学校を出ようとしたドレイクは、鍵を忘れたために校長室に戻るが、突然ウィリスが現れる。
意味不明なことを話すウィリスは、鉛筆がないと言ってそれを渡され、ドレイクの手のひらに突き刺す。
ウィリスを殴ったドレイクはその場から逃れるが、校舎の出入り口にはチェーンがかけられていた。
忘れ物をしたというオルソンが出入り口にいたが、鍵は校長室にあるために開けられない。
鍵を取りに行ったドレイクは、襲いかかるウィリスを校舎に残し何んとか外に出て彼を閉じ込める。
しかし、ドレイクが落したハサミを拾ったオルソンが、ドレイクをめった刺しにして殺害する。
翌朝、気弱な優等生ケイシー・コナー（イライジャ・ウッド）は、登校と同時にいじめられる。
愛車を暴走させながら登校した不良のジーク・タイラー（ジョシュ・ハートネット）は、偽の身分証とドラッグを売りさばく。
テイトは、ドレイク校長の姿が見えないことに気づき、生物教師のエドワード・ファーロング（ジョン・スチュワート）は、水ばかり飲んでいるウィリスを気にする。
ウィリスは、いつもと違うイメージのオルソンに挨拶する。
ガールフレンドのデライラ・プロフィット（ジョーダナ・ブリュースター）にフットボール部を辞めることを伝えたスタンだったが、新聞部部長兼チアリーダーとして忙しい彼女は、自分の相手がスターでなけらば立場がないと伝える。
昼休みに、転校性のメアリーベス・ルイーズ・ハッチンソン（ローラ・ハリス）に声をかけられたSF小説が好きなストークリー・ミッチェル（クレア・デュヴァル）は、現れたデライラにレズビアンだと言われてからかわれたため、その場を去る。
友達ができないメアリーベスは、不安に思う。
孤独なケイシーも独りで休み時間を過ごしていたが、グラウンドで何かを見つける。
その場に現れたウィリスに注意されたケイシーは走り去る。
ストークリーは、オルソンの異様な雰囲気が気になる。
教室に向かったケイシーは、拾ったものをファーロングに見せる。
ストークリーと話したメアリー・ベスは、彼女が孤独でいたいためにレズビアンを装っていることを知り、親しくしたいと思ってい他のだが拒絶される。
奇妙なものを顕微鏡で調べたファーロングは、それがイカやタコの腎臓に寄生する線形動物であり漂泳生物の一種の水生生物だと考え、新種発見の可能性を指摘する。
留年しているものの知識豊富なジークがそれを観察し、ファーロングは、大学で調べてもらうために助成金が出るかもしれないと考える。
ゲイブ・サントラ（アッシャー・レイモンド）から、生物が自分と同じだと言われたストークリーは苛立ち、コップの水をこぼしてしまい、それが生物にふりかかる。
生物が動き出したためにファーロングは水槽に入れ、変化した生物に触れようとする。
生物は分離して複製を作り、ファーロングは指を噛まれてしまう。
ケイシーは歯があることに驚き、ファーロングは大学に連絡することにする。
チームを辞めて学業に専念することをウィリスに伝えたスタンは、それがあっさり認められたために驚く。
強敵との対戦を前日に控えての決断を、ウィリスは尊重するとだけ伝える。
怒鳴られるかと思っていたスタンは、戸惑いながらその場を去る。
シャワーを浴びていたスタンは、何かに感染したようなブランメルが現れたためにケイシーに助けを呼ばせる。
ブランメルは全ての者が寄生すると言って怯え、彼女の頭の皮が剥がれ落ちたためにスタンは驚く。
その後、スタンはブランメルのことを心配するが、癌を患い薬漬けになっていたとオルソンに言われる。
ケイシーは、グラウンドの芝に散水される中で立っているウィリスを目撃して気にする。
生徒にアダルト・ビデオを売っていたジークは、風紀担当の内気な教師エリザベス・バーク（ファムケ・ヤンセン）に注意される。
優秀なジークを気遣うバークだったが、自分にまで物を売ろうとする彼に失望する。
悲しむバークの姿を見たジークは、自分のした行為を後悔する。
トップ記事が見つからないデライラは、同じ部員のケイシーと共に立入禁止の教師専用室に入る。
教師を侮辱するデライラに、魅力的なのに酷いことを言うとケイシーは彼女を批判する。
それが告白かと問われたケイシーは照れてしまうが、そこに誰かが現れたため二人はクローゼットに隠れる。
入って来たウィリスとオルソンの怪しげな話を聞いてる間に、ケイシーはデライラの頬にキスし、彼女は苦笑いする。
そこに保健師のローザ・ハーパー（サルマ・ハエック）が現れ、風邪が治らないと言って愚痴をこぼす。
ウィリスはハーパーに襲いかかり、彼女は耳に何かを吹きかけられる。
その場にブランメルの死体が隠されていることに気づいたケイシーとデライラは驚く。
物音がしたためクローゼットを開けたウィリスだったが、ケイシーとデライラはその場から逃げる。
廊下に校長のドレイクとテイトが現れ、ケイシーとデライラは、ハーパーがウィリスとオルソンに襲われブランメルの死体があると伝える。
ハーパーが何事もなかったようにウィリスとオルソンと共に現れたため、ケイシーとデライラは校舎から逃げ去る。
警察に通報したケイシーは、両親（クリストファー・マクドナルド/リビー・ヴィラーリ）と警官と共にブランメルの死体を確認するが、その場にあったのは人工呼吸用の人形だった。
デライラは留守で連絡がとれず、ハーパーは持病があるため発作を起こし、薬を飲ませて送り届けたとドレイクは話す。
母親に精神科の治療が必要だと言われたケイシーは、ドレイクに呼ばれた警官の様子がおかしいため、彼も何かをされたと確信する。
ドレイクが、母親とも部屋で話したいと言い出したため、ケイシーは、指示通り精神科に行くと伝えて母親を引き留める。
帰宅後、父フランクに部屋を調べられたケイシーは、学校で異変が起きていると言っても信じてもらえず、電話などを取り上げられる。
家を抜け出したケイシーは、ウィリスらが待ち構えていたため屋根から落ちてしまい、フランクに見つかってしまう。
ウィリスらは姿を消し、ケイシーは家に入るようフランクに言われる。
翌日、嫌がるケイシーを無理矢理に学校に送ったフランクは、ウィリスに話しかけられる。
眼鏡をかけて変装していたデライラはケイシーを連れてトイレに向い、狙われていることを伝える。
頼れる者がいないデライラは、警察もやられたと言うケイシーの話を理解できず、全員が的だとは限らないと考えスタンに相談しようとする。
その間、ドレイクは生徒達を順番に呼び出し、ウィリスら教師は大量の水を持ち込み、それを飲み続ける。
スタンに話しかけるようメアリーベスに言われたストークリーは、彼がフットボールを辞めたことを知り驚く。
ジークに話しかけたメアリーベスは、彼に自己紹介して話をする。
保健室の列に気づいたストークリーは、ハーパーとドレイクが、生徒達に何かをしていることに気づく。
両親が事故死したことを話したメアリーベスは、ジークの両親も行方が分からないことを知り、同じような境遇の彼に親しみを感じる。
生徒達の様子がおかしいことに気づいたジークは、いつもと全く違う雰囲気のバークに脅される。
ケイシーはストークリーに、デライラはスタンに協力を求め、4人は生物の教室に向かうものの、例の生物は消えていた。
スタンは事情を聞き、エイリアンの侵略だと言うケイシーの話を信じられない。
メアリーベスと共に備品室に忍び込んだジークは、販売するものの材料を仕入れようとする。
ジークはメアリーベスにキスしながら、教師がエイリアンだと言う通気口から聞こえてくるケイシーらの話に苦笑してしまう。
その場に向かったジークはケイシーをからかい、そこにファーロングが現れる。
ケイシーから自分をエイリアンだと思っていると言われたファーロングは、生物のことを聞かれ、大学の研究室だと答える。
部屋を出ようとしたジークを制止したファーロングは狂暴になり、ケイシーを痛めつけようとする。
裁断機の刃をもぎ取ったジークはファーロングの指を切り落とし、ドラッグを目に突き刺す。
ジークは叩きのめされるものの、ファーロングは発作を起こして息絶える。
壊れた水槽から落ちた検体を瓶に詰めたケイシーらは教室を出て、生徒達の視線を気にしながらジークの車で学校から離れる。
街の様子もおかしいことに気づいたジークは、検問を避けて自宅に向かう。
ジークの実験室でカフェインを見つけたメアリーベスは、それがドラッグの材料だと知る。
検体を切り取りマウスに与えたジークは、それを殺して解剖し、生物が常に水分を必要としていることを知る。
ファーロングが死んだドラッグを生物にふりかけると、利尿作用で水分を失い死滅した。
SFに例えた話を始めたストークリーは、寄生虫が死滅しても人体は無事だと語る。
相手がエイリアンだと判断したケイシーは、その”クイーン”を殺せば勝てると考え、地球規模に広がる感染を防ぐために戦うべきだと主張する。
見分けがつかないと意見するスタンは、この中にも敵がいる可能性を指摘し、互いを疑い始める。
ドラッグでチェックすることを提案したジークは、まずケイシーにそれを渡して確かめる。
スタンに銃を向けられたジークもそれを吸いクリアし、スタンも続き、三人はラリって笑い始める。
ストークリーも吸い、拒否したデライラはメアリーベスに吸わせようとするが、彼女はアレルギーだと答える。
デライラとメアリーベスは、同時に吸うよう強要される。
寄生していたデライラは、実験装置を壊してその場を脱出し、待ち構えていた車に乗って逃げる。
装置を壊されたため、残り少ないドラッグを持って、ケイシーらは試合が行われているフットボール場に向かう。
チーム全員がエイリアン化しているため、圧倒的パワーで押しまくる選手にウィリスは満足する。
ストークリーとスタンは、ドレイクが”クイーン”だと考え、彼女がハーパーと共にスタンドで観戦していることを確認する。
体育館に向かったストークリーとスタンは、ケイシーらにドレイクがいたことを伝える。
そこに現れたドレイクは拘束され、ケイシーがドラッグで”クイーン”かを確かめようとする。
ケイシーが躊躇したため、ジークがドレイクを射殺する。
間違いでないことを確かめようとするケイシーはドレイクに近づくが、彼女は生き返る。
メアリーベスがドラッグを振りかけて、ドレイクは息絶える。
持っていたドラッグ全てをメアリーベスが使ってしまったため、残りは二本になってしまう。
スタンは他のエイリアンが全滅したかを確かめるため、ドラッグ一本を受け取り雨の降るグラウンドに向かおうとする。
ストークリーはスタンにキスし、後悔したくなかったと言って彼を送り出す。
ウィリスとチームに近寄ったスタンは、エイリアン化した彼らが雨を浴びていることに気づく。
戻ったスタンを警戒するケイシーらは、最期のドラッグを渡して、彼がエイリアンでないことを確かめようとする。
しかし、スタンがドラッグを捨ててしまったため、ストークリーはショックを受ける。
スタンを追い払ったケイシーは、ウィリスが”クイーン”だと考えて、彼を倒す方法を考える。
ドラッグは車のトランクにあると言うジークと共に外に出たケイシーは、自分が囮になりウィリスらを誘き寄せる。
バスに隠れたケイシーは、現れたデライラから仲間になるよう言われ、天井の出入り口から脱出する。
車のトランクを開けるもののドラッグがないことに気づいたジークは、その場にいたバークに誘惑される。
車の中にドラッグがあることを確認したジークは、運転席に乗り込みエンジンをかける。
窓ガラスを割り襲いかかるバークを乗せたまま暴走するジークは、シートベルトをしてバスに激突する。
バークはフロントガラスを突き破り放り出されるが、首だけになり触手を使い地を這い、胴体を探して結合する。
ドラッグを手にしたジークは、その様子を見ながら体育館に向かう。
実は”クイーン”だったメアリーベスに殴り倒されたストークリーは、戻って来たケイシーとその場から逃げる。
プールで”クイーン”に捕えられ、水中に引きずり込まれたストークリーは、ケイシーに助けられる。
ジークが現れ安心したストークリーだったが、元の姿に戻ったメアリーベスが自分が襲われたと話す。
全裸だったため正体がバレたメアリーベスは、ドラッグのテストではうまくごまかしたことを話す。
メアリーベスにドラッグを突き刺そうとしたジークだったが、エイリアン化していたストークリーに阻止される。
ケイシーがストークリーをロッカールームに閉じ込め、ドラッグを吸うようジークに指示される。
それに従ったケイシーは、襲い掛かる”クイーン”から逃れようとするが、ジークを見失ってしまう。
ジークは”クイーン”に叩きのめされ、ケイシーは地球を狙った理由を元に戻ったメアリーベスから聞かされる。
メアリーベスから再び姿を変えた”クイーン”に追われたケイシーは、体育館の観客席を収納させてその裏に誘い込む。
追ってきた”クイーン”は観客席に挟まれ、ケイシーはドラッグを突き刺すものの相手の体液を浴びてしまう。
”クイーン”が死滅したため、ケイシーの体内に宿った生命体も死に絶える。
気がついたストークリーが元に戻ったことを喜んだケイシーは、無事だったジークが突然現れたため驚く。
1か月後。
教師失踪などの事件が起きたヘリントン・ハイスクールにも平穏な日々が戻り、警察とＦＢＩは、生徒達が証言するエイリアンの関与を否定る。
フットボール・チームに入ったジークは、ウィリスの厳しい指導に耐えながらバークとの親交を深める。
マスコミの取材が絶えない中、ストークリーとスタンは付き合い始める。
エイリアンを倒したことになっていたケイシーは、ヒーローか狂言者かということで全国的に注目されていた。
当然、母校の新聞のトップ記事も飾ったケイシーは、デライラとの愛を深める。
