バットマンがデントの罪を被り姿を消したことを知るゴードンは、続いて行ったスピーチで、用意した原稿をしまい、デントの死は無駄でなかったということだけを伝える。
8年前の事件以来、人前に姿を現さず隠遁生活を送っていたブルース・ウェイン(クリスチャン・ベール)は、使用人に扮して、母親の宝石を奪った女(アン・ハサウェイ)の正体を見破る。
女に逃げられたブルースは、”ウェイン・エンタープライズ”に投資をするミランダ・テイト(マリオン・コティヤール)が面会を希望していることを、執事アルフレッド・ペニーワース(マイケル・ケイン)から知らされる。
それに関心がないブルースは、金庫の指紋を採取し、使用人の女が何者かを知ろうとする。
ウェイン邸を去った下院議員(ブレット・カレン)が帰宅しないとの連絡を受け、市警のジョン・ブレイク(ジョゼフ・ゴードン＝レヴィット)は、それをゴードンに伝える。
(議員は女/アン・ハサウェイと共に屋敷を去る)
それが伝えたい話ではなかったブレイクは、バットマンが8年前起こした事件の真相を、ゴードンから聞き出そうとする。
ゴードンは、壊したバットシグナルの前で何も語らずに、ブレイクと共に議員の家に向かう。
翌朝、指紋を調べていたブルースは、それが偽装だと知り、宝石の発信機から住所などを突き止めて、女がセリーナ・カイルであることをアルフレッドに伝える。
ブルースは、カイルが自分の指紋を採ることが目的だったと考える。
人生を殻で覆う生活を続ける自分を見て、悲しみしか表現できないアルフレッドに対し、ブルースは言葉を返せない。
ウェイン財団が援助していた、養護施設を出た少年の死体が下水道で発見され、ブレイクは、その事件を調べるために責任者のライリー神父(クリス・エリス)を訪れる。
その頃カイルは、誘拐した議員を連れてある酒場に向かい、ブルースのビジネス上のライバルであるジョン・ダゲット(ベン・メンデルソーン)のアシスタントであるフィリップ・ストライヴァー(バーン・ゴーマン)に会う。
ブルースの右手の４本の指紋を渡したカイルは、残りの親指の指紋をストライヴァーに要求され、相棒のジェン(ジュノー・テンプル)を呼ぶ。
目的の物を手に入れたストライヴァーはカイルを殺そうとするが、彼女は議員を捜している警察に通報する。
ブレイクら、現れた警官が酒場に突入し、混乱に紛れてカイルは姿を消す。
駆けつけたゴードンは下水道を調べるが、その場で作業をするベインの元に連れて行かれる。
ゴードンは自ら下水に落ち、出口でブレイクに救われる。
翌日、ウェイン邸を訪れたブレイクはブルースと面会して、下水道で、ベインら傭兵集団を見たと言うゴードンの話を伝える。
バットマンの助けがいると言うブレイクだったが、ブルースは興味を示さない。
しかし、ウェイン財団の支援していた養護施設で育った自分が、ブルースに会ったことがあることを伝えたブレイクは、彼の正体を知っていることを告げる。
財団が施設への支援を打ち切ったことを気にするブルースに、外に出て世間を知るべきだと伝え、ブレイクはその場を去る。
ブルースは、ダゲットがベインら傭兵集団を呼び寄せたという、アルフレッドからの調査報告を聞く。
施設への援助中止が、”ウェイン・エンタープライズ”の利益の問題であることを知らされたブルースは、社長ルーシャス・フォックス(モーガン・フリーマン)に会い、ゴードンの入院する病院にも行くことをアルフレッドに伝える。
病院で検査を受けたブルースは身体の状態を知り、ゴードンの病室に侵入する。
覆面をしてゴードンに会ったブルースは、魔の手が迫る今、再びバットマンの助けがいると言われる。
カイルを追ったブルースは、ある慈善パーティー会場に向かい、その場にいたテイトに声をかけられる。
テイト主催のパーティーだと知ったブルースは、カイルを見つけて彼女と踊る。
二人は牽制し合い、ブルースはカイルが盗んだネックレスを取り戻すが、彼女に駐車券を盗まれ車を奪われてしまいアルフレッドを呼び寄せる。
翌日、フォックスに会ったブルースは、エネルギー開発に全てを投資してそれを中断したため、経営が悪化したことを知らされる。
フォックスは、開発計画を支援するテイトらの意見を聞き入れ、それを再開することをブルースに提案する。
ブルースは、引退したためにその気になれないことを伝えるものの、フォックスは、新開発した飛行用機動ビークル”バット”を彼に見せる。
痛んだ膝に補強ギプスを付けたブルースは、ベインが自分と同じ”影の同盟”の”ラーズ・アル・グール”に鍛えられた弟子同士だと知る。
ラーズでさえ手に余る存在であり、破門させられたベインに立ち向かうのは自分しかいないことを語るブルースは、その気持ちを心配するアルフレッドの言葉を聞く。
その頃、ベインは証券取引所を襲撃し、現場に駆け付けた市警副本部長ピーター・フォーリー(マシュー・モディーン)が指揮を執る。
市場は混乱してネットは切断されるが、送金を終えることを確認したベインらは、バイクでその場から逃走する。
そこに、バットマン(クリスチャン・ベール)が現れベインらの追跡を始める。
それを確認したフォーリーは、ブレイクの車に同乗してバットマンを逮捕しようとする。
バットマンはベインの手下の逃亡を阻止し、送金が終了したことを確認するが、警官に囲まれてその場から逃亡する。
大挙したパトカーでフォーリーはバットマンを追い詰めるが、”バットポッド”から空中移動できる”バット”に乗り換えた彼は飛び去る。
その様子を見ていた事件の黒幕ダゲットは、侵入していたカイルに襲われ、ブルースの指紋を渡した見返りに、犯罪者の前科を消せるソフト”クリーン・スレート”を要求される。
ソフトが存在しないことを知らされたカイルは包囲されるが、そこにバットマンが現れ、二人は”バット”でその場を逃れる。
バットマンは、ブルースの指紋がダゲットに渡り、証券取引所の事件で使われた可能性を知るが、カイルは姿を消す。
”バットケイヴ”に戻ったバットマン/ブルースは、ベインの狙いを調べるため、フォックス協力を求めようとする。
恐ろしい相手ベインとの戦いが、破滅を意味することを指摘するアルフレッドは、これ以上、彼に仕えることができないことを伝える。
ブルースが愛したレイチェル・ドーズが、デントを選んだという手紙を渡さずに燃やしたことを、アルフレッドはブルースに伝え、真実と向かい合うべきだと助言する。
裏切られた思いのブルースは、屋敷を去る覚悟のあるアルフレッドに背を向ける。
翌日、屋敷を訪れたフォックスを出迎えたブルースは、市場を混乱させる株取引に、自分の指紋を使われたことを知らされる。
詐欺罪を問われる以前に、破産状態のブルースは、今回の件で会社をダゲットに奪われる可能性が高まる。
開発部は閉鎖されていることになっていたが、エネルギーの開発計画が奪われることを阻止するため、ブルースはテイトに会社を任せる準備をする。
核融合炉をテイトに見せたブルースは、関わっていたロシア人科学者パヴェル博士が、半年前の飛行機事故で死亡したことを指摘される。
研究は博士以外の者が引き継ぎ、融合炉が核兵器される危険性を説明したブルースは、”ウェイン・エンタープライズ”をテイトに任せることを伝える。
必要であれば装置を破壊することも含め、ブルースはテイトに全てを託すことを重ねて伝え、取締役会に挑む。
ダゲットに責任を追求されたブルースは、退席を求められてそれに従う。
しかし、テイトが全権を任されたために、ダゲットは激怒してベインを責める。
ベインは、利用しただけだということをダゲットに伝えて彼を殺す。
マスコミの取材を避け、自分の正体を知るブレイクに送られたブルースは、カイルの元に向かい、バットマンがベインを捜していることを伝えて協力を求める。
カイルは、一応それを聞き入れて、ブルースに、破産させたことを謝罪する。
ダゲットの死体が見つかりったことを、ゴードンとフォーリーに報告したブレイクは、彼の会社が請け負っていた地下工事を不審に思うことを伝える。
ベインについて調べることを指示したゴードンは、ブレイクを刑事に昇進させて、自分の直属の部下にする。
屋敷だけは残されるものの、独りになったブルースをテイトは慰め、二人は愛し合う。
カイルと会ったバットマンは、ベインの元に案内され、自分の正体がブルースだと知る彼と格闘になり叩きのめされる。
開発部の武器庫の床が破られ、”タンブラー”などを奪われたバットマンがマスクを外され、カイルは、その様子を見守っていた。
刑事となったブレイクはウェイン邸を尋ねるもののブルースには会えず、街で議員を誘拐した女(カイル)を目撃して尾行し、逃亡しようとした彼女を逮捕して連行する。
カイルの件を調べたブレイクは、ベインとの関係などを追求して、ブルースが殺されたことを知らせるが、彼女はそれが確かではないことを伝える。
生かされて、地下牢獄”ザ・ピット”に幽閉されたブルースは、滅びるゴッサム・シティを見せて苦しませることをベインから告げられる。
カイルは、”デント法”により、女も男達と共に収監されることになっていた刑務所に入れられる。
その後ベインは、”ウェイン・エンタープライズ”の取締役会に姿を現し、フォックスとテイトらを地下に連れて行く。
それをゴードンに伝えたフォーリーは、ベインを捜し出すよう命ぜられ、バットマンが姿を消したことで、ブレイクにダゲットの周辺を調べさせる。
ベインは、フォックスらを融合炉に案内し、装置を稼働させて、パヴェル博士に、それを核爆弾に改造するよう指示を出す。
ダゲットの関連会社の工場を調べたブレイクは、その場で、証券取引所で警察の動きを邪魔していた男を見つけて尋問するが、抵抗したために射殺してしまう。
ブレイクは、”ポリイソブチレン”などプラスチック爆弾の材料を見つけ、地下道に向かった警官隊が罠にはめられたことをフォーリーに知らせる。
フットボール・スタジアムに向かったベインは、キックオフと共に、街中の地下道や橋に仕掛けてあった爆弾を爆破させる。
ベインは、試合を観戦していたガルシア市長爆死させ、陥没したフィールドに現れる。
地下に向かっていた市警の全職員は生き埋めとなり、ベインの手下はゴードンの命を狙う。
ブレイクは病院に急行して、ゴードンと共にその場を脱出する。
ベインは市民の前で、半径10キロを破壊する中性子爆弾の存在を伝え、それを停止できる唯一の人物パヴェル博士をその場で殺害する。
ゴッサム・シティを市民の手に戻すと訴えるベインは、起爆スイッチは、匿名の市民が持つと伝えるのだが、融合炉は、5ヶ月後にはメルトダウンを起こすよう設定されていた。
ベインは、いかなる部外者の進入も認めないことを伝えて、それが破られた場合は、スイッチが押されると脅迫する。
テロに屈しないことを宣言する大統領だったが、ブルースは、ベインの思い通りになり、最後の時を迎えるゴッサム・シティを救えずに苦しむ。
ベインは、バットマンに息子を助けられ、ハービー・デントの罪を隠し、彼の行動を功績として称え続けたことを暴露し、職を辞する覚悟を決めた、ゴードンのスピーチ原稿を発表する。
その偽りの”デント法”で、ブラックゲート刑務所に入れられた囚人達を、ベインは解放しようとする。
それを知ったブレイクに非難されたゴードンは、苦しみ抜いた末の選択だったことを伝えるしか方法はなかった。
解放された囚人達は、武器を手にして街に向かい、ベインに先導されて金持ちに襲いかかる。
ブルースを生かすよう、ベインに命ぜられていた囚人(トム・コンティ)は、彼の痛んだ背中を治そうとする。
ベインが、ある傭兵の息子であり、この牢獄で生まれたことなどを知ったブルースは、囚人に背中を矯正される。
目の前に現れた、ラーズ・アル・グール(リーアム・ニーソン)の幻覚がその傭兵でありベインの父親だと知ったブルースは、彼から、ゴッサム・シティが救う価値のない街だと言われ怒りがこみ上げる。
回復したブルースは体を鍛え上げ、ベインが脱出したその場から脱出しようとするものの失敗する。
ゴッサム・シティ。
ブレイクは、3か月間地下で持ちこたえている警察隊を救うため、到着した特殊部隊と対策を考える。
部隊員に事態が深刻だということを知らせるため、ブレイクはフォックスとテイトの元に向かう。
トラックに乗せられて移動を続ける爆弾が、不安定な状態で爆破が迫っていることを特殊部隊員は知る。
安全を確保するには、爆弾を融合炉に戻すことが必要だと説明するフォックスの意見を聞くが、特殊部隊員は、現れたベインらに全滅させられる。
死を恐れていないことが、自分の弱さでもあることを知ったブルースは、あえて恐怖を感じるよう、ベインと同じく命綱を付けづに穴を登り、彼は脱出に成功する。
ストライヴァーは、ジョナサン・クレイン(キリアン・マーフィー)によって裁かれ、凍りついた川の上を歩かされて、氷が割れて死亡する。
爆破が迫り、ブレイクら数人の部下だけで爆弾を見つけようとしたゴードンは、抵抗を諦めたフォーリーを説得できなかった。
一刻の猶予も許されない状況で、テイトがゴードンに協力を申し出る。
カイルの前に現れたブルースは、”クリーン・スレート”を渡して助けが必要だということを伝え、自分をフォックスの元に連れて行かせようとする。
ゴードンは、爆弾を積んだトラックに発信機を付けるが、現れた傭兵に捕えられて裁かれ、クレインに死刑を言い渡される。
捕えられた男に扮したブルースは、フォックスに再会して、カイルの協力でその場を離れ、武器装備を調達する。
ゴードンは、部下らと凍った川の上を歩かされ、発煙筒を見つけ、現れたバットマンにそれを点火するよう言われる。
発煙筒の火は橋に伝わり、それは巨大な”バットシグナル”となる。
それを確認したベインは驚き、彼はテイトを囮に使ってバットマンを誘き出そうとする。
フォックスから預かった装置をゴードンに渡し、爆弾に取り付けるよう指示したバットマンは、”戦争”が始まることを伝える。
地下の仲間達を救い出すことに失敗したブレイクは、殺されそうになるが、現れたバットマンに救われ、瓦礫を爆破して仲間達を救出する。
ベインに、総攻撃をかけることをバットマンに知らされたブレイクは、失敗した場合の逃げ道として、橋を開通させることを指示される。
バットマンは、トンネルの瓦礫を吹き飛ばすことをカイルに任せ、勝算のない戦いから逃げる考えも伝える彼女を信じ、”バットポッドを提供して”その場を去る。
”バッドシグナル”を見て戦う気力を取り戻したフォーリーは、警官隊の先頭に立ち、ベインらが占拠した市庁舎に向かう。
ベインは攻撃を命ずるが、”バット”で現れたバットマンがそれを阻止し、警官隊は突撃する。
カイルは、”バットポッド”のブラスト砲でトンネルの瓦礫を吹き飛ばす。
警官隊と傭兵集団は肉弾戦となり、バットマンとベインも激しい戦いを始める。
養護施設に向かったブレイクは、子供達を避難させて、爆破後に、トンネルから橋に逃げるよう市民に伝えるよう指示を出す。
筋肉増強麻薬ヴェノムを補給しているマスクを損傷して、バットマンに痛めつけられたベインは、爆弾の起爆装置の場所を聞かれる。
”ザ・ピット”を脱出したのが、自分でないことをベインから知らされたバットマンは、実は脱出した子供だったテイトに脇腹を刺されてしまい、起爆装置のスイッチを見せられる。
テイトは、守護者であり自分を脱出させた恩人のベインを、父ラーズ・アル・グールと共に救い出し、”影の同盟”で彼に訓練を受けさせた。
ラーズは、愛する妻を亡くしたことを思い出させる醜いベインを破門したが、彼はテイトを愛した。
テイトは、バットマンに殺されるまで、父を許せなかったことを彼に伝える。
バットマンは、罪のない人々をラーズが殺そうとしたことを伝えるが、テイトは、この街にはそんな人間はいないと言い切り、父の果たせなかったことを実行しようとする。
スイッチを押したテイトだったが、その直前に、ゴードンが装置を爆弾に設置したため、爆破は阻止される。
しかし、11分後に爆破は実行されることをテイトは告げる。
橋を渡ろうとするブレイクは、それを阻止しようとする警官を説得できない。
テイトは、爆破を実行するため、バットマンをベインに任せ、涙する彼に別れを告げる。
抵抗するフォーリーらを皆殺しにしたテイトは、”タンブラー”に乗り込みその場を去る。
ベインは、苦しませるために生かしておくようにとテイトに言われたバットマンの命を奪おうとするするが、その場に現れたカイルに殺される。
テイトは爆弾のトラックに乗り移るが、バットマンが”バット”でそれに追いつき、融合炉に誘導しようとする。
警官に近づいたブレイクは、目の前で橋を爆破され、その行為を非難しながら、尚も子供達をその場から移動させて救おうとする。
カイルが”バットポッド”でバットマンを援護し、彼はフォックスの指示でトラックを誘導する。
トラックは高架線から落下して、荷台から降りたゴードンと、バットマンそしてカイルは、瀕死の重傷を負ったテイトから、爆破を阻止するのは不可能だと知らされる。
父の考えを果たしたことを伝えテイトは息を引き取り、バットマンは爆弾を沖に運ぼうとする。
バットマンは、市民が正体を知りたがっているというゴードンに、かつて、両親を殺されて悲しむ自分を励ましてくれた彼も、ヒーローであることを伝えて飛び立つ。
ゴードンは、バットマンがブルース・ウェインであることに気づきながら、飛び立つ彼を見守る。
ブレイクも、バットマンが爆弾を運ぼうとする姿を目撃して、その後、遥か沖合で巨大な爆発が起きたことを確認し、彼はバッジを川に捨てる。
その後ゴードンは、戻っていたアルフレッド、フォックス、そしてブレイクらの前で、街と人々を救い犠牲となったブルースの崇高な行為を称える言葉を、ウェイン邸敷地内の彼の墓前で捧げる。
アルフレッドは、自分のとった行動を裏切りだと言って悔い涙する。
ブレイクは、辞職を思い止まるようゴードンに説得されるが、街を救った者の名前を誰も知らない、理不尽な現実に幻滅したことで、考えは変わらないことを伝える。
ゴードンは、人々は、それがバットマンだと知っていることを伝えて立ち去る。
市庁舎では、バットマンの銅像の除幕式が行われ、ゴードンは、複雑な表情でそれを見つめる。
ブルースの財産は処分され、残された物はアルフレッドが受け取ることになる。
ウェイン邸は市に寄付され、ブレイクは、それが児童養護施設となることを知り、救われた気持ちになれる。
ブレイクは、本名”ロビン”に遺されたブルースの遺品を受取り、ある場所に向かう。
フォックスは、”ブルース・ウェイン”のIDで、”バット”の自動操縦装置が修正されていることを知る。
アルフレッドは、毎年恒例となっていたフィレンツェへの休暇旅行で、ブルースを見かけたものの人違いだったことがあるカフェに向かう。
ゴードンは、壊されていた”バッドシグナルが”直っていることに気づく。
アルフレッドは、カイルと同席するブルースが、微笑みかけていることに気づき席を立つ。
滝の奥にある洞窟に入ったブレイクは、”バットケイヴ”を発見する。
