スキアラとパイロットを蹴落としたボンドは、制御不能となったヘリを操縦し、墜落を回避する。
ボンドは、スキアラの指輪にある印が彫られていることを確認する。
ロンドン。
上司M（レイフ・ファインズ）に呼ばれたボンドは、今回の無許可行動を非難される。
諜報部は組織の再構築中で、MI5との合併で”00セクション”が解体される可能性もあるため、メキシコの件を問題視するMは、ボンドに行動の理由を追及する。
Mは、はっきりした回答が得られないため、ボンドを無期限停職として全ての任務から外す。
それに従うボンドは、今、関わっていることは忘れるようにとMに指示される。
そこに、保安局長のマックス・デンビー（アンドリュー・スコット）が現る。
デンビーを”C”と読んだボンドは、今回の組織再構築で諜報活動は激変すると言われる。
Q（ベン・ウィショー）の”健診”を受けるようMに指示されたボンドは、その場を去る。
Mの秘書イヴ・マネーペニー（ナオミ・ハリス）から”スカイフォール”の遺留品があると言われたボンドは、夜9時にそれをアパートに届けるよう彼女に指示する。
ボンドのアパートを訪ねて遺留品を渡したマネーペニーは、隠していることがあるはずだと彼に尋ねる。
あるビデオを見せられたマネーペニーは、それに映る今は亡き前任のM（ジュディ・デンチ）が、自分に何かあった場合は”マルコ・スキアラ”を追うようにとボンドに指示していたことを知る。
Ｍは、スキアラを殺して葬儀にも参列することをボンドに指示したのだった。
驚くマネーペニーは、Ｍの死後に郵送で映像が届いたと言うボンドから、3日後にローマで行われるスキアラの葬儀に参列することを知らされる。
それをＭが許可するはずがないと考えるマネーペニーに、ボンドは、”ペイル・キング”が何者か調べるよう指示する。
マネーペニーが帰った後で遺留品をチェックしたボンドは、後見人だった”オーベルハウザー”と共にスキー場で撮った、12歳の時の自分の写真を確認する。
一緒に写っていた、オーベルハウザーの息子フランツの顔は焼けていた。
爆破されたMI6本部ビルが解体されることを、Ｍの補佐ビル・タナー（ロリー・キニア）から知らされたボンドは、”CNS/新国家保安センター”ビルをテムズ川のボートから眺める。
今回の再構築でCが勧める提案が東京の国際会議で通れば、9か国の機密情報を彼が入手することになると、ボンドはタナーから知らされる。
新体制に従う気になれないQの元に向かったボンドは、血流にマイクロチップを注入され、地球上どこにいても居場所と生体データが分かると説明される。
最新装備の”アストンマーティン・DB10”を見せられたボンドは、それが”009”用だと知り、腕時計（オメガ・シーマスター 300 マスター コーアクシャル/爆破装置付き）だけを渡される。
ボンドは、スカイフォールで大破し修復中の愛車”アストンマーティン・DB5”を確認する。
自分の居場所を消してもらいたいとボンドに頼まれたQは、躊躇するものの、開発段階であるため最初の24～48時間は、機能が不安定の場合があると伝える。
翌日、マネーペニーは、ボンドから送られて来た携帯電話を受け取る。
Qは、ボンドがアストンマーティン・DB10を持ち出したことを知る。
ローマ。
葬儀に参列し、ある男の姿が気になったボンドは、スキアラの妻ルチア（モニカ・ベルッチ）に声をかける。
その夜、ルチアの屋敷に忍び込んだボンドは、彼女に近づく2人を射殺する。
夫を殺したボンドを責めるルチアはだったが、ボンドは彼女に迫り、”ペイル・キング”のことを聞き出そうとする。
スキアラが死んだために、後継者を選ぶ組織の集会が開かれることを知ったボンドは、その場所を知り彼女と愛し合う。
CIAのフェリックス・ライターを連絡員として、アメリカ大使館に保護を手配したことをルチアに伝えたボンドは、彼女に別れを告げる。
カルデンツァ宮殿。
世界各国の諜報機関の裏をかく計画は、順調に進んでいるという報告を受けた組織のリーダーは、スキアラの件を完結させるための実行者を募る。
メンバーのグエラが名乗り出るものの、現れた巨漢のヒンクス（デヴィッド・バウティスタ）が、彼の目を潰して殺害し、その役目を果たす意思を示す。
メキシコの一件で遠い過去を思い出したと言うリーダーは、その場にいたボンドに再会できたことを伝える。
ボンドは、そのリーダーが、後見人オーベルハウザーの息子フランツ（クリストフ・ヴァルツ）であることに気づく。
近づいて来た男を叩きのめしたボンドは、その場から脱出して車で逃走し、ヒンクスは”ジャガー・C-X75”でそれを追う。
アストンマーティン・DB10の装備が完璧でないことに気づきながら逃走するボンドは、マネーペニーに連絡して、世界各国にメンバーを置く組織が存在することを伝える。
”ペイル・キング”が、”クァンタム”で関わったミスター・ホワイト（イェスパー・クリステンセン）だと伝えたマネーペニーは、彼が4か月前にオーストリアのアルタウスゼーにいたことをボンドに知らせる。
フランツ・オーベルハウザーの生前と死後の情報をマネーペニーに調べるよう指示したボンドは、車の後部に仕掛けられた火炎放射器を使い、追跡していたヒンクスの車は炎に包まれる。
脱出装置のボタンを押したボンドは車から飛び出し、車体はテヴェレ川に沈んでしまい、彼はパラシュートで降下する。
マネーペニーは、オーベルハウザー親子が雪崩事故により死亡したことを知る。
東京。
各国諜報機関による国際会議が開かれ、Cは、世界中の情報網を統合する計画”ナイン・アイズ”を提案するが、一か国が反対したため、全会一致のルールに従いそれは否決される。
会議に出席していたタナーは、アストンマーティン・DB10がテヴェレ川に沈んだことを知り、ボンドの所在を同席するMに尋ねる。
Mからの連絡を受けたQは、ボンドの所在を訊かれ、オーストリアのアルタウスゼーにいることを知るものの、ロンドンにいると答えてしまう。
オーストリア。
湖畔の家に侵入したボンドは、地下室にいたホワイトに再会する。
ボンドから指輪を見せられたホワイトは、携帯電話に仕掛けられたタリウムの毒により、寿命が数週間であることを話す。
リーダーに逆らったためだと言うホワイトが、誰かを庇っていることに気づいたボンドは、それが娘だと知り守ることを約束する。
それを信じないホワイトは、その証拠としてボンドから銃を渡され、娘を救ってくれれば、”アメリカン”の場所を教えるはずだと伝える。
ホフラー診療所に行くようボンドに指示したホワイトは、銃で自殺する。
指輪と銃を手にしたボンドは、ホワイトの財布にあった幼い娘の写真を確認する。
ロンドン。
時代遅れの”00セクション”を廃止する考えのCは、それを存続させようとするMの意見を聞こうともせず、マネーペニーの協力を得て、ボンドが許可なく行動していることを知らせる。
MI6の職員まで監視対象にしていることを知ったMは、例外はないと言うCの言葉を不快に思う。
ホワイトの家を調べたヒンクスは、その場にあった監視カメラ映像を入手する。
ホフラー診療所。
心理学者のマドレーヌ・スワン（レア・セドゥ）の診察を受けたボンドは質問され、職業は殺し屋だと答える。
ボンドが父親のことを知っていることに気づいたマドレーヌは、父親は亡くなったと言われ、ボンドが殺したと思うものの、それは否定される。
マドレーヌは、父が自ら命を絶った現場にいたというボンドの話を聞く。
危険を知らせるために来たと言うボンドは、守ることをホワイトに約束したとマドレーヌに伝える。
そのために協力してほしいと言われたマドレーヌは、”アメリカン”のことを訊かれる。
マドレーヌにその場から追い出されたボンドは、診療所内のカフェに現れたQから、フランツ・オーベルハウザーは死んでいると言われる。
ボンドは、自分とマネーペニーが巻き込まれることを恐れるQに行動を批判され、帰国するようにと言われる。
間違いなくオーベルハウザーを見たと言うボンドから、手掛かりが”アメリカン”だと知らされたQは、指輪を調べるよう指示される。
Qとホテルで会うことを約束したボンドは、現れた警備員と外に出ようとするがヒンクスを目撃する。
警備員を叩きのめしたボンドは、ヒンクスに連れ去られるマドレーヌを助けるために汎用機で追跡する。
指輪を調べたQは、スキアラ、ラウル・シルヴァ、ル・シッフル、ドミニク・グリーンらが名前を連ねる組織の概要を知る。
ゴンドラを降りようとしたQは、不審な男達に気づきその場から逃れる。
ヒンクスの車を追ったボンドは、木に衝突して両翼を失い不時着する。
車に衝突したボンドは、マドレーヌを助ける。
自分を責めるマドレーヌを説得したボンドは、Qの部屋に向う。
ボンドの話が正しかったため謝罪したQは、オーベルハウザーが生きている証拠が指輪であり、スキアラ、シルヴァ、ル・シッフル、グリーンがメンバーだった組織の存在を知らせる。
そのリーダーがオーベルハウザーであり、組織名が”スペクター”だと話すマドレーヌは、父ホワイトがメンバーだったとボンドに伝える。
スペクターによるケープタウン（南アフリカ）のテロのニュースを確認したボンドは、ロンドンに戻りMの手助けをするようQに指示する。
ボンドは、”アメリカン”が人ではなく、場所であることをマドレーヌから知らされる。
タンジェ。
ボンドとマドレーヌは、両親がハネムーンで泊まったホテル”アメリカン”の部屋を調べようとする。
その後も父がこの場に来ていたとことをボンドに伝えたマドレーヌは、全てを忘れて縁を切ろうとしていたにも拘らず、ここに来ることになったのは皮肉だと話す。
疲れて酔ったマドレーヌは眠ってしまい、ボンドは、現れたネズミが壁の穴に逃げたことから、その奥に何かがあると考える。
壁を壊したボンドは、部屋を見つけてその場を調べ、ホワイトがヴェスパーを尋問した際のビデオを見つける。
自分の写真などを確認したマドレーヌは座標を見つけ、ボンドは、ホワイトが衛星電話で誰かを追っていたことに気づく。
その始末を自分に任せたことを知ったボンドは、目的地が砂漠だということを確認する。
ロンドン。
”ナイン・アイズ”に反対票を入れた南アフリカがテロにより賛成票を投じたため、新体制が発足することになったことをCから知らされたMは、”00セクション”が廃止される話も聞く。
Cを痛烈に非難するMは、マネーペニーと共にその場を去る。
ボンドとマドレーヌは、列車で目的地に向かう。
Mは、ボンドの現在位置が北アフリカであることをQとマネーペニーから知らされ、クレーターの中にある施設の衛星写真を見せられる。
Cが監視しているため何もするなと2人に指示たMは、血流チップのデータも消すよう命ずる。
正装して食堂車でマドレーヌを待っていたボンドは、現れたドレス姿の美しい彼女に見とれてしまう。
しかし、2人はヒンクスに襲われてマドレーヌは殴られ、ボンドは格闘になる。
貨物室に移動したボンドは、銃を持って現れたマドレーヌに加勢されながら、ヒンクスを車両から突き落とす。
その後、ボンドとマドレーヌは激しく愛し合う。
翌日、停車地点で降りたボンドとマドレーヌは、迎えに来た1948年型”ロールス・ロイス・シルバーレイス”に乗り、クレーターの施設に向かう。
別々の部屋に案内された2人は、その後、クレーターをつくった地球上で最も古い隕石”カルテンホフ”を保管してある場所に案内され、オーベルハウザーと対面する。
オーベルハウザーは2人との再会を喜び、”00セクション”が消滅したにも拘らずこの場に来た、ボンドの目的を尋ねる。
自分を殺しに来たと言われたオーベルハウザーは、死ぬために来たと思ったと伝えて、部下達を前に辞職するMの映像をボンドとマドレーヌに見せる。
作った情報網に各国を引き入れたオーベルハウザーの考えを語るボンドは、Cを操っていることも認めさせる。
スキアラ、シルヴァ、ル・シッフル、グリーン、愛したヴェスパー、そしてM、全て自分が仕組んで殺したことを、オーベルハウザーはボンドに伝える。
オーベルハウザーは、マドレーヌに父ホワイトが死ぬ瞬間の映像を見せようとするが、ボンドがそれを止めさせようとする。
痛めつけられたボンドは、映像ではなく自分を見るようマドレーヌに指示する。
オーベルハウザーから、映像の出来事によりマドレーヌと結び付けられたと言われたボンドは、殴られて意識を失う。
拘束されたボンドは、マドレーヌの目の前で、視覚、聴覚、平衡感覚に刺激を与えるドリルを刺されて拷問される。
動揺するマドレーヌに、自分とボンドの兄弟のような関係を話したオーベルハウザーは、父親を殺したことを認める。
ボンドに対する父親の愛情に嫉妬して殺す気になったと話すオーベルハウザーは、自分”フランツ”は20年前に父親と共に死んだために、今は”エルンスト・スタヴロ・ブロフェルド”だとボンドに伝えて、母方の苗字だということを知らせる。
紡錘状回を刺激すれば人を認識できなくなると言うブロフェルドは、マドレーヌも誰か分からなくなり、そして絶命するとボンドに伝えて拷問する。
近づいて来たマドレーヌに顔が分かると伝えたボンドは、外した時計の爆破をセットし、1分だと言ってそれを彼女に渡す。
ブロフェルドは、ボンドの目にドリルを近づけるが、マドレーヌが時計を投げて爆発させる。
拘束を逃れたボンドは、マドレーヌと共にその場から逃れ、次々と敵を倒して施設の爆発を確認し、ヘリで脱出する。
ロンドン。
ボンドの元に向かったＭはマドレーヌを紹介され、爆死したスペクターのリーダー、ブロフェルドとCが、世界の情報網を支配するつもりだと知らされる。
新システム稼働が午前0時であり、それを阻止するため、Cを始末する間にQにシステムを止めさせると、ボンドはＭに伝える。
ボンドが生き方を変える気がないことを理解したマドレーヌは、この場で別れることを彼に伝えて立ち去る。
マネーペニーとタナーと共に行動するQは、別の車でボンドと移動するMから、システムへの侵入について訊かれる。
もう少しだと言われたMの車は衝突され、ボンドは連れ去られる。
隙を見て車から降りたMは、Qらの車に乗ってCNS/新国家保安センター・ビルに向かう。
乗せられたトラックが停車した場所でボンドは男達を倒し、閉鎖されているMI6本部に入り、矢印で誘導される。
オフィスに向かったCは、その場にいたMとQがシステムを制御しようとしていることを知る。
職を失っていると言われたMは、システムを止めてから逮捕することをCに伝える。
逮捕の理由を訊かれたMは、友達の選択が悪かったと答える。
Mに銃を向けたCだったが、弾を抜いかれていた。
システム稼働まで約5分、Qはそれを停止することができない。
ブロフェルドが、右目を失いながらも生きていたことを知ったボンドは、マドレーヌをビル内に拘束していると言われる。
ビルが3分で爆破することを知らされたボンドは、ブロフェルドが起爆装置のスイッチを入れて逃げたため、マドレーヌを捜す。
ブロフェルドは、用意されていたヘリでビルを離れる。
システムは停止され、Mに襲いかかったCは揉み合いになり、足を踏み外して落下死する。
マドレーヌを見つけたボンドは地下に向い、爆破されたMI6本部ビルは崩壊する。
ボンドとマドレーヌは、モーターボートでテムズ川に脱出し、MらはCNSビルでそれを確認する。
ブロフェルドを追ったボンドは、ヘリを銃撃する。
銃弾を受けたヘリは制御不能となり、ウェストミンスター橋に墜落する。
橋は閉鎖され、ヘリから脱出したブロフェルドに近づいたボンドは、撃てと言う彼に弾切れだと伝える。
マドレーヌが現れたことに気づいたボンドは、大事な用があると言ってその場を去る。
銃を川に捨ててマドレーヌに歩み寄ったボンドは、彼女を抱きしめる。
ブロフェルドに近づいたMは、逮捕することを伝える。
その後、仕事に戻ったQは、現れた辞職したはずのボンドから、忘れ物をしたと言われる。
修理が済んだ愛車アストンマーティン・DB5のエンジンをかけたボンドは、マドレーヌを乗せて走り去る。
