ルイジアナ州立大学。
それが、廃棄物による汚染が原因であることを突きとめたキャサリンは、今回のようなことが貧困地帯で起きると、人々は”奇跡”と信じることを学生達に話す。
これまでの48回の調査が全て科学的に説明できると言うキャサリンは、ゆるぎない信仰こそが奇跡だと言って話を締めくくる。
コスティガンから電話を受けたキャサリンは、自分の全ての写真の顔だけが燃えたことを知らされ、神のメッセージであり警告だと言われる。
キャサリンの心の傷を理解しつつ、コスティガンは、ある印が浮かび上がり、それが古代のもので危険が迫っていることを伝える。
それに興味を示さないキャサリンに対しコスティガンは、印が鎌を逆さにした形だと伝えるものの、彼女は電話を切ってしまう。
そこに、近隣の湿地帯の町ヘイブンの科学と数学の教師ダグ・ブラックウェル（デビッド・モリシー）が現れ、キャサリンは、川が血のように赤く染まったと言われる。
宗教に絡んでいるかを訊かれたダグは、旧約聖書の”出エジプト記”の”十の災い”であることを心配している者がいると言って、あと9つの災いが起きると町中が噂していると伝える。
協力を断るキャサリンは、兄を亡くした12歳少女自身が、兄を殺し川の水を赤くしたと疑われていると言われ、仕方なく調査をすることを決める。
ヘイブン。
ベンと共に町に着いたキャサリンは、住人のイザベル（ララ・グライス）から声をかけられ、教会に案内してもらう。
ダグに迎えらえたキャサリンは、ブルックス町長（ジョン・マコーネル）を紹介され、湿地帯の川に向かう。
川は赤く染まり魚の死骸が浮かんでいる情況で、キャサリンとベンは、ケイド保安官（ウィリアム・ラグズデール）から話を聞く。
ベンとダグと共に川や周辺を調べていたキャサリンは、少女に出くわして追いかけるものの見失ってしまう。
ダグから、その少女が疑われているローレン・マッコーネル（アナソフィア・ロブ）だと知らされたキャサリンは、この付近で兄のブロディが死んだと言われる。
嫌われ者のマッコーネル一家は森の中に住み、この場には誰も近づかないとダグは話す。
100年前のヘイブンの町の跡を見たキャサリンは、3年間に3回来た嵐で町は壊滅し、高台に新たな町ができたことをダグからあ知らされる。
ベンに呼ばれたキャサリンは、大量のカエルの死骸を確認し、採取した物を運ぶ。
川の次に起きたカエルにより、”十の災い”の第二の災いが起きたと言うベンだったが、そうは思わないキャサリンは、ブロディの遺体を確認したいことをダグに伝える。
ホテルがないために、キャサリンとベンはダグの家に滞在することになる。
ベンに採取したサンプルを大学に送るよう指示したキャサリンは、ダグの車で町に向かう。
ダグから見解を訊かれたキャサリンは、一定の条件下で有毒になる微生物”フィエステリア”が原因で、毒素で魚が死に水も赤くなると答える。
ダグが一人で住む祖父から受け継いだと言う立派な屋敷に着いたキャサリンは、部屋に案内される。
大切な腕輪を沼でなくしたことに気づいたキャサリンは、その後、到着したベンとダグと共に食事をする。
ところが、調理していた魚に、突然、ウジ虫やアブがたかり、三人は驚く。
牧場の牛の様子がおかしいというケイド保安官からの連絡を受けたダグは、キャサリンとベンと共にその場に向かう。
三人の乗ったトラックは、どう猛になった牛に襲われ、現れたケイドと牧場主のジム・ウェイクマン（デヴィッド・ジェンセン）が、牛を射殺する。
牛を調べたキャサリンらは原因を考え、疫病だとすると4つ目の災いが起きたことになるため、ベンはそれを信じる気になる。
災いを否定するキャサリンは、紀元前1400年に起きたと言われる”十の災い”も科学的に説明できることをベンに話す。
ジムの息子が描く絵を気にしたキャサリンは、ローレンが牛を眠らせたと言われ、その絵を預かる。
ブロディの死因をケイドに尋ねたキャサリンは、魂が抜かれたような死に方だったと言われる。
その場に現れたブルックス市長は、行いが邪悪なローレンと母親マディが疑わしいので、このままでは災いで町が滅びると話す。
邪悪な行いについて尋ねたキャサリンは、マディが何人もの者達と呪文を唱え、動物を解体していた様子を妻が目撃したことをジムから知らされる。
噂でありデタラメだと言うダグだったが、ジムは、妻は作り話などしないと伝える。
その夜、ベッドに入りネットをしていたキャサリンは、停電になり、ダグの部屋に向かうものの彼はいなかった。
庭の奥にいたダグに近づき地酒を貰って飲んだキャサリンは、亡くなった彼の妻の話を聞く。
自分も5年前に夫と娘を亡くしたと言うキャサリンは、コスティガン神父の下で、スーダンで牧師として使命を果たすために日々、闘っていたことを話す。
村が干ばつに襲われたことで、夫と娘が生贄になったと話すキャサリンは、苦しんだ挙句に、神を恨んだら眠ることができたことをダグに伝える。
屋敷に戻り眠るものの悪夢にうなされたキャサリンは、ベンに起こされ、気遣ってくれる彼に感謝する。
キッチンに向かい水を飲んだキャサリンは、砂の足跡に気づき、夢で砂の上を歩いたことを思い出す。
牛の細胞を調べたベンは、見かけでは異常がないことをダグに伝え、ブロディの遺体も外傷などはなかったと話す。
翌朝、マッコーネル家に向かったキャサリンは、誰もいない様子だったために中に入り、悪臭を気にしながら内部を調べる。
コスティガンが言っていた逆さまの鎌の印を見つけたキャサリンは、ローレンが現れたために驚き、彼女が娘の形見である腕輪をしていることに気づく。
ローレンが初潮だと気づいたキャサリンは、彼女の血を拭き取ってあげようとする。
血に触れた瞬間に、ローレンとブロディの幻覚が見えたキャサリンは、姿が見えなくなったローレンを捜して家に入る。
ドアが閉まり、現れたマディから、娘のローレンを殺すつもりなのかと訊かれたキャサリンは、それを否定して助けたいだけだと伝える。
ブロディに何があったのかを尋ねたキャサリンは、マディから自業自得だと言われる。
そこに現れたローレンはマディに飛びかかり、キャサリンは追い払われる。
その後、学校でシラミが流行り、子供達は髪を切られてしまい、それを知らされたダグは、不安に思う人々から調査の結果報告を求められる。
同行していたベンは、原因を一つに絞っていると伝えるが、ローレンを悪魔崇拝者だと決めつけるブルックスの意見に人々も同意する。
ブロディの遺体を調べるために、ダグと共に遺体安置所に向かったベンは、キャサリンに電話をして呼び寄せる。
数日前には元気だったというブロディが、生気を吸い取られたような状態であることを確認したキャサリンは、背中の鎌の印に気づく。
カルト集団の仕業だと考えたキャサリンは、FBIを呼ぶようにダグに指示し、急がないと次の犠牲者が出ると警告する。
ケイドからサンプルの分析結果を渡されたキャサリンは、川の水が人間の血だったことを知る。
川の長さから推測して20～30万人分の血液だと言われたキャサリンは、それを信じることができない。
住民を避難させるようにとベンから指示されたケイドは、権限は町長のブルックスにあると伝える。
コスティガンに電話をしたキャサリンは、確認した鎌の印はキリスト生誕以前のものであり、サタン崇拝のシンボだと言われる。
初子はそれを刻印されて子孫を残すために生かされ、他の子はサタンの生贄になると言われたキャサリンは、ローレンがサタンの家系なら、第二子なで殺されているはずだと伝える。
犠牲が払われて完全な子を授かるという文献の内容をキャサリンに伝えたコスティガンは、無事に思春期を迎えた第二子がサタンに生まれ変わると話す。
全てが、ローレンを守るためにサタンが仕掛けた罠だと言うコスティガンは、兄を殺した彼女をほっておけば、大変なことになるとキャサリンに伝える。
役場に向かったダグとベンは、全身の腫物により死亡しているブルックスらを確認する。
自分が”天使”だとコスティガンから言われたキャサリンは、それを信じることができず、ローレンを殺すことはできないと伝える。
キャサリンに、サタンの崇拝者を必ず倒せると伝えたコスティガンだったが、彼女の写真に火が点き燃え広がり、部屋に閉じ込められる。
町の男達は、ダグらの制止も聞かずに、ローレンを殺すために家に向かう。
マッコーネル家に着いたキャサリンは、地下室にいたマディが、目の前で自殺したために驚く。
ローレンが現れたので身を隠したキャサリンは、ベンからの電話で、その場にいることが知られる。
階段を上がったローレンを警戒したキャサリンは、その場にあった剣を手にして、ドアの外の異変に気づく。
外に出たキャサリンは、バッタの大群に驚き、庭に立っていたローレンの前で男達が銃を構えていた。
バッタは男達に襲い掛かり、キャサリンは家の中に逃げ込み、ベンは廃墟の納骨堂に入り、ダグは沼に飛び込む。
その後、バッタは去り、キャサリンに電話をしたベンは、災いだったことを認める彼女に、残りの3つの災いが来る前に逃げる方法を考えようと伝える。
その場に鎌の印があることを確認したベンは、吊るされている子供の死体と大量の頭蓋骨を発見し、それをキャサリンに知らせる。
車に来るようにとベンに指示したキャサリンは、ケイドらが死んでいることを確認する。
外にローレンがいると言うベンから連絡を受けたキャサリンは、納骨堂に向かうものの、彼は殺されていた。
そこにダグが現れ、この場で待っているようにと彼に伝えたキャサリンは、終わらせると言って外に出る。
ローレンを前にしたキャサリンは闇に包まれ、自分の娘に似ていると伝えて、ローレンを油断させて襲い掛かる。
幻覚を見たキャサリンは、ローレンが、ダグを含めたマディらに生贄にされようとしたことを知る。
沼に逃げたローレンを追い胸を刺したブロディだったが、彼女の傷は一瞬にして消えてしまう。
ブロディは生気を失って死に、ローレンが立っていた場所から水が血に染まる。
ローレンの傷を確認したキャサリンは、現れたダグから、信仰を悪用している彼女に騙されるなと言われる。
キャサリンにローレンを殺すよう指示したダグは、次の災いで初子である自分は死ぬと伝える。
剣を捨てたキャサリンは、自分に罪のない子を殺させようとしたと言ってローレンを守る。
ベンもダンが殺したことにを知ったキャサリンは、人々が集まって来たことに気づく。
かつてはこの場で神に祈ったのだが、洪水で町は滅び、神に見放された人々は、神を捨てて、自分の先祖が皆をサタンの元に導いたことをダンは話す。
牧師であるにも拘らず神を捨てたキャサリンが、自分達に似ているために選んだと言うダグは、神の僕だけが天使を殺せると伝え、剣を渡そうとする。
スーダンで娘を殺したのは神ではなく、恐れや怒りに負けた人間の仕業だと言うキャサリンは、最後の災いで初子は死ぬとダグに伝える。
空は荒れ狂い、落下する火の玉が人々を襲う。
キャサリンに剣を向けたダグは、彼女と共に炎に包まれて息絶える。
無事だったキャサリンは、ローレンを連れてその場を去り町を出ようとする。
これからは二人で安心して暮らせるとローレンに伝えて抱き寄せたキャサリンは、もう一人、男の子がお腹の中にいると言われる。
”犠牲が払われて完全な子が生まれる”というコスティガンの言葉を思い出したキャサリンは、ダグと愛し合った夢が現実だったことに気づく。
