いに備える。
再生させたヘルメットをエリックに渡したエン・サバ・ヌールは、人間が建てたもの全てを破壊し、世界を浄化するよう命ずる。
生き残った者はよりよい世界に導くと言うエン・サバ・ヌールは、エグゼビアには、最も重要な役目があると伝える。
戦闘機で移動しながら、ワシントンD.C.での一件に恐怖を感じたかとジーンから訊かれたレイヴンは、感じなかったと答え、”X-MEN”を名乗った最初の任務のことなどを話す。
スコットの兄アレックスをハボックと呼び、勇敢に戦ったと話すレイヴンは、カートから他の仲間達のことを訊かれ、救えなかったために、今はハンクと自分だけだと答える。
自分は英雄ではないと言うレイヴンに、ジーンらは、レイヴンをテレビで見て人生が変わったと伝える。
ペンタゴン。
想像を絶する磁気異常が発生していると説明する科学者（ジェリコ・イヴァネク）は、地面と海底を覆う鉄やニッケルなどの磁気要素が地表に達すれば、全世界の有史以来の建造物全てが、数十億人の人々と共に壊滅することを伝える。
それを実行するエリックのパワーは、世界中に広がる。
儀式の準備を始めたエン・サバ・ヌールは、エグゼビアの体に魂を移そうとする。
カイロに建造された巨大なピラミッドに着いたレイヴンは、全世界の人間を操るため、敵がエグゼビアの意識を奪おうとしているとジーンから言われる。
エリックが磁気異常を引き起こしていることを知ったレイヴンは、彼は自分に任せて、エグゼビアを救出するようスコットらに指示する。
エリックに会いたいと言うピーターもレイヴンに同行することになり、彼女は、エグゼビアを救って逃げるようにとスコットらに伝え、ハンクは戦闘機を着陸させる。
能力を発揮するようスコットらに伝えたレイヴンはミスティークに姿を変え、ピーターと共にエリックの元に向かう。
仲間の元に向かい、魂を移し終わるまで自分を守るようエンジェルに命じたエン・サバ・ヌールは、台に横たわり儀式を始める。
カートがピラミッド内部に移動し、スコットらは、エンジェル、オロロ、サイロックの攻撃を受ける。
エグゼビアを捜すカートは、追って来たエンジェルに襲われる。
エリックに話しかけたレイヴンは、全てを失ったと思うのは間違いで、自分やエグゼビア、そして”家族”もいると伝え、妻子は救えなかったが、今は救えると言って彼を説得する。
誰だと言われたピーターは、自分も家族を救いに来たとエリックに伝える。
エンジェルを鉄筋の中に閉じ込め、魂が移る寸前でエグゼビアを救ったカートは戦闘機に彼を運び、ジーンとスコット、そしてハンクも移動させる。
エグゼビアが姿を消し魂が移っていないことを知ったエン・サバ・ヌールは怒り、叫び声をあげる。
脱出したエンジェルは、サイロックと共に戦闘機を追い、内部に入ろうとする。
ハンクは機体を墜落させようとして、その寸前にカートの能力で全員が移動する。
地上に移動することに成功したカートは、消耗しきって意識を失う。
興奮しながら目覚めたエグゼビアは、魂が移っていないことに気づく。
仲間のために戦うとエリックに言い残したレイヴンは、ピーターと共に姿を消す。
エリックは、自分を正しい道に導こうとしたエグゼビアのことを思い出す。
意識の中でエグゼビアに話しかけたエン・サバ・ヌールは、現れたピーターに殴られるが、彼の体の自由を奪い痛めつける。
ピーターを始末するよう命ぜられたサイロックは、エン・サバ・ヌールの喉を切るが、彼の傷は消える。
サイロックの首を絞めたエン・サバ・ヌールは、それがミスティークであることに気づき、レイヴンに姿を変えた彼女を殺そうとする。
それを知ったエグゼビアはレイヴンを救いに行こうとするが、自分が操られたら世界は終わりだとモイラから言われる。
エン・サバ・ヌールと繋がっていることに気づいたエグゼビアは、意識の中で彼と対決するものの痛めつけられる。
エグゼビアの居場所を知ったエン・サバ・ヌールはその場に近づくが、現れたエリックから、仲間を裏切っていたと言われる。
エリックとスコットはエン・サバ・ヌールを攻撃し、ハンクがレイヴンとピーターを助ける。
エグゼビアは、ジーンの能力を信じて助けを求める。
襲い掛かってきたハンクとスコットを叩きのめしたエン・サバ・ヌールは、意識の中で、瀕死のエグゼビアから、独りでは勝てないと言われる。
自分は独りではないと言うエグゼビアの意識の中に入り込んだジーンは、パワーを解き放つようにと指示される。
全てのパワーを集中させたジーンは、ハンクに助けられたスコットやオロロにサポートされながら、逃げようとするエン・サバ・ヌールを倒す。
無事だったサイロックは、その場から去る。
エグゼビアの元に向かったハンクは、彼が死んだとモイラから言われる。
それを否定するジーンは、エグゼビアを感じることを二人に伝え、彼に触れて生きていることを確認する。
意識を取り戻したエグゼビアは、ジーンに感謝する。
寄り添うモイラから、どこにいるのかと訊かれたエグゼビアは、キューバの海岸に君と一緒にいる答え、彼女に触れて記憶を戻す。
涙しながら全てを思い出したモイラは、記憶を消したことをエグゼビアから謝罪される。
目覚めたカートは、何があったかのかを皆に尋ねる。
世界は壊滅寸前で救われ、手配中のエリックの助力もあったことが伝えられ、ミュータントが社会に受け入れられるという考えは広がる。
その後、ジーンとエリックは能力を使い、Xマンションを建て直す。
エリックには当分何も言わずにこの場で暮らすとピーターから言われたオロロは、自分もそうすると伝える。
各国が再軍備を始めたことをエリックに伝えたエグゼビアは、それが人間だと言われ、自分は希望を捨てないと伝える。
エリックがレイヴンと共に戻ってくれたことを喜ぶエグゼビアは、外の世界について訊かれ、夜中に目覚め、自分や仲間が襲われる不安を感じることはないかと問われ、そんな夜もあると答える。
目覚めた時はどうするかと訊かれたエグゼビアは、襲ってくる者の貧しい魂を憐れむと伝える。
残ってほしいと言うエグゼビアに、心を操れるだろうと伝えたエリックは、彼に別れを告げてその場を去る。
一から学び直すことを、スコット、ジーン、オロロ、カート、そしてピーターに伝えたレイヴンは、子供でも生徒でもない”X-MEN”であることを自覚させる。
ハンクは格納庫の扉を開き、”X-MEN”は、ミュータント討伐のために開発されたロボット”センチネル”に立ち向う。
ストライカーの突然異変研究施設に入った”エセックス・コーポレーション”の社員は、”ウェポンX”のエリアに向かい、血液サンプルを持ち出す。
