G.I.ジョー G.I. Joe: The Rise of Cobra (2009)

基地に到着したデュークは、精鋭を集めた国際機密チーム”G.I.ジョー”の指揮官ホークから組織の説明を受ける。

バーチャルで現れたマッカランが、ナノマイトの無事を確認するのだが、実は彼は、それを奪おうとした世界征服を企むテロ組織”コブラ”と手を組んでいた。

マッカランは、新しい世界秩序をもたらすために、G.I.ジョーの元にあるナノマイトを利用することを企む。

デュークとリップコードは、G.I.ジョーへの入隊を志願するが、ホークは、選ばれた者だけが入隊できることを彼らに告げて、それを却下する。

しかし、デュークが、今回の襲撃に関ったバロネスの全てを知ることを説明し、二人は入隊を許可されることになる。

デュークとリップコードは、ストーン(ブレンダン・フレイザー)らの、厳しいテストにパスして訓練を受け実戦に備える。

マッカランは、追跡装置を使いG.I.ジョーの基地を見つけ、バロネス、ストーム・シャドウ(イ・ビョンホン)、ザルタン(アーノルド・ヴォスルー)らを向かわせる。

基地内に侵入し、ホークを襲ったバロネスらは、ナノマイトの弾頭を奪い返すが、緊急事態を知ったデュークが彼女を追い詰める。

しかし、双方は激しい戦いとなり、バロネスらが弾頭を奪い去る。

ホワイトハウス。
その頃、大統領(ジョナサン・プライス)に、弾頭が奪われたことが報告される。

基地内では、以前から密通者がいると疑っていたデュークらが、マッカランがナノマイトのケースを開けた時に、追跡装置を起動させたことに気づく。

マッカランが、NATOの資金でナノマイトを開発させた黒幕だと知ったデュークらは、バロネスがパリに研究所を持つ科学者の妻で、男爵夫人アナスタシア・ドゥコブレイだということを知る。

パリ。
夫の研究所に乱入したバロネスとストーム・シャドウは、ナノマイトを兵器化するようにと夫を脅す。

”G.I.ジョー”のチームも到着し、研究所の前で弾頭を兵器化したバロネスらを見つけて追跡する。

パワー･スーツを着用したデュークとリップコードは、弾頭の起動スイッチを入れたバロネスらを追うが、ストーム・シャドウがエッフェル塔に向け弾頭を発射する。

エッフェル塔は倒壊を始めるが、デュークがバロネスらの救出機に飛び乗りナノマイトの起動スイッチを切る。

デュークは、何とかパリが破壊することを阻止するのだが、バロネスら、コブラ側に捕らえられ、北極にあるマッカランの秘密基地に連行されてしまう。

チームのハイテク･スペシャリストのブレーカー(サイード・タグマウイ)が、コブラのメンバーの脳から情報を入手するが、彼らは当局に逮捕される。

デュークは、4年前に、自分の指揮した任務で死んだ、アン/バロネスの弟レックス・ルイス(ジョゼフ・ゴードン＝レヴィット)のことで悩み、彼女から遠ざかっていた。

二人の話を傍らで聞いていたストーム・シャドウは、20年前に浮浪少年だったスネーク・アイズと共に修行の身となり、彼を贔屓した師匠を刺殺して逃亡したことを思いだす。

デュークは、隙を見てナノマイトのケースの追跡装置のスイッチを入れる。

釈放されたG.I.ジョー・チームは、マッカランが北極にいることを突き止め、追跡装置のシグナルを頼りに、秘密基地を発見する。

G.I.ジョー秘密指令基地。
ホークは、上層部に逆らってでも北極の”アルファ・チーム”を支援することを部下らに通達する。

ナノテクノロジーの科学者でもあるザ・ドクター(ジョゼフ・ゴードン＝レヴィット)の元に連れて行かれたデュークは、彼がバロネスの弟レックスであることを知る。

レックスは、科学者Dr.マインドベンダー(ケヴィン・J・オコナー)が開発した、ナノマイトを使った研究を受け継いでいた。

基地内に侵入したG.I.ジョーだったが、ナノマイトを搭載したミサイル3基が発射され、スネーク・アイズが北京に向うはずだった1基を撃墜する。

リップコードが、マッカランが開発していた”ナイト・レイブン・ジェット”を奪い、残りの２基を追う。

スカーレットとスネーク・アイズ、そしてブレーカーらが基地中枢部に侵入しようとする。

デュークの体内に、レックスがナノマイトを注入しようとするが、バロネスがそれを阻止して彼を助ける。

既にプログラム制御されていたバロネスは、レックスに機能を停止されてしまう。

ホークが援軍を派遣し、ヘビー・デューティー(アドウェール・アキノエ＝アグバエ)の援軍部隊が、北極基地の攻撃を始め、スカーレットらが司令室に侵入し、基地を閉鎖しようとする。

デュークは銃を奪い、マッカランに火傷を追わせ、その隙を見てバロネスの意識を回復させる。

リップコードは、モスクワに向っていたミサイルを撃墜し、ワシントンD.C.に向う残りの1基を追う。

ホワイトハウスでは、レックスに処置されていた大統領のシークレット・サービスが、破壊工作を始める。

G.I.ジョーの支援軍を攻撃する、パルス砲を制御不能にしたスネーク・アイズは、ストーム・シャドウとの一騎打ちとなる。

そして、激しい戦いの末、スネーク・アイズがストーム・シャドウを倒して、師匠の仇を討つ。

バロネスを救い出したデュークは、基地から脱出したマッカランとレックスを追う。

着弾寸前でミサイルを撃墜したリップコードは、機体にナノマイトを付着させたまま、大気圏外に飛び出す寸前で脱出する。

レックスは、基地頭上の氷山を爆破しようとするのだが、スカーレット達や援軍は、寸前で基地周辺から退避する。

ナノマイトを、火傷を負ったマッカランの体内に注入したレックスは、彼を”デストロ”に変身させ、自らは”コブラ・コマンダー”となる。

そして、デュークらG.I.ジョーの大軍は、コブラ・コマンダーの船を包囲し彼とマッカランを逮捕する。

超大型空母”USSフラッグ”では、G.I.ジョーが、アン/バロネスの体内からナノマイトを摘出するため、彼女を保護することになる。

デュークはアンを必ず助けることを約束し、二人は愛を確かめる。

そして、正式にG.I.ジョーに入隊したデュークとリップコードは、ホークに率いられ新たな任務に就く。

一方、レックスにより手術されたザルタンが、ナノマイトのミサイル危機を乗り切った大統領に扮し、ホワイトハウスに侵入していた。