ビーチでラップを捜すカトリーナは銃撃される。
肩を撃たれながらカトリーナに近づくラップだったが、犯人は容赦なく彼女に止めを刺す。
18か月後、ロードアイランド州、プロビデンス。
格闘技や射撃を身に着けたラップは、ジハード主義を装いイスラム世界の者たちにネットで接触する。
そんなラップを何者かが監視していた。
イビサ島のテロの首謀者がアドナン・アル＝マンスールだと突き止めたラップは、復讐を誓っていた。
リビア、トリポリ。
現地に着き男に接触したラップは拘束され、マンスールと対面する。
殉教する覚悟があることをマンスールに伝えたラップは、彼を牽制する。
その時、マンスール他その場の者たちは狙撃され、”アメリカ陸軍特殊部隊群”の隊員が押し入る。
マンスールを自分の手で殺せなかったラップは憤慨して興奮し、隊員が彼を落ち着かせる。
30日後。
精神科医フレインのカウンセリングを受けていたラップは、現れたCIAテロ対策担当のアイリーン・ケネディ（サナ・レイサン）と話す。
ラップを監視していたケネディは、自分たちと手を組むことを彼に提案する。
スタンスフィールド長官（デヴィッド・スーシェ）にラップの才能を伝えたケネディは、採用することに躊躇する長官を説得して、秘密部隊”オライオン”の指揮官スタン・ハーリー（マイケル・キートン）に任せる許可を得る。
ケネディは、プルトニウムの情報が入ることをスタンフィールドから知らされる。
バージニア州、ロアノーク・ヴァレー。
ケネディと共に現地に着いたラップは、元”Navy SEALs”である”戦士”ハーリーの元に向かう。
ハーリーは、偏執的かつ暴力的なラップの精神鑑定結果をチェックする。
ケネディからラップのことを任されたハーリーは、ヴィクター（スコット・アドキンス）らと共に厳しい訓練を始める。
ロンドン、イラン大使館。
ベフルーズ国防大臣（ナヴィド・ネガーバン）は、ロシアで15キロの”プルトニウム239”が消えたことをスタンフィールドとケネディらに話す。
同席したロスタミ参謀長らイラン側の核保有に対する態度を窺うスタンフィールドは、オライオンの準備状況をケネディに確認する。
ハーリーは、ケネディから言われていたラップの才能を確かめる。
ポーランド、ワルシャワ。
プルトニウムを手に入れた元オライオンの工作員ゴースト（テイラー・キッチュ）は、警官に不審者と思われる。
警官とロシア人の取引相手を殺したゴーストは、その場からプルトニウムを持ち出し逃亡する。
その事件のニュースを見たハーリーは、監視カメラの映像に映る犯人が、ゴーストであることを確認する。
ケネディに呼ばれたハーリーは、プルトニウムの件を話す彼女に、ワルシャワの事件のゴーストの写真を見せる。
ゴーストは爆破事件で死んだはずだと言うケネディに、ハーリーは死亡は未確認だと伝える。
トルコの武器商人ハムディー・シャリーフ（カリド・リース）が、ロシアの核起爆装置を買ったことをケネディから知らされたハーリーは、転売する際に両者を抹殺する作戦を実行しようとする。
イスタンブールで工作員のアニカ・オグデン（シーヴァ・ネガー）に接触するようにと言われたハーリーは、ケネディからラップも同行させる指示を受ける。
ラップを呼び、ビーチのカトリーナの映像を見せたハーリーは、動揺して襲い掛かってきた彼を抑え込み、個人的な感情は捨てろと伝えて、出動の準備をさせる。
トルコ、イスタンブール。
ラップとヴィクターと共に現地に到着したハーリーは、アニカに迎えられる。
アニカと共にシャリーフを監視したラップは、彼と接触したアシスタントの携帯電話を盗む。
携帯電話を調べたハーリーらは、シャリーフが向かうレストラン付近を監視する。
警備する軍の兵士に襲い掛かって脅し、偽情報で移動させたハーリーは、ラップとヴィクターに作戦を実行させる。
起爆装置は車にあると言うシャリーフからキーを受け取ったゴーストは、近づくヴィクターを殺し、その場は騒然となる。
ラップからヴィクターが死んだことを知らされたハーリーは、作戦を中止する。
それを無視したラップは、シャリーフのアシスタントに銃を向けて、ボスを追うよう指示する。
アシスタントを拘束してシャリーフのアパートに侵入したラップは、ボディガードを殺す。
シャリーフを射殺したラップは、その場にあったノートパソコンを奪う。
ルーマニア、CIAセーフハウス。
命令に背いたことをハーリーに批判されたラップは、任務を遂行したと言って反論する。
納得しないハーリーは、到着したケネディもラップを擁護するために不満を訴えるが、上司である彼女に逆らえなかった。
ゴーストを育てたことを後悔するハーリーは、シャリーフのパソコンを調べたケネディから、ローマに送金した記録があったことを知らされる。
ローマ近郊、コルヴィアーレ公営団地。
ベフルーズ国防大臣を迎えたゴーストは、プルトニウムと起爆装置を前に物理学者を用意することを伝え、金を要求する。
ローマ、ナヴォーナ広場。
ラップと話していたハーリーは、ルゲリオ銀行から戻ったアニカから、シャリーフの口座から金が引き出された場合に分かるハッキングに成功したことを知らされる。
その後、口座から200万ドルが引き出され、ハリーらは、銀行から出てきた物理学者を追う。
物理学者が宿泊したホテルに向かったラップとアニカは、隣の部屋をとる。
ラップから連絡を受けたハーリーは、物理学者を拉致して追ってくるものを殺すと伝える。
アニカは、物理学者の部屋を盗撮する。
考え込むラップに、愛する者を失った気持ちは自分にも分かると伝えたアニカは、悪党を倒すようにと伝える。
その直後、侵入者に気づいたラップは、1人を殺すものの捕らえられる。
ゴーストにハーリーの居場所を訊かれたラップは、知らないと答えたために殴られる。
アニカも殴ったゴーストは、押し入ってきたハーリーに襲われるものの、窓を突き破って脱出する。
ラップとアニカは男たちを殺し、ハーリーは物理学者を捕える。
外を監視していたハーリーは、ホテルの内部に手引きした者がいたと考え、それをラップに伝える。
物理学者を脅したハーリーは、核兵器を造る場所を訊き出そうとする。
自分たちを二度襲ったゴーストの件をハーリーに追及したラップは、彼らが核兵器を造ろうとしていることを知る。
ホテルに戻り傷の手当てをしてくれたアニカが、ゴーストの名前を口にしたことを疑問に思ったラップは、彼女がイラン人だと気づく。
ラップはアニカを脅すものの、何も聞き出せなかった。
拘束したアニカが友人のアシャーニ（モハメド・バクリ）の部下であることを聞きだしたハーリーは、それをラップに伝える。
アシャーニに会ったハーリーは、アニカが姪だと知る。
今回の件の黒幕はロスタミ参謀長と国防大臣のベフルーズであり、彼らが2年間、核兵器の材料を手に入れようとしていたと言うアシャーニは、ゴーストを傭兵として雇ったことをハーリーに伝える。
ロスタミは去ったがベフルーズはローマにいると言うシャリーフは、アニカが彼を追っていたことと、イラン側は急いでいることをハーリーに伝える。
アシャーニはゴーストに狙撃され、ハーリーも脚を撃たれる。
ラップからゴーストの件を訊かれても答えないケネディは、アシャーニが殺されたことを知る。
ハーリーがアシャーニと会ったことを知ったケネディは、核兵器を追うのが任務であり、”モサド”との共同作戦だとラップに伝える。
ケネディがハーリーを見捨てるつもりだと知ったラップは、帰国を命ぜられる。
アニカの携帯電話を持ち出し、連行される彼女が乗る車を追ったラップは、衝突して車を止める。
護衛を叩きのめしたラップは、殺されたアシャーニと一緒にいたハーリーを捜すことをアニカに伝えて、手錠を外して協力を求め携帯電話を返す。
ハーリーを拘束して痛めつけたゴーストは、拷問で受けた体の傷を見せて彼を責める。
見捨てたと言われたハーリーは、命令に背いた者を救いに行けば10人が死んだとゴーストに伝える。
アシャーニが追跡していたベフルーズを捜すラップとアニカは、通りがかった車を奪う。
ラップの居場所を聞き出そうとするゴーストは、ハーリーを拷問して爪を剥ぐ。
叔父のアシャーニはベフルーズとロスタミに殺されたと言うアニカは、イランがイスラエルと核戦争をする気だとラップに伝える。
それを阻止しようとして父と兄も死んだと言うアニカは、ラップに目的地を指示する。
信じた国家とハーリーを恨むゴーストは、拷問を続ける。
ラップが携帯電話を持って姿を消したことを知ったケネディは、彼が何をしようとしているのか考える。
ラップの居場所を話すように見せかけたハーリーは、近づいたゴーストの耳を噛みちぎる。
ベフルーズから、爆弾の準備はできたので早く用を済ませろと言われたゴーストは、彼らを銃撃する。
コルヴィアーレ公営団地。
アニカからシグナルが消えたと言われたラップは、不審な男たちの後を追う。
死を覚悟するハーリーに、結末を見ろと伝えたゴーストは、起爆装置を作動させて、20分のカウントダウンが始まる。
団地の内部に入り、扉の隙間を通り抜けられないラップは、アニカだけを奥に向かわせる。
瀕死のベフルーズを見つけたアニカは、命乞いをする彼を射殺する。
銃声を聴いたラップは、その場にあった車を奪い、扉に激突して銃撃する男たちを轢き殺す。
車が爆発し、それを感知したケネディは、部隊をヘリコプターで現場に向かわせる。
ハーリーを解放したラップは、ゴーストを追うよう指示される。
ゴーストに捕らえられていたアニカを見つけたラップだったが、家族に会いたいと言う彼女は、ゴーストの銃で自殺する。
モーターボートで逃げたゴーストを追うラップは、それに飛び乗り彼と格闘になる。
救出されたハーリーはヘリで海に向かい、ケネディに連絡して爆弾はボートにあると伝える。
ゴーストが海で死ぬ気だと言うハーリーは、アメリカ海軍の第6艦隊がターゲットだと気づき、それをケネディに知らせる。
連絡を受けた第6艦隊は、ボートへの攻撃態勢に入る。
ゴーストを倒したラップは爆弾を奪い、ボートの方向を変える。
ボートに近づきラップと無線で話したハーリーは、艦隊から離れようとする彼に、爆弾を捨てるよう指示する。
ラップが爆弾を捨てたことを確認したハーリーは、それをケネディに伝え、艦隊は攻撃を中止する。
ワイヤーでラップを引き上げたハーリーは、ヘリを退避させる。
爆弾は海中で大爆発を起こし、爆心地付近を航行する艦隊は被害を受ける。
爆風を受けて制御不能となったヘリは、何とか態勢を整える。
ハーリーは、無事だったことをケネディに伝える。
被害が最小限で済んだ艦隊は、放射能が低レベルであることを確認し、海上で爆破地したら全滅だったことをケネディに伝える。
ラップと話したケネディは、大勢が救われたと言って彼に感謝する。
アラブ首長国連邦、ドバイ。
ラップは、カトリーナのことを想いながらビーチで過ごすむ。
病院で療養中のハーリーと話したケネディは、CIAの秘密部隊が爆発を起こしたと主張する、大統領選を控えたロスタミ将軍を報道するニュースを見る。
ロスタミが大統領になるだろうと言うケネディは、ラップと連絡が取れないとハーリーに伝える。
知らないと答えたハーリーは、アメリカを葬ると言うロスタミの言葉を聞いて、ラップの考えを悟る。
エレベーターに乗ったロスタミに、その場にいたラップは微笑む。
