ジョニーに連絡したシュミットは状況を訊き、ろ過装置の故障を調べようとする。
研究所に着いたキャルは、ほぼ全員が中にいることをデイナから知らされる。
ボブと共に空気ポンプを調べたシュミットは、それが動いていないための警報の誤作動だと判断する。
ポンプを作動させたシュミットは、それをジョニーに知らせて問題は解決したことを伝え、ニールセンを呼ぶよう指示するが、応答がないと言われる。
警報解除をシュミットに指示されたジョニーは、規則に従う義務があると伝える。
責任はとると言うシュミットだったが、ジョニーはニールセンから事故の報告を受け、外部と遮断するよう指示される。
指示書を読むよう言われたジョニーは、毒物コントロールセンターに連絡し、外に出た者を保安官に監禁させるよう指示される。
ニールセンらは、狂暴になった動物が感染していることを確認し、殺害して焼却する。
ダン・フェアチャイルド博士（ジェフリー・デマン）が作った実験段階の解毒剤の接種を拒否するラメシュ・カプーア博士（カヴィ・ラズ）に、既に蛍光性枯草菌に感染していることをニールセンは伝える。
銃を手にして研究所内に入ろうとする職員の家族ヴィック・フリント（ジェリー・ハーディン）を力づくで制止したキャルは、報告を受けたコナリー少佐（ヤフェット・コットー）が、ヘリコプターで現れたことに気づく。
キャルに挨拶したコナリーは、施設を出た3人の内2人は連行中であることを知り、もう一人のデイナを検疫パッケージに入れるよう指示する。
コナリーは、閉鎖前に施設を出た者達や家族に説明を始め、こぼれた”酵母”の消毒が済むまでは危険だと伝える。
やがて、数台の軍関係の大型トラックが到着して作業を始める。
ジョニーからキャルに連絡があり、彼女と話したコナリーは、ニールセンに繫げることができないと言われる。
内部の映像が見れるようになり、それをチェックしたコナリーは、P4でニールセンらが倒れていることを確認する。
その場で映像を見て重大な事態であることを知ったキャルは、追い出そうとするコナリーに言い寄る。
信実を伝えようとしないコナリーは、見たことを外部に話すなとキャルに伝える。
シュミットと話したコナリーは、警報は誤作動だが、感染者の被害が出ていると言われる。
ジョニーから被害状況を知らされたキャルは、研究所を去っていたフェアチャイルドを捜すために居場所を訊く。
不安を訴えるジョニーを落ち着かせたキャルは、フェアチャイルドの家に向かう。
眠っていたフェアチャイルドを起こしたキャルは、研究所の事故を伝え、”酵母”で汚染されたと言うコナリーが、軍を連れて来たことを伝える。
飲酒でキャルに何度か逮捕を見逃してもらったフェアチャイルドは、今はしらふだと言って、健康のために研究所を辞めたので行く気のないと伝える。
研究所が細菌戦争の準備をしていると考えるキャルだったが、条約で禁止されているとフェアチャイルドは反論する。
施設内に85人が閉じ込められているため協力を求めたキャルだったが、フェアチャイルドはそれを断り、自分が作った解毒剤を注射している頃だろうと語る。
キャルは、妻が中にいることを伝えて何とかフェアチャイルドを説得し、二人は研究所に向かう。
その頃シュミットは、検知器で保菌者を調べ始める。
壁を壊したコネリーは、解毒剤を見つけて全員に注射するよう処理班に指示する。
研究所に着いたフェアチャイルドは、この地に細菌施設を作った理由などをコナリー尋ね、敵の細菌攻撃に対抗するためだと答える。
この場と喫茶室は感染していないことを確認したという連絡をシュミットから受けたジョニーは安心するが、閉鎖は解除できないと伝える。
暗号簿を燃やしてしまったジョニーは、ドアを破って入って来たシュミットらに銃を向けるものの取り押さえられる。
シュミットらに脅されたジョニーは、暗号簿は燃やしてしまったが覚えているはずだと言われて、ティペット（キース・ザラバッカ）から電気ショックの拷問を受ける。
やり過ぎだと言ってシュミットがそれを止めようとするものの、ティペットはジョニーを痛めつけて暗号を聞き出す。
しかし、暗号は使用停止になっていた。
内部に入った汚染処理班は、閉鎖地区に入ろうとする。
その後、ボブに異変が生じて失神してしまい、救助が来たと報告されるが、シュミットはその場を離れることを禁ずる。
それを聞き入れない者達は処理班が開けた扉に向い、強引に外に向かおうとしたティペットは射殺される。
コナリーに協力を求められたフェアチャイルドは、処理班に指示を与える。
部屋に閉じ込められたジョニーは、研究員に感染の症状が現れたため介抱し、シュミットは彼女に謝罪する。
P4のニールセンらが姿を消したことを知らされたコナリーは、ドアが破られていることを確認し、建物全体が感染したことに気づく。
誰かがいることを映像で確認したコナリーだったが、配電盤が壊されて電気が消えてしまう。
予備電灯が点いたため処理班は前進し、赤外線カメラで監視するコナリーらは、彼らがP4に近づいたことを知る。
そこにニールセンが現れて処理班に声をかけるが、フェアチャイルドは、その場から離れるよう処理班に指示する。
退避した処理班だったが、狂暴化したカプーアらに襲われて全滅する。
P4に解毒剤があると言われたジョニーは、起き上がったボブに襲われるものの殴り倒す。
ジョニーは、シュミットを連れてP4に向かう。
壁の穴は塞がれ、コナリーは集まったマスコミなどに、軽い感染者が出たが、隔離は100％成功したため外部には影響ないと伝える。
フェアチャイルドは、新聞も”酵母菌”汚染と報じ、騙されているとキャルに伝え、生存者が戻ればバレると言う彼の意見を否定する。
キャルに、これ以上用はないだろうと言い残したフェアチャイルドはその場を去る。
研究員の家族ヴィックらは納得しないが、コナリーは、それ以上の発言を拒む。
喫茶室に向かったジョニーだったが、入れてもらうことができなかった。
ニールセンに出くわしたジョニーは、治ったと言う彼を信用するが、カプーアに襲われ、抵抗してエレベーターで逃げる。
P4に着いたジョニーは、無線機でキャルに連絡するが応答がない。
他に説明する方法がなかったと言うコナリーは、中に入り解毒剤を使い何とかしようとするキャルに、解毒剤は効かないと伝える。
仕方なく車で入り口に突っ込んだキャルは、コナリーの命令で連行されそうになるが、ジョニーから連絡を受ける。
感染した者達が暴れているとジョニーから知らされたキャルは、打つ手がないとコナリーに言われる。
フェアチャイルドを追ったキャルは、ジョニーと話をしてもらいたいと言って協力を求める。
ジョニーが感染していないことを伝えたキャルだったが、感染者を錯乱させる恐ろしい病原菌だとフェアチャイルドに言われる。
それを創りだすのに協力はしたが、成功するとは思わなかったと言うフェアチャイルドは、仕方なく無線でジョニーと話す。
今のところは異常がないと言うジョニーは、P4のニールセン班の資材室にいることを伝え、冷蔵庫の解毒剤を確認して、その場にいるようにとフェアチャイルドに指示される。
ジョニーが感染していないことに驚くフェアチャイルドは、解決策の手掛かりになるかもしれないと考える。
施設から出たデイナは、検疫パッケージに入ったままマスコミのインタビューを受ける。
研究所に戻り防護服を奪ったキャルとフェアチャイルドは、温室の吸気口から内部に入ろうとする。
キャルは躊躇するが、コナリーに気づかれたためにその場に飛び込む。
仕方なくコナリーは、吸気口を密閉させる。
物音がする場所のドアを開けたキャルとフェアチャイルドは、斧を持って現れたボブを射殺する。
シュミットに解毒剤を打とうとしたジョニーだったが、錯乱し始めた彼に襲われてしまう。
その時、にニールセンらが乱入し、ジョニーは解毒剤を持ってその場から逃げる。
ジョニーはキャルとフェアチャイルドに出くわし、ニールセンらから逃れてシュミットの元に戻り、彼が菌を持ち出したことに気づく。
シャワーや予防措置を取ったシュミットだったが、コンタクトレンズを消毒し忘れたのだとフェアチャイルドは説明する。
防護服が破れていることに気づいたフェアチャイルドは、一人だけ感染しないジョニーの血液を採取する。
症状が出始めたフェアチャイルドは、キャルとジョニーの協力により血液を調べる。
ジョニーの生理が遅れていることが感染しなかった理由だと気づいたフェアチャイルドは、妊娠していることを彼女に伝える。
特効薬が完成したと考えたキャルとジョニーは、気を失ったフェアチャイルドに、解毒剤にホルモンなどを混ぜて注射する。
その頃、研究員の家族達のヴィックらは、コナリーらを襲って内部に入ろうとする。
フェアチャイルドは回復し、30人分の混合解毒剤を作り、襲い掛かって来た感染者に打つ。
喫茶室に押入ろうとしていたニールセンにも解毒剤を打ったキャルは、逃げられてしまう。
現れたキャルとフェアチャイルドに、研究の成功を喜んで語るニールセンだったが、感染を抑える解毒剤ができたことを知らされ、絶望して銃で自殺してしまう。
ジョニーは、解毒剤をスプリンクラーの水に混入させて撒く。
警備室に戻ったキャルは、フェアチャイルドに解毒剤を打たれて気を失い、ジョニーは汚染警報を解除する。
研究所の入り口は開けられ、回復した職員は外に出るが、デイナはボブが亡くなったことを知り、ヴィックに抱き寄せられる。
目覚めたキャルは、症状がでていないかをフェアチャイルドにチェックされる。
コナリーは、建物を完全に消毒したことをフェアチャイルドに伝え、解毒剤のお蔭だと言って彼に感謝してその場を去る。
キャルは、立入禁止の札を研究所の入り口に貼る。
料理が得意のフェアチャイルドは、キャルとジョニーを家に招きご馳走しようとする。
食事の内容を聞いたジョニーは、”家に帰りましょう”とキャルに伝える。
